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- PDB-9ldb: DESIGN AND SYNTHESIS OF NEW ENZYMES BASED ON THE LACTATE DEHYDROG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ldb
タイトルDESIGN AND SYNTHESIS OF NEW ENZYMES BASED ON THE LACTATE DEHYDROGENASE FRAMEWORK
要素LACTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(CHOH(D)-NAD+(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of pyruvate metabolism / Pyruvate metabolism / sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dunn, C.R. / Holbrook, J.J. / Muirhead, H.
引用ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1991
タイトル: Design and synthesis of new enzymes based on the lactate dehydrogenase framework.
著者: Dunn, C.R. / Wilks, H.M. / Halsall, D.J. / Atkinson, T. / Clarke, A.R. / Muirhead, H. / Holbrook, J.J.
履歴
登録1991年11月26日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.vector[3] / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET AFTER ROTATION OF THE A AND B SUBUNITS ABOUT THE CRYSTALLOGRAPHIC X AXIS, THE GENERATED C AND ...SHEET AFTER ROTATION OF THE A AND B SUBUNITS ABOUT THE CRYSTALLOGRAPHIC X AXIS, THE GENERATED C AND D SUBUNITS FORM EXTENSIONS TO SHEET 3 IN THE SHEET RECORDS BELOW. THE SYMMETRY-GENERATED SHEET RECORDS ARE PRESENTED AS A REMARK BECAUSE PDB SPECIFICATIONS DO NOT ALLOW THE INCLUSION OF STRANDS WHOSE COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE ENTRY: EXTENSION TO SHEET 3 OF A SUBUNIT 3A 4 HIS D 9 LEU D 11 -1 N HIS D 9 O VAL A 302 EXTENSION TO SHEET 3 OF B SUBUNIT 3B 4 HIS C 9 LEU C 11 -1 N HIS C 9 O VAL B 302 STRAND 2 OF SHEETS 2A AND 2B IS BIFURCATED. EACH OF THESE IS REPRESENTED BY TWO SHEETS, 2AA AND 2BA AND 2AB AND 2BB BELOW, WHERE THE FIRST STRAND OF 2AA IS IDENTICAL TO THE FIRST STRAND OF 2BA AND THE FIRST STRAND OF 2AB IS IDENTICAL TO THE FIRST STRAND OF 2BB.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LACTATE DEHYDROGENASE
B: LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8298
ポリマ－73,1252
非ポリマー1,7046
水2,720151
1
A: LACTATE DEHYDROGENASE
B: LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: LACTATE DEHYDROGENASE
B: LACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,65816
ポリマ－146,2504
非ポリマー3,40812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area29110 Å2
ΔGint-282 kcal/mol
Surface area41230 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.300, 136.390, 86.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 141 AND PRO B 141 ARE CIS PROLINES.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (-0.892463, 0.451425), (0.450814, 0.892463), (-1) / ベクター: 14)
詳細TWO LDH SUBUNITS ARE INCLUDED. THE A-SUBUNIT HAS NADH AND SULPHATE IN THE ACTIVE SITE. THE B-SUBUNIT HAS NADH AND OXAMATE IN THE ACTIVE SITE. BOTH SUBUNITS HAVE SULPHATE BOUND AT A REMOTE SITE. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. THE *SCALE* TRANSFORMATION BELOW GENERATES FRACTIONAL COORDINATES WITH RESPECT TO SPACE GROUP P 21 21 2.

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要素

#1: タンパク質 LACTATE DEHYDROGENASE


分子量: 36562.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00339, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID


分子量: 89.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES ARE NUMBERED ACCORDING TO THE STANDARD LDH NUMBERING SYSTEM DESCRIBED BY S.S.TAYLOR ET AL. ...RESIDUES ARE NUMBERED ACCORDING TO THE STANDARD LDH NUMBERING SYSTEM DESCRIBED BY S.S.TAYLOR ET AL., IN PROC.NAT.ACAD.SCI.USA V.70 1790 1973.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.22 28869
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5136 0 109 151 5396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.060.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0630.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.4681
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.8651.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.5841
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it0.9111.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0220.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1540.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1950.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2830.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2260.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.13
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor33.230
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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