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- PDB-9izg: Cryo-EM structure of LPA1-Gq complex with LPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9izg
タイトルCryo-EM structure of LPA1-Gq complex with LPA
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 2
  • Gs-mini-Gq chimera
  • Soluble cytochrome b562,Lysophosphatidic acid receptor 1,LgBiT tag
  • scFv16
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / lysophosphatidic acid receptor activity / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis ...cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / lysophosphatidic acid receptor activity / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / G beta:gamma signalling through BTK / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thromboxane signalling through TP receptor / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Lysosphingolipid and LPA receptors / G-protein activation / lysophosphatidic acid binding / G alpha (s) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / Ca2+ pathway / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / G alpha (i) signalling events / negative regulation of cilium assembly / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / corpus callosum development / bleb assembly / oligodendrocyte development / cellular response to oxygen levels / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / regulation of synaptic vesicle cycle / regulation of metabolic process / optic nerve development / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of stress fiber assembly / neurogenesis / myelination / cerebellum development / dendritic shaft / GABA-ergic synapse / PDZ domain binding / cell chemotaxis / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / regulation of cell shape / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / presynaptic membrane / negative regulation of neuron projection development / GTPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration
類似検索 - 分子機能
Lysophosphatidic acid receptor EDG-2 / Lysophosphatidic acid receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily ...Lysophosphatidic acid receptor EDG-2 / Lysophosphatidic acid receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NKP / Soluble cytochrome b562 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Lysophosphatidic acid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Suzuki, S. / Nishikawa, K. / Kmegawa, A. / Hiroaki, Y. / Suzuki, H. / Fujiyoshi, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00451 日本
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the engagement of lysophosphatidic acid receptor 1 with different G proteins.
著者: Shota Suzuki / Kotaro Tanaka / Akiko Kamegawa / Kouki Nishikawa / Hiroshi Suzuki / Atsunori Oshima / Yoshinori Fujiyoshi /
要旨: Lysophosphatidic acid (LPA) and sphingosine-1-phosphate (S1P) are bioactive lysophospholipids derived from cell membranes that activate the endothelial differentiation gene family of G protein- ...Lysophosphatidic acid (LPA) and sphingosine-1-phosphate (S1P) are bioactive lysophospholipids derived from cell membranes that activate the endothelial differentiation gene family of G protein-coupled receptors. Activation of these receptors triggers multiple downstream signaling cascades through G proteins such as Gi/o, Gq/11, and G12/13. Therefore, LPA and S1P mediate several physiological processes, including cytoskeletal dynamics, neurite retraction, cell migration, cell proliferation, and intracellular ion fluxes. The basis for the G-protein coupling selectivity of EDG receptors, however, remains unknown. Here, we present cryo-electron microscopy structures of LPA-activated LPA1 in complexes with G, G, and G heterotrimers Comparison of the three LPA1-G protein structures shows clearly different conformations of intracellular loop 2 (ICL2) and ICL3 that are likely induced by the different Gα protein interfaces. Interestingly, this G-protein interface interaction is a common feature of LPA and S1P receptors. Our findings provide clues to understanding the promiscuity of G-protein coupling in the endothelial differentiation gene family.
履歴
登録2024年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
R: Soluble cytochrome b562,Lysophosphatidic acid receptor 1,LgBiT tag
A: Gs-mini-Gq chimera
S: scFv16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,6796
ポリマ－177,2425
非ポリマー4371
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 2分子 BC

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 41772.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nt His tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7729.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gng2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63213

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タンパク質 , 2種, 2分子 RA

#3: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Lysophosphatidic acid receptor 1,LgBiT tag / Cytochrome b-562 / LPA receptor 1 / LPA-1 / Lysophosphatidic acid receptor Edg-2


分子量: 73188.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nt HA siganal FLAG tag Ct LgBiT tag
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: cybC, LPAR1, EDG2, LPA1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: Q92633
#4: タンパク質 Gs-mini-Gq chimera


分子量: 28084.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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抗体 , 1種, 1分子 S

#5: 抗体 scFv16


分子量: 26466.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-NKP / (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate / 18:1 LPA / oleoyl lysophosphatidic acid / 1-オレオイルリゾホスファチジン酸


分子量: 436.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Multiprotein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 71 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 558935 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038889
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52412092
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.1961261
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421403
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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