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Yorodumi- PDB-9kyr: GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus D352N mutant c... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9kyr | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus D352N mutant complex with gama-cyclodextrin | ||||||
Components | Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / GH57 family / amylopullulanase / Aquifex aeolicus / cyclodextrin | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() Aquifex aeolicus VF5 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Zhu, Z.M. / Wang, W.W. / Yu, F. / Li, M.J. / Xu, Q. / Zhou, H. / Huang, L.Q. / Wang, Q.S. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2025Title: Mechanistic insights into cyclodextrins as substrates and inhibitors of GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus. Authors: Zhu, Z. / Li, M. / Xu, Q. / Huang, L. / Zhou, H. / Wang, W. / Wang, Q. / Yu, F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9kyr.cif.gz | 816.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9kyr.ent.gz | 684.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9kyr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9kyr_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9kyr_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML | 9kyr_validation.xml.gz | 89.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 9kyr_validation.cif.gz | 116 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/9kyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/9kyr | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9jltC ![]() 9jluC ![]() 9jlvC ![]() 9kypC ![]() 9kyqC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 57252.250 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D352N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Aquifex aeolicus VF5 (bacteria) / Gene: aq_720 / Production host: ![]() #2: Polysaccharide | Cyclooctakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 662 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.28 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 338 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M Sodium citrate, pH 4.2, 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL10U2 / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 10, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.89→64.76 Å / Num. obs: 143351 / % possible obs: 94.7 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.217 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 492924 |
| Reflection shell | Resolution: 1.89→1.94 Å / % possible obs: 92.8 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 2.21 / Num. measured all: 35725 / Num. unique obs: 10495 / CC1/2: 0.32 / Rpim(I) all: 1.396 / Rrim(I) all: 2.622 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 0.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89→24.329 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 28.07 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→24.329 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Aquifex aeolicus VF5 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
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