PDB-9i76: Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with 4-(1H-pyrazole-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i76

タイトル

Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with 4-(1H-pyrazole-3-carboxamido)butanoic acid

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / protein-ligand complex / FabF

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Yadrykhins'ky, V. / Brenk, R.

資金援助

ノルウェー, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Towards new antibiotics: P. aeruginosa FabF ligands discovered by crystallographic fragment screening followed by hit expansion.
著者: Georgiou, C. / Espeland, L.O. / Bukya, H. / Yadrykhins'ky, V. / Haug, B.E. / Mainkar, P.S. / Brenk, R.

履歴

登録	2025年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i76.cif.gz	738.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i76.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i76_validation.pdf.gz	481.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i76_full_validation.pdf.gz	486.4 KB	表示
XML形式データ	9i76_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	9i76_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/9i76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/9i76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5sn5C 5sn6C 5sn7C 5sn8C 5sn9C 5snaC 5snbC 5sncC 5sndC 5sneC 5snfC 5sngC 5snhC 5sniC 5snjC 5snkC 5snlC 5snmC 5snnC 5snoC 5snpC 5snqC 5snrC 5snsC 5sntC 5snuC 5snvC 5snwC 5snxC 5snyC 5snzC 5so0C 5so1C 5so2C 5so3C 5so4C 5so5C 5so6C 5so7C 5so8C 5so9C 5soaC 5sobC 5socC 5sodC 5soeC 5sofC 5sogC 5sohC 8cn2C 8cn4C 8cn5C 8cn7C 8cn8C 8cneC 8cngC 8couC 8covC 8pd1C 8pfzC 8qerC 8qm1C 9gqvC 9i7kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (12) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Literature knowledge: The properties of the dimer interface were investigated with PISA (Baum et al., 2015), (Krissinel & Henrick, 2007)
89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.8, 103.8, 141.72
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 413 / Label seq-ID: 7 - 418

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 分子量: 43996.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C164A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fabF1, PA2965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II

-
非ポリマー , 5種, 354分子

#2: 化合物	ChemComp-A1I0O / 4-(1~{H}-pyrazol-3-ylcarbonylamino)butanoic acid 分子量: 197.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁N₃O₃
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.24 ammonium formate and 35% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03321 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→48.74 Å / Num. obs: 125625 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 7.3 % / Num. unique obs: 6169 / CC_1/2: 0.482 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
pointless	1.12.8	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.47→48.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 3.383 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1898	6418	5.111 %
R_work	0.1616	119162	-
all	0.163	-	-
obs	-	125580	99.811 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.283 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.708 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→48.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6066	0	132	322	6520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	6436
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	6128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.983	1.808	8691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.791	1.742	14029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.658	5	868
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.874	5	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.151	10	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.709	10	273
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	7938
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	5572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.089	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.14	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.085	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.356	2.105	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.359	2.105	3347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.253	3.778	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.253	3.78	4194
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.499	2.709	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.447	2.693	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.255	4.699	4477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.257	4.7	4478
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.031	22.142	6899
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.034	22.141	6898
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.067	0.05	13317

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06714	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06714	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.47-1.508	0.418	443	0.402	8796	X-RAY DIFFRACTION	99.7948
1.508-1.55	0.348	414	0.339	8561	X-RAY DIFFRACTION	99.9777
1.55-1.594	0.313	408	0.286	8323	X-RAY DIFFRACTION	99.9885
1.594-1.643	0.245	442	0.243	8091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.643-1.697	0.24	434	0.221	7749	X-RAY DIFFRACTION	99.9633
1.697-1.757	0.235	446	0.203	7498	X-RAY DIFFRACTION	99.1389
1.757-1.823	0.209	402	0.176	7239	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.823-1.897	0.18	384	0.152	7041	X-RAY DIFFRACTION	99.9731
1.897-1.982	0.177	402	0.145	6700	X-RAY DIFFRACTION	99.9859
1.982-2.078	0.178	344	0.14	6488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.19	0.17	325	0.134	6190	X-RAY DIFFRACTION	99.954
2.19-2.323	0.158	300	0.132	5831	X-RAY DIFFRACTION	99.9185
2.323-2.483	0.185	315	0.136	5435	X-RAY DIFFRACTION	99.4122
2.483-2.681	0.185	272	0.139	5141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-2.936	0.184	277	0.145	4693	X-RAY DIFFRACTION	99.9799
2.936-3.281	0.18	227	0.158	4306	X-RAY DIFFRACTION	99.9559
3.281-3.786	0.175	214	0.152	3795	X-RAY DIFFRACTION	99.9003
3.786-4.63	0.153	165	0.137	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.6481
4.63-6.518	0.198	137	0.171	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.7775
6.518-48.73	0.209	67	0.181	1498	X-RAY DIFFRACTION	99.6181

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2314	0.0735	0.0855	0.2922	0.1754	0.1559	0.0137	-0.0042	-0.0585	0.0132	0.015	-0.029	0.0022	-0.0247	-0.0286	0.0103	-0.003	-0.0066	0.0349	0.0057	0.0169	-5.0126	-14.3522	-3.1514
2	0.5126	-0.0905	-0.1321	0.0378	-0.0097	0.0847	-0.0168	-0.0201	0.0556	-0.0091	-0.0049	-0.0314	0.0244	0.0263	0.0217	0.0082	0.0088	0.0101	0.0372	0.0055	0.0289	-36.1014	-4.0877	-38.7055

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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