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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7tqq | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of human TREX1-DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / nuclease / DNase / innate immunity / autoimmunity / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationRegulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / immune complex formation / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition ...Regulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / immune complex formation / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / DNA modification / regulation of lipid biosynthetic process / oligosaccharyltransferase complex / regulation of fatty acid metabolic process / heart process / regulation of protein complex stability / exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / regulation of lysosome organization / cellular response to hydroxyurea / 3'-5'-DNA exonuclease activity / regulation of cellular respiration / regulation of tumor necrosis factor production / MutLalpha complex binding / inflammatory response to antigenic stimulus / macrophage activation involved in immune response / regulation of immunoglobulin production / IRF3-mediated induction of type I IFN / DNA catabolic process / regulation of T cell activation / apoptotic cell clearance / regulation of glycolytic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA binding, bending / WW domain binding / type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / blood vessel development / nuclear replication fork / heart morphogenesis / mismatch repair / cellular response to interferon-beta / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / determination of adult lifespan / generation of precursor metabolites and energy / cellular response to reactive oxygen species / kidney development / establishment of protein localization / protein-DNA complex / cellular response to gamma radiation / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / DNA recombination / defense response to virus / DNA replication / protein stabilization / DNA repair / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Zhou, W. / Richmond-Buccola, D. / Kranzusch, P.J. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022Title: Structural basis of human TREX1 DNA degradation and autoimmune disease. Authors: Zhou, W. / Richmond-Buccola, D. / Wang, Q. / Kranzusch, P.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7tqq.cif.gz | 498.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7tqq.ent.gz | 335.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7tqq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tqq | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7tqnC ![]() 7tqoC ![]() 7tqpC ![]() 3mxjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 26067.988 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TREX1 / Production host: ![]() #2: DNA chain | Mass: 6710.313 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density meas: 57.69 Mg/m3 / Density % sol: 48.64 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.05 M Li2SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG-3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 5, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→45.68 Å / Num. obs: 62516 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 37.87 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 5.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Redundancy: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4576 / CC1/2: 0.325 / Rpim(I) all: 0.766 / % possible all: 98.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3MXJ Resolution: 2.2→45.68 Å / SU ML: 0.3349 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.1988 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 49.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→45.68 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Controller
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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