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- PDB-9kyp: GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus wild type comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kyp
タイトルGH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus wild type complex with beta-cyclodextrin
要素(Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing ...) x 2
キーワードHYDROLASE / GH57 family / amylopullulanase / Aquifex aeolicus
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cyclodextrin / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Yu, F. / Li, M.J. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L.Q. / Wang, Q.S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
Other government 中国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / : 2025
タイトル: Mechanistic insights into cyclodextrins as substrates and inhibitors of GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus.
著者: Zhu, Z. / Li, M. / Xu, Q. / Huang, L. / Zhou, H. / Wang, W. / Wang, Q. / Yu, F.
履歴
登録2024年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
C: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
D: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,54433
ポリマ-231,8724
非ポリマー6,67229
19,0421057
1
A: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,00610
ポリマ-58,2061
非ポリマー1,8009
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6986
ポリマ-58,2061
非ポリマー1,4915
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6686
ポリマ-58,2061
非ポリマー1,4615
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,17311
ポリマ-57,2531
非ポリマー1,92010
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.830, 61.500, 195.540
Angle α, β, γ (deg.)84.04, 89.46, 89.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein


分子量: 58206.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: aq_720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66934
#2: タンパク質 Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein / GH57 family amylopullulanase


分子量: 57253.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: aq_720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66934

-
, 1種, 4分子

#3: 多糖
Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose)


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0

-
非ポリマー , 4種, 1082分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / : C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / : C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / : C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1057 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化温度: 338 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium citrate, pH 4.2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→64.83 Å / Num. obs: 169216 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 584041
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.954 / Num. measured all: 41650 / Num. unique obs: 12393 / CC1/2: 0.512 / Rpim(I) all: 0.607 / Rrim(I) all: 1.134 / Χ2: 0.73 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→24.32 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 8300 4.91 %
Rwork0.154 --
obs0.1557 169138 94.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→24.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16088 0 442 1057 17587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03823130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.47314172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.81030.3163100.24785294X-RAY DIFFRACTION94
1.8103-1.83160.28062620.2325285X-RAY DIFFRACTION94
1.8316-1.8540.25632800.21235403X-RAY DIFFRACTION95
1.854-1.87740.23722710.20375330X-RAY DIFFRACTION95
1.8774-1.90210.24022890.20255250X-RAY DIFFRACTION95
1.9021-1.92820.25482830.19695479X-RAY DIFFRACTION95
1.9282-1.95570.21652820.18595390X-RAY DIFFRACTION95
1.9557-1.98490.23682890.18085359X-RAY DIFFRACTION95
1.9849-2.01590.22312630.17295370X-RAY DIFFRACTION95
2.0159-2.04890.21432830.16685458X-RAY DIFFRACTION96
2.0489-2.08420.22652960.1615263X-RAY DIFFRACTION95
2.0842-2.12210.18863440.15885382X-RAY DIFFRACTION95
2.1221-2.16290.18892910.15665375X-RAY DIFFRACTION96
2.1629-2.2070.19152380.15185440X-RAY DIFFRACTION96
2.207-2.2550.2092430.15765479X-RAY DIFFRACTION96
2.255-2.30740.20422560.15565417X-RAY DIFFRACTION96
2.3074-2.3650.19972930.15685442X-RAY DIFFRACTION96
2.365-2.42890.20342350.16215415X-RAY DIFFRACTION96
2.4289-2.50030.20142920.15755381X-RAY DIFFRACTION96
2.5003-2.58090.20012820.15745423X-RAY DIFFRACTION95
2.5809-2.67310.1962810.15255401X-RAY DIFFRACTION95
2.6731-2.780.19063120.15475281X-RAY DIFFRACTION95
2.78-2.90630.20432830.1545351X-RAY DIFFRACTION94
2.9063-3.05920.19282570.15415315X-RAY DIFFRACTION94
3.0592-3.25050.19492580.15135345X-RAY DIFFRACTION94
3.2505-3.50080.16772490.14425277X-RAY DIFFRACTION93
3.5008-3.85180.16222710.13165241X-RAY DIFFRACTION93
3.8518-4.40640.13292860.12285263X-RAY DIFFRACTION93
4.4064-5.54070.15292530.13195370X-RAY DIFFRACTION95
5.5407-24.320.17332680.15515359X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40350.06020.1261.01650.41881.04320.0026-0.02-0.03240.01820.00290.12060.0523-0.0483-0.0020.0892-0.0110.00620.1366-0.00030.1605-22.1907-31.978730.0903
20.4527-0.7313-0.75591.63041.36252.01650.02160.0398-0.1335-0.3275-0.11720.35720.0676-0.19110.06440.2014-0.0155-0.03870.17480.00090.1917-27.3418-39.141414.364
30.84220.29250.19091.58020.92881.8022-0.06030.1361-0.0191-0.34650.0484-0.32890.00950.3336-0.02150.21180.01350.05810.2386-0.00590.217-9.0882-43.59211.5555
40.4904-0.3435-0.32451.60350.91541.79870.01280.0282-0.0970.00430.00380.04060.2445-0.0501-0.00820.1627-0.0132-0.01050.13750.00840.2099-21.2588-47.709623.5616
50.25150.08410.03751.2253-0.18240.9469-0.0216-0.01110.0306-0.0182-0.01620.0923-0.0855-0.07130.02280.09540.00810.0050.1583-0.0110.183-26.4702-13.427430.0562
60.9272-0.53010.05521.33760.18980.8467-0.02010.0560.06240.08540.0106-0.0802-0.08410.0779-0.00510.0993-0.01850.0050.1601-0.00210.1789-11.6027-16.856240.336
70.98030.19720.2091.63970.82362.14460.0444-0.0972-0.05560.25960.0013-0.10180.11740.0338-0.03590.1355-0.0048-0.00350.14920.02230.1578-11.7898-29.846344.4539
80.8457-0.0459-0.16121.16820.0241.9303-0.03940.03730.0775-0.1364-0.0155-0.0846-0.13810.21170.05870.1568-0.01490.00050.13630.02180.2024-17.7272-9.479522.0442
91.512-0.30620.242.97990.06282.48030.04530.065-0.0515-0.3413-0.03380.04720.03350.04380.00440.1983-0.0074-0.02180.1490.00810.1593-23.7315-19.723312.2684
100.7157-0.191-0.00031.0920.26410.4729-0.0091-0.00060.0251-0.0073-0.03690.0916-0.0361-0.03650.03920.16830.016-0.01020.1376-0.00490.1551-28.321-31.7028-25.0801
110.48760.4899-0.06580.70560.41.04280.0683-0.08560.08150.189-0.0589-0.0298-0.0972-0.0401-0.00820.27390.0022-0.00990.18910.00480.1704-21.4307-22.1079-5.7344
120.63590.19070.05642.13541.37692.1881-0.0170.04520.1227-0.090.1117-0.2564-0.19610.3044-0.06820.2358-0.01510.00850.1915-0.00950.2335-14.3527-14.8829-16.3036
131.08191.05571.2562.5732.16832.4075-0.0548-0.0690.1158-0.159-0.14270.2732-0.2071-0.18490.21850.21140.04720.00210.17390.01660.214-32.1963-19.5043-22.8153
140.5946-0.24830.1331.6311-0.35171.29280.0679-0.0455-0.0994-0.0183-0.00770.18120.1686-0.1119-0.0550.1878-0.0091-0.00780.184-0.00910.1958-31.4276-50.3639-22.1365
151.1226-0.551-0.21140.9030.45040.73070.0780.1135-0.0452-0.0828-0.06490.20720.0882-0.1563-0.00310.2185-0.0125-0.04560.2023-0.00290.226-32.8199-49.6201-31.3682
161.26630.8937-0.11761.2825-0.0050.7643-0.12580.0134-0.0561-0.19920.0604-0.05660.06250.06250.02970.19530.0383-0.01040.1849-0.01310.1709-19.3391-47.3014-38.5237
170.83220.0195-0.01051.38570.37611.37520.04610.16010.0249-0.1619-0.0148-0.04280.0470.0383-0.03020.23470.0341-0.0010.2090.00580.1576-19.5947-34.1135-42.3931
180.987-0.04130.14611.2055-0.24061.6888-0.0064-0.0307-0.02550.16260.0064-0.07870.19310.18770.00880.22310.0114-0.01830.140.00490.2089-21.9896-54.2792-19.2025
191.28440.36650.1913.2486-0.03651.97070.0299-0.0724-0.05490.3628-0.0436-0.06320.01730.08080.00150.20370.0208-0.0120.14330.00470.1268-25.8982-43.9916-8.5838
200.72160.0371-0.02151.68790.75671.1011-0.04060.0264-0.0513-0.15660.06150.15440.0118-0.0645-0.01170.1628-0.0199-0.00520.17320.00580.1807-8.7536-15.7481-68.5422
210.7753-0.4903-0.39070.81270.31521.44250.08060.0912-0.0644-0.3844-0.04550.1595-0.0052-0.02820.00420.4183-0.0045-0.01860.2577-0.00190.2273-3.0494-22.3347-89.644
220.629-0.3655-0.69481.28361.46582.0769-0.06770.0321-0.1357-0.43810.1638-0.54230.23750.6769-0.04680.32060.01190.06740.3206-0.0390.261510.202-28.5555-83.0508
230.6281-0.2473-0.39381.52040.22991.4809-0.0173-0.0106-0.1242-0.12330.02160.12130.279-0.05350.0260.2586-0.0429-0.02310.1954-0.00390.22-6.1462-30.726-76.4407
240.7847-0.2473-0.02131.86270.69181.88490.00030.03630.0967-0.19910.03880.1797-0.2938-0.0385-0.04540.22170.004-0.01570.20090.01040.2171-11.51142.4265-64.9437
250.72610.0024-0.2971.26950.1551.16-0.0415-0.11170.05770.1250.095-0.1528-0.03290.2493-0.04840.1859-0.0106-0.02030.2686-0.02250.21213.0699-8.1728-53.106
260.6930.28890.0951.5570.54232.3335-0.0982-0.173-0.05710.36930.07760.04180.21360.04430.01130.19620.0096-0.00640.18310.02610.1941-3.1491-18.0253-50.3162
271.2841-0.1061-0.38551.6965-0.24742.34170.08760.09420.128-0.51280.1261-0.1375-0.39280.3224-0.14020.3677-0.05040.04980.15240.01570.2227-1.57857.3018-71.0678
281.1911-0.1559-0.18583.29050.39882.68360.02650.28860.0614-0.67510.01980.0039-0.3853-0.0101-0.07190.4563-0.0493-0.01520.23310.0270.1815-6.5467-1.1176-82.9675
290.6818-0.1231-0.16941.15510.32060.6706-0.0179-0.03850.02560.1430.0190.0465-0.0024-0.094-0.00590.11590.0140.01110.1603-0.00790.1513-4.3198-47.699371.3275
300.67320.30270.32891.9120.6152.25960.0475-0.11440.06650.42730.0171-0.0817-0.20640.0415-0.06910.26110.00860.00570.1772-0.0150.1920.6523-35.634985.347
310.9011-0.1968-0.01591.44340.20051.4625-0.0113-0.0064-0.07420.09140.01270.10020.1818-0.0886-0.01090.1275-0.01750.01510.17330.00550.1696-7.1415-65.773867.7812
321.43040.77430.04461.7567-0.09980.7107-0.049-0.1149-0.0987-0.1728-0.0414-0.23570.04280.04360.04520.12680.02340.02110.1894-0.00630.21427.4396-60.628457.87
330.9009-0.3135-0.07811.62530.39132.10660.0220.10160.0671-0.19490.0394-0.1906-0.05610.0903-0.06840.1358-0.00870.04660.1830.00660.20127.1077-47.087456.1047
340.9284-0.0332-0.06111.7582-0.14151.8205-0.0465-0.1369-0.08030.3247-0.002-0.16840.20510.25040.04630.20950.0237-0.02330.16380.01420.19531.8736-70.851674.9484
351.82470.4082-0.16253.04570.38392.2018-0.0108-0.1720.03180.46410.022-0.02010.11420.045-0.03270.34550.02730.01710.21560.02610.1744-4.3881-62.470286.386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 123 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 124 through 185 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 186 through 278 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 279 through 322 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 323 through 396 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 397 through 435 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 436 through 477 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 68 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 69 through 102 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 103 through 158 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 159 through 185 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 186 through 245 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 246 through 278 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 279 through 322 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 323 through 396 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 397 through 435 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 436 through 477 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 2 through 68 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 69 through 102 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 103 through 123 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 124 through 185 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 186 through 278 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 279 through 360 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 361 through 396 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 397 through 435 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 436 through 477 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 1 through 68 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 69 through 185 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 186 through 278 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 279 through 322 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 323 through 396 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 397 through 435 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 436 through 477 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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