[日本語] English
万見
- PDB-9k0z: EF-G2 bound 70S ribosome complex of M. smegmatis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k0z
タイトルEF-G2 bound 70S ribosome complex of M. smegmatis
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 5
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 28
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 19
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • P/P-site Phe-tRNA(Phe)
  • Translation elongation factor EF-G
  • mRNA fragment
キーワードRIBOSOME / Mycobacterium 70S ribosome / stationary phase / elongation factor G2 / non-canonical factor
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like ...: / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / : / : / Ribosomal protein S14, type Z / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / : / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S11, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / PHENYLALANINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / PHENYLALANINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Elongation factor G-like protein / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18B / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Sengupta, J. / Baid, P.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPF/2021/000141 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/001788 インド
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)MLP-139 インド
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structural analyses reveal a unique role for elongation factor G2 (EF-G2) in Mycobacteria.
著者: Priya Baid / Jayati Sengupta /
要旨: The gene-encoding translation elongation factor G (EF-G) has undergone gene duplication across various bacterial species including Mycobacteria, and in mammalian mitochondria, leading to the ...The gene-encoding translation elongation factor G (EF-G) has undergone gene duplication across various bacterial species including Mycobacteria, and in mammalian mitochondria, leading to the emergence of the paralogue elongation factor G2 (EF-G2). Our study reveals that mycobacterial EF-G2, unlike EF-G1, neither participates in ribosome-recycling nor significantly contributes to overall translation, suggesting that it plays an alternative role in Mycobacteria. Remarkably, our investigation found a significant overexpression of mycobacterial EF-G2 during the stationary growth phase. Moreover, EF-G2 lacks ribosome-dependent GTPase activity, an observation consistent with previous reports. Cryo-EM analysis of the M. smegmatis 70S ribosome purified from the nutrient-starved (stationary) phase and complexed with EF-G2 unveiled the structural basis for its inability to hydrolyse GTP in a ribosome-dependent manner. Furthermore, we report an unprecedented binding mode of two EF-G2 copies on the 50S ribosomal subunit that impedes subunit association, thereby preventing the formation of active 70S ribosomes. Thus, instead of performing canonical functions, mycobacterial EF-G2 acts as a translation repressor during nutrient starvation. Altogether, our findings shed light on the multifaceted mechanisms by which EF-G2 modulates protein synthesis under nutrient-limited conditions, providing insights into adaptive strategies employed by Mycobacteria to survive in hostile environments.
履歴
登録2024年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: P/P-site Phe-tRNA(Phe)
3: 50S ribosomal protein bL37
4: mRNA fragment
5: Large ribosomal subunit protein bL12
7: Translation elongation factor EF-G
A: 16S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: Small ribosomal subunit protein uS3
D: Small ribosomal subunit protein uS4
E: Small ribosomal subunit protein uS5
F: Small ribosomal subunit protein bS6
G: Small ribosomal subunit protein uS7
H: Small ribosomal subunit protein uS8
I: Small ribosomal subunit protein uS9
J: Small ribosomal subunit protein uS10
K: Small ribosomal subunit protein uS11
L: Small ribosomal subunit protein uS12
M: Small ribosomal subunit protein uS13
N: Small ribosomal subunit protein uS14B
O: Small ribosomal subunit protein uS15
P: Small ribosomal subunit protein bS16
Q: Small ribosomal subunit protein uS17
R: Small ribosomal subunit protein bS18B
S: Small ribosomal subunit protein uS19
T: Small ribosomal subunit protein bS20
U: Large ribosomal subunit protein uL23
V: Small ribosomal subunit protein uS2
W: Large ribosomal subunit protein bL25
X: Large ribosomal subunit protein bL27
Y: Large ribosomal subunit protein bL28
Z: Large ribosomal subunit protein uL29
a: Large ribosomal subunit protein uL30
b: Large ribosomal subunit protein bL32
c: Large ribosomal subunit protein bL33A
d: Large ribosomal subunit protein bL34
e: Large ribosomal subunit protein bL35
f: 50S ribosomal protein L36
g: Large ribosomal subunit protein bL31
i: Large ribosomal subunit protein uL2
j: Large ribosomal subunit protein uL3
k: Large ribosomal subunit protein uL4
l: Large ribosomal subunit protein uL5
m: Large ribosomal subunit protein uL6
n: 50S ribosomal protein L9
o: Large ribosomal subunit protein uL10
p: Large ribosomal subunit protein uL11
q: Large ribosomal subunit protein uL13
r: 50S ribosomal protein L14
s: Large ribosomal subunit protein uL15
t: Large ribosomal subunit protein uL16
u: Large ribosomal subunit protein bL17
v: Large ribosomal subunit protein uL18
w: 50S ribosomal protein L19
x: Large ribosomal subunit protein bL20
y: Large ribosomal subunit protein bL21
z: Large ribosomal subunit protein uL22
1: Large ribosomal subunit protein uL24
h: 23S ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,325,32378
ポリマ－2,323,95258
非ポリマー1,37120
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 24ABh

#1: RNA鎖 P/P-site Phe-tRNA(Phe)


分子量: 24420.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
#3: RNA鎖 mRNA fragment


分子量: 5866.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
#6: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 490111.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#7: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: GenBank: 118168627
#58: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 1014391.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

-
50S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 3fnrw

#2: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein bL37


分子量: 2710.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QTP4
#37: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL4
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15949.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7F6
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSF9
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QV42

+
Large ribosomal subunit protein ... , 28種, 28分子 5UWXYZabcdegijklmopqstuvxyz1

#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL12


分子量: 7199.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS63
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 10748.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD3
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / General stress protein CTC


分子量: 20331.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7GFB2
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 8322.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R150
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 6759.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7FJ52
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7590.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD9
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6761.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG7
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6050.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R3I9
#34: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL33A / 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 5833.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS39
#35: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5391.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7K0
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35


分子量: 7167.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QYU7
#38: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL31 / 50S ribosomal protein L31


分子量: 5257.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R215
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 30008.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD4
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 22621.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD1
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22346.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD2
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20588.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG1
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 19165.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG4
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL10 / 50S ribosomal protein L10


分子量: 13095.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS62
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL11 / 50S ribosomal protein L11


分子量: 14109.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS45
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16015.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSP8
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15383.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7G436
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L16


分子量: 15498.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD8
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 13210.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL9
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 13580.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7FGD9
#54: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 14035.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QYU6
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 10724.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R151
#56: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12408.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD6
#57: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11228.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG0

-
タンパク質 , 1種, 1分子 7

#5: タンパク質 Translation elongation factor EF-G


分子量: 75420.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_6535 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R6G0

-
Small ribosomal subunit protein ... , 19種, 19分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTV

#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 23617.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD7
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 23284.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL7
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 18481.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG6
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2U9Q0X2
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 17529.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS97
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14361.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG3
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 14093.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSP9
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10


分子量: 11252.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD0
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 12151.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL6
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 13678.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS96
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 13374.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSL5
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14B / 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6845.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSG2
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10236.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVQ3
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S16


分子量: 12635.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QV37
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 10680.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSE0
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18B / 30S ribosomal protein S18 2


分子量: 7353.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R7F7
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 9379.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QSD5
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20 / 30S ribosomal protein S20


分子量: 9424.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R102
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 25576.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVB8

-
非ポリマー , 4種, 20分子

#59: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#60: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#61: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#62: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: EF-G2 bound 70S ribosome complex of M. smegmatis / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#58 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.7 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19431 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5O61

5o61


Accession code: 5O61 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005168631
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.648251725
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.17978023
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03932116
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00614173

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る