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Yorodumi- PDB-9kyp: GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus wild type comp... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9kyp | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus wild type complex with beta-cyclodextrin | ||||||
Components | (Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing ...) x 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / GH57 family / amylopullulanase / Aquifex aeolicus | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() Aquifex aeolicus VF5 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.79 Å | ||||||
Authors | Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Yu, F. / Li, M.J. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L.Q. / Wang, Q.S. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2025Title: Mechanistic insights into cyclodextrins as substrates and inhibitors of GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus. Authors: Zhu, Z. / Li, M. / Xu, Q. / Huang, L. / Zhou, H. / Wang, W. / Wang, Q. / Yu, F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9kyp.cif.gz | 824.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9kyp.ent.gz | 684.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9kyp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9kyp_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9kyp_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
| Data in XML | 9kyp_validation.xml.gz | 92.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 9kyp_validation.cif.gz | 124.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/9kyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/9kyp | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9jltC ![]() 9jluC ![]() 9jlvC ![]() 9kyqC ![]() 9kyrC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing ... , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 58206.355 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Aquifex aeolicus VF5 (bacteria) / Gene: aq_720 / Production host: ![]() #2: Protein | | Mass: 57253.234 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Aquifex aeolicus VF5 (bacteria) / Gene: aq_720 / Production host: ![]() |
|---|
-Sugars , 1 types, 4 molecules
| #3: Polysaccharide | Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 1082 molecules 






| #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.31 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 338 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M Sodium citrate, pH 4.2, 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL10U2 / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 10, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.79→64.83 Å / Num. obs: 169216 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 584041 |
| Reflection shell | Resolution: 1.79→1.84 Å / % possible obs: 94.3 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.954 / Num. measured all: 41650 / Num. unique obs: 12393 / CC1/2: 0.512 / Rpim(I) all: 0.607 / Rrim(I) all: 1.134 / Χ2: 0.73 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.79→24.32 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 19.42 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.79→24.32 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Aquifex aeolicus VF5 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
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