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万見
- PDB-9j7s: Crystal structure of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j7s
タイトルCrystal structure of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (DAHP synthase) from Providencia alcalifaciens complexed with Phe
要素Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / DAHP Synthase / inhibitor / barrel domain
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHENYLALANINE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Providencia alcalifaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jangid, K. / Mahto, J.K. / Kumar, K.A. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2025
タイトル: Structural and biochemical analyses reveal quinic acid inhibits DAHP synthase a key player in shikimate pathway.
著者: Jangid, K. / Mahto, J.K. / Kumar, K.A. / Dhaka, P. / Sharma, A. / Tariq, A. / Sharma, A.K. / Kumar, P.
履歴
登録2024年8月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,8159
ポリマ－155,0484
非ポリマー7675
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13230 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area43440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.234, 51.468, 132.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 38761.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Providencia alcalifaciens (バクテリア)
遺伝子: PROVALCAL_03276 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B6XIT1, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% PEG3350, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, and 2% v/v Tacsimate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25.17 Å / Num. obs: 53799 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5370 / CC1/2: 0.736

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KFL

1kfl


解像度: 2.5→25.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 0.007 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2655 2711 5 %RANDOM
Rwork0.23425 ---
obs0.23583 51076 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20.17 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→25.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9280 0 55 35 9370
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 195 -
Rwork0.298 3725 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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