PDB-9jlt: GH57 family amylopullulanase D352N mutant from Aquifex aeolicus c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jlt

タイトル

GH57 family amylopullulanase D352N mutant from Aquifex aeolicus complex with alpha-cyclodextrin

要素

Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / GH57 family / amylopullulanase / Aquifex aeolicus / cyclodextrin

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / catalytic activity / carbohydrate metabolic process / alpha-cyclodextrin / Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Li, M.J. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L.Q. / Wang, Q.S. / Yu, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2025
タイトル: Mechanistic insights into cyclodextrins as substrates and inhibitors of GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus.
著者: Zhu, Z. / Li, M. / Xu, Q. / Huang, L. / Zhou, H. / Wang, W. / Wang, Q. / Yu, F.

履歴

登録	2024年9月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jlt.cif.gz	415.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jlt.ent.gz	342 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jlt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/9jlt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/9jlt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jluC 9jlvC 9kypC 9kyqC 9kyrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
58.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.446, 41.497, 195.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.46, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein

分子量: 57252.250 Da / 分子数: 2 / 変異: D352N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: aq_720 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66934

#2: 多糖

Cyclohexakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose)

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: alpha-cyclodextrin

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化	温度: 338 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium citrate, pH 4.2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.556→97.12 Å / Num. obs: 141554 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.153 / R_rim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 1.56→1.64 Å / R_merge(I) obs: 1.779 / Num. unique obs: 20553 / CC_1/2: 0.444 / R_rim(I) all: 1.976

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→60.216 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2121	6843	4.85 %
R_work	0.1836	-	-
obs	0.185	141121	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→60.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8071	0	180	486	8737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8498
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	11499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.693	5056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1227
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1424

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.5737	0.3313	244	0.3141	4404	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5737-1.5922	0.3382	253	0.3174	4334	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5922-1.6116	0.317	213	0.2935	4382	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6116-1.632	0.3082	230	0.2892	4344	X-RAY DIFFRACTION	99
1.632-1.6535	0.3002	244	0.2783	4448	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6535-1.6761	0.2895	216	0.2664	4383	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6761-1.7001	0.2845	211	0.2629	4471	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7001-1.7255	0.3008	201	0.2557	4497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7255-1.7524	0.2503	190	0.2392	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7524-1.7812	0.2614	219	0.2363	4453	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7812-1.8119	0.281	221	0.2259	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8119-1.8448	0.2154	226	0.2011	4379	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8448-1.8803	0.2336	249	0.1906	4495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8803-1.9187	0.2059	222	0.1824	4440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9187-1.9604	0.2044	223	0.1792	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9604-2.006	0.2093	248	0.1754	4450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.0562	0.2078	249	0.1821	4469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0562-2.1118	0.2115	225	0.1827	4458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1118-2.1739	0.2063	253	0.1678	4476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1739-2.2441	0.1784	250	0.1629	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2441-2.3243	0.2153	249	0.1609	4443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3243-2.4174	0.2039	219	0.1723	4499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4174-2.5274	0.1942	203	0.167	4488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5274-2.6607	0.1996	191	0.1638	4565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6607-2.8274	0.1937	197	0.1608	4534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8274-3.0457	0.1865	254	0.1566	4494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0457-3.3521	0.1944	232	0.1524	4528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3521-3.8371	0.1697	219	0.1447	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8371-4.834	0.1716	256	0.1449	4541	X-RAY DIFFRACTION	100
4.834-60.216	0.2091	236	0.1959	4749	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0303	-0.1003	-0.1789	0.2852	0.1759	0.6683	-0.0695	-0.0764	-0.0974	-0.019	0.061	0.0254	0.0708	-0.1023	0.0178	0.0685	-0.0282	0.0074	0.0562	0.0045	0.1018	-13.3813	14.8167	74.4435
2	1.9965	0.2001	-0.5793	1.4714	-0.0836	4.1327	0.1639	-0.278	0.4064	0.0365	-0.0507	0.0352	-0.552	0.1062	-0.0406	0.1723	-0.0336	0.0354	0.1226	-0.0463	0.177	-22.5509	32.0669	85.3993
3	0.796	0.0858	-0.1588	0.2644	0.0118	0.6679	-0.0293	0.0256	-0.046	-0.011	0.0183	-0.0034	0.059	-0.069	0.0089	0.0762	-0.0342	0.0034	0.0357	0.0051	0.1006	-10.4227	15.0098	74.2949
4	0.944	-0.3174	-0.1862	0.1722	-0.1275	0.5802	0.0086	0.1191	-0.0357	-0.0691	-0.0569	-0.0292	0.0539	0.0767	0.0198	0.1023	-0.0376	0.0132	0.0736	-0.0335	0.1231	5.7788	17.9169	59.9764
5	1.8411	-0.0876	-0.7441	0.9985	0.2988	1.9959	0.0171	0.278	0.0347	-0.1712	0.0596	0.0131	-0.0855	-0.0289	-0.0696	0.1062	-0.0525	-0.0034	0.0892	0.002	0.0935	-8.3265	23.4241	53.0613
6	0.9778	0.0711	0.0479	0.6931	-0.1493	2.5734	-0.0117	-0.1682	0.0726	0.0345	-0.0019	-0.0474	-0.2226	0.0985	0.0406	0.0481	-0.0336	0.0089	0.0959	-0.0231	0.1376	11.5301	20.9426	76.2032
7	4.6712	-0.8642	-0.3724	1.8743	1.1121	3.6223	-0.0406	-0.3607	0.1174	0.004	0.0784	0.0862	-0.0795	-0.0712	-0.0059	0.0296	-0.0241	0.0016	0.1304	-0.0077	0.0863	1.148	17.2855	86.6848
8	1.3091	0.1889	-0.6483	0.4476	-0.2259	0.6741	-0.0333	0.1971	-0.1269	-0.1018	0.0087	-0.0216	0.2218	0.2337	0.0413	0.1765	0.0205	-0.01	0.1639	-0.0229	0.0856	-24.6397	35.0968	22.2131
9	1.6822	-0.1936	-1.2467	1.7319	0.0845	3.8792	0.1634	0.2857	0.3036	-0.1161	-0.1535	0.1052	-0.5984	0.089	-0.0092	0.2908	-0.0028	0.0262	0.2934	0.0644	0.1635	-17.2917	52.0546	9.5659
10	1.2693	0.2179	-0.462	0.3817	-0.2372	1.6007	0.0013	0.1018	-0.0478	-0.0681	0.0093	0.0593	0.1406	0.0316	-0.0054	0.1315	0.0033	-0.0242	0.069	0.0025	0.1151	-32.8533	36.45	29.1412
11	1.4206	0.066	0.0511	1.017	0.115	1.988	0.1115	-0.2541	0.1098	0.0957	-0.0396	0.0262	-0.1425	0.2611	-0.0599	0.126	-0.0468	0.0018	0.1409	-0.0267	0.0946	-26.5118	44.2708	43.9385
12	1.5188	0.155	0.8991	1.2647	0.1167	2.6408	-0.002	0.4157	0.1585	-0.2262	0.1276	0.1759	-0.2962	-0.3534	-0.0094	0.1118	-0.0113	-0.031	0.246	0.0668	0.186	-49.6189	41.2091	24.136
13	3.7395	0.7153	0.1737	2.1192	-0.6941	3.0312	0.0408	0.6062	0.0982	-0.2307	0.0508	0.0081	0.0679	-0.203	-0.0256	0.2571	-0.0332	-0.0463	0.3444	0.015	0.0944	-41.0448	37.3008	12.2557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 123 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 124 through 245 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 246 through 322 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 323 through 396 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 397 through 435 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 436 through 477 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 88 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 89 through 123 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 124 through 322 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 323 through 396 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 397 through 435 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 436 through 477 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)