PDB-9j5c: ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acido...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j5c

タイトル

ESTS1 phthalate ester degrading esterase from Sulfobacillus acidophilus in complex with diethylhexyl phthalate

要素

Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / ESTS1 / phthalate ester degrading esterase / diethylhexyl phthalate

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Verma, S. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Mechanistic and structural insights into EstS1 esterase: A potent broad-spectrum phthalate diester degrading enzyme.
著者: Verma, S. / Choudhary, S. / Amith Kumar, K. / Mahto, J.K. / Vamsi K, A.K. / Mishra, I. / Prakash, V.B. / Sircar, D. / Tomar, S. / Kumar Sharma, A. / Singla, J. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j5c.cif.gz	161 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j5c.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9j5c_validation.pdf.gz	520.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9j5c_full_validation.pdf.gz	524.5 KB	表示
XML形式データ	9j5c_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	9j5c_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/9j5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w98C 8ze9C 9j1eC 9j1gC 9j1vC 9j57C 9j58C 9j59C 9j5aC 9j5bC 9j5dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.258, 108.258, 44.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase fold-3 domain-containing protein / ESTS1 phthalate ester degradaring esterase 分子量: 34176.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 (バクテリア) 遺伝子: Sulac_0033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TV28
#2: 化合物	ChemComp-TKU / ~{O}1-[(2~{R})-2-ethylhexyl] ~{O}2-[(2~{S})-2-ethylhexyl] benzene-1,2-dicarboxylate / Bis(2-ethylhexyl) phthalate / Diethylhexyl phthalate / 1-O-[(2S)-2-ethylhexyl] 2-O-[(2R)-2-ethylhexyl] benzene-1,2-dicarboxylate 分子量: 390.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.278 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.049 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: Sodium malonate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→25.64 Å / Num. obs: 8440 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.06 % / R_rim(I) all: 0.43 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 8440 / R_rim(I) all: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→23.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.887 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.75 / SU B: 41.144 / SU ML: 0.384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.448 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2945	424	5.028 %
R_work	0.214	8009	-
all	0.218	-	-
obs	-	8433	99.834 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.405 Å²	0.202 Å²	0 Å²
2-	-	0.405 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.313 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→23.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2287	0	56	84	2427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.148	1.665	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.369	1.563	5218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.306	5	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.299	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.429	10	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.912	10	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	0.05	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	0.05	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	0.075	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0	0.075	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	0.05	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0	0.05	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0	0.075	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0	0.075	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	0	0.662	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	0	0.659	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.012	3	4678

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.769	0.45	35	0.263	575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.769-2.844	0.389	26	0.225	572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.844-2.925	0.241	32	0.21	557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.925-3.014	0.281	37	0.194	511	X-RAY DIFFRACTION	100
3.014-3.111	0.331	25	0.202	505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.111-3.218	0.284	26	0.214	515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.218-3.337	0.202	25	0.2	488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.337-3.471	0.22	24	0.211	461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.471-3.621	0.31	23	0.225	450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.621-3.793	0.264	32	0.239	431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.793-3.993	0.248	16	0.22	410	X-RAY DIFFRACTION	100
3.993-4.227	0.291	21	0.181	389	X-RAY DIFFRACTION	100
4.227-4.509	0.293	15	0.181	387	X-RAY DIFFRACTION	100
4.509-4.855	0.196	9	0.157	343	X-RAY DIFFRACTION	100
4.855-5.296	0.386	17	0.194	316	X-RAY DIFFRACTION	100
5.296-5.884	0.385	13	0.218	302	X-RAY DIFFRACTION	100
5.884-6.724	0.413	11	0.215	263	X-RAY DIFFRACTION	100
6.724-8	0.253	18	0.177	218	X-RAY DIFFRACTION	100
8-8.071	0.177	15	0.177	186	X-RAY DIFFRACTION	100
8.071-10	0.201	4	0.201	129	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -26.3822 Å / Origin y: -30.2149 Å / Origin z: -0.3103 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0283 Å²	0.0132 Å²	-0.0042 Å²	-	0.0283 Å²	-0.0007 Å²	-	-	0.0057 Å²
L	1.3907 °²	-0.3432 °²	0.1812 °²	-	1.6396 °²	0.1342 °²	-	-	1.9836 °²
S	0.024 Å °	0.0847 Å °	0.059 Å °	-0.0456 Å °	-0.0436 Å °	0.0287 Å °	-0.083 Å °	0.142 Å °	0.0197 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 304
2	X-RAY DIFFRACTION	1		A	401 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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