PDB-9gqv: Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-((1-((2-hydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gqv

タイトル

Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-((1-((2-hydroxy-4-methylpentanamido)methyl)cyclobutyl)methyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / protein-ligand complex / FabF

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.766 Å

データ登録者

Yadrykhins'ky, V. / Brenk, R.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Towards new antibiotics: P. aeruginosa FabF ligands discovered by crystallographic fragment screening followed by hit expansion.
著者: Georgiou, C. / Espeland, L.O. / Bukya, H. / Yadrykhins'ky, V. / Haug, B.E. / Mainkar, P.S. / Brenk, R.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gqv.cif.gz	732.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gqv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/9gqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5sn5C 5sn6C 5sn7C 5sn8C 5sn9C 5snaC 5snbC 5sncC 5sndC 5sneC 5snfC 5sngC 5snhC 5sniC 5snjC 5snkC 5snlC 5snmC 5snnC 5snoC 5snpC 5snqC 5snrC 5snsC 5sntC 5snuC 5snvC 5snwC 5snxC 5snyC 5snzC 5so0C 5so1C 5so2C 5so3C 5so4C 5so5C 5so6C 5so7C 5so8C 5so9C 5soaC 5sobC 5socC 5sodC 5soeC 5sofC 5sogC 5sohC 8cn2C 8cn4C 8cn5C 8cn7C 8cn8C 8cneC 8cngC 8couC 8covC 8pd1C 8pfzC 8qerC 8qm1C 9i76C 9i7kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (12) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

90 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: From the literature review: A dimer is suggested via analysis of the apo structure using PISA (Baum et al., 2015)
45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.679, 103.811, 143.318
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 413 / Label seq-ID: 9 - 418

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 分子量: 43996.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fabF1, PA2965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II

-
非ポリマー , 5種, 371分子

#2: 化合物	ChemComp-A1IOR / ~{N}-[[1-[[[(2~{S})-4-methyl-2-oxidanyl-pentanoyl]amino]methyl]cyclobutyl]methyl]-1~{H}-pyrazole-3-carboxamide 分子量: 322.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₆N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.24M ammonium formate and 35% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.766→51.91 Å / Num. obs: 73113 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/av σ(I): 10 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 1.276 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3398 / CC_1/2: 0.28 / R_pim(I) all: 0.713 / R_rim(I) all: 1.471 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2	3.12.0	データ削減
DIALS	3.12.1	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.766→51.905 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 8.159 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	3737	5.113 %
R_work	0.1818	69350	-
all	0.184	-	-
obs	-	73087	99.151 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.684 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.689 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.325 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.637 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.766→51.905 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6032	0	124	345	6501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	6308
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	5956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.976	1.804	8521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.035	1.737	13644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.371	5	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.27	5.938	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.787	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.066	10	964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.772	10	263
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.145	0.2	5458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.147	0.2	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.066	0.2	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.055	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.114	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.708	2.342	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.707	2.343	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.385	4.217	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.385	4.219	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.114	2.902	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.114	2.903	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.838	5.104	4363
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.838	5.104	4364
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.905	24.146	6771
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.862	24.026	6711
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.056	0.05	13040

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05636	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05636	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.766-1.812	0.342	236	0.331	4878	0.332	5372	0.902	0.904	95.1973	0.321
1.812-1.861	0.298	289	0.305	4981	0.305	5281	0.921	0.921	99.7917	0.289
1.861-1.915	0.279	284	0.277	4793	0.277	5078	0.94	0.942	99.9803	0.253
1.915-1.974	0.238	234	0.248	4737	0.248	4972	0.958	0.956	99.9799	0.219
1.974-2.039	0.241	232	0.228	4589	0.228	4825	0.958	0.964	99.9171	0.19
2.039-2.11	0.253	263	0.212	4413	0.214	4677	0.957	0.969	99.9786	0.171
2.11-2.19	0.234	258	0.187	4274	0.19	4536	0.965	0.977	99.9118	0.15
2.19-2.279	0.229	230	0.176	4089	0.179	4323	0.963	0.98	99.9075	0.136
2.279-2.38	0.203	195	0.17	3949	0.172	4157	0.974	0.982	99.6873	0.132
2.38-2.496	0.242	197	0.168	3790	0.172	4012	0.959	0.983	99.3769	0.131
2.496-2.631	0.203	209	0.164	3468	0.167	3782	0.975	0.984	97.2237	0.131
2.631-2.79	0.194	173	0.154	3439	0.156	3631	0.977	0.986	99.4767	0.122
2.79-2.982	0.189	139	0.151	3240	0.152	3382	0.976	0.986	99.9113	0.124
2.982-3.22	0.242	147	0.174	2998	0.177	3152	0.963	0.98	99.7779	0.149
3.22-3.526	0.188	151	0.152	2767	0.154	2931	0.979	0.986	99.5565	0.136
3.526-3.939	0.212	125	0.163	2517	0.165	2656	0.975	0.985	99.4729	0.152
3.939-4.545	0.175	145	0.149	2219	0.15	2384	0.981	0.986	99.1611	0.145
4.545-5.555	0.209	98	0.168	1865	0.17	2012	0.977	0.984	97.5646	0.165
5.555-7.812	0.227	76	0.2	1475	0.201	1580	0.964	0.974	98.1646	0.192
7.812-51.905	0.306	56	0.217	869	0.223	948	0.917	0.956	97.5738	0.225

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0057	-0.0518	-0.499	0.0047	0.0212	0.2588	-0.0399	-0.0988	0.0346	-0.0019	0.0129	-0.0172	0.0353	0.0567	0.027	0.0149	0.0172	0.0269	0.0481	-0.0071	0.1364	-35.8904	-3.6124	32.249
2	0.2012	0.0819	0.0728	0.3711	0.2651	0.2163	-0.0046	0.0078	-0.0711	0.0313	0.018	-0.0381	0.0182	-0.0157	-0.0135	0.0211	0.0002	0.0064	0.0349	0.0083	0.1404	-5.2089	-14.2514	68.2456

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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