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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9kyp | ||||||
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タイトル | GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus wild type complex with beta-cyclodextrin | ||||||
![]() | (Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing ...) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / GH57 family / amylopullulanase / Aquifex aeolicus | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Yu, F. / Li, M.J. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L.Q. / Wang, Q.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insights into cyclodextrins as substrates and inhibitors of GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus. 著者: Zhu, Z. / Li, M. / Xu, Q. / Huang, L. / Zhou, H. / Wang, W. / Wang, Q. / Yu, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 824.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 684.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing ... , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 58206.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aq_720 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 57253.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aq_720 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-糖 , 1種, 4分子
#3: 多糖 | Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) |
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-非ポリマー , 4種, 1082分子 






#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 % |
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結晶化 | 温度: 338 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium citrate, pH 4.2, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→64.83 Å / Num. obs: 169216 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 584041 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.84 Å / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.954 / Num. measured all: 41650 / Num. unique obs: 12393 / CC1/2: 0.512 / Rpim(I) all: 0.607 / Rrim(I) all: 1.134 / Χ2: 0.73 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→24.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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