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Yorodumi- PDB-9l89: Structure of human TREX1-DNA complex with K160R disease-associate... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9l89 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of human TREX1-DNA complex with K160R disease-associated mutation | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/DNA / nuclease / DNase / innate immunity / autoimmunity / cancer / IMMUNE SYSTEM-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationRegulation by TREX1 / adenyl deoxyribonucleotide binding / MutSalpha complex binding / oligosaccharyltransferase complex / exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / MutLalpha complex binding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / IRF3-mediated induction of type I IFN / DNA catabolic process ...Regulation by TREX1 / adenyl deoxyribonucleotide binding / MutSalpha complex binding / oligosaccharyltransferase complex / exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / MutLalpha complex binding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / IRF3-mediated induction of type I IFN / DNA catabolic process / DNA binding, bending / WW domain binding / DNA metabolic process / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / nuclear replication fork / mismatch repair / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / protein-DNA complex / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.38 Å | ||||||
Authors | Zhu, J. / Wang, L. / Lin, C. / Zhou, W. | ||||||
| Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Immunity / Year: 2026Title: Distinct recognition pattern for double-stranded DNA allows TREX1 to maintain immune homeostasis Authors: Zhu, J. / Wang, L. / Lin, C. / Zhou, W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9l89.cif.gz | 410.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9l89.ent.gz | 333.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9l89.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/9l89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/9l89 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9l85C ![]() 9l86C ![]() 9l87C ![]() 9l88C ![]() 9l8aC ![]() 9l8bC ![]() 9l8cC ![]() 9l8dC ![]() 7tqqS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 26008.922 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: K160R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TREX1 / Production host: ![]() #2: DNA chain | Mass: 6710.313 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.09 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.05 M Li2SO4, 27.5% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.38→43.77 Å / Num. obs: 49774 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / CC1/2: 0.927 / Rpim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 4.3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.38→2.42 Å / Redundancy: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4725 / CC1/2: 0.413 / Rpim(I) all: 0.767 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7TQQ Resolution: 2.38→43.77 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.83 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 43.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→43.77 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
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