PDB-9i7k: Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-(3-(2-(1H-pyr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i7k

タイトル

Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-(3-(2-(1H-pyrrol-1-yl)propanamido)-2-hydroxy-2-methylpropyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / protein-ligand complex / FabF

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.827 Å

データ登録者

Yadrykhinsky, V. / Brenk, R.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Towards new antibiotics: P. aeruginosa FabF ligands discovered by crystallographic fragment screening followed by hit expansion.
著者: Georgiou, C. / Espeland, L.O. / Bukya, H. / Yadrykhins'ky, V. / Haug, B.E. / Mainkar, P.S. / Brenk, R.

履歴

登録	2025年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i7k.cif.gz	723 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i7k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i7k_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i7k_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9i7k_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	9i7k_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/9i7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/9i7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5sn5C 5sn6C 5sn7C 5sn8C 5sn9C 5snaC 5snbC 5sncC 5sndC 5sneC 5snfC 5sngC 5snhC 5sniC 5snjC 5snkC 5snlC 5snmC 5snnC 5snoC 5snpC 5snqC 5snrC 5snsC 5sntC 5snuC 5snvC 5snwC 5snxC 5snyC 5snzC 5so0C 5so1C 5so2C 5so3C 5so4C 5so5C 5so6C 5so7C 5so8C 5so9C 5soaC 5sobC 5socC 5sodC 5soeC 5sofC 5sogC 5sohC 8cn2C 8cn4C 8cn5C 8cn7C 8cn8C 8cneC 8cngC 8couC 8covC 8pd1C 8pfzC 8qerC 8qm1C 9gqvC 9i76C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (12) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: Literature knowledge: The properties of the dimer interface were investigated with PISA (Baum et al., 2015), (Krissinel & Henrick, 2007)
90 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
90.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.744, 104.195, 142.593
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 412 / Label seq-ID: 9 - 417

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 分子量: 43996.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fabF1, PA2965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-A1I03 / ~{N}-[(2~{S})-2-methyl-2-oxidanyl-3-[[(2~{S})-2-pyrrol-1-ylpropanoyl]amino]propyl]-1~{H}-pyrazole-3-carboxamide 分子量: 319.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.24 ammonium formate and 35% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.873129 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873129 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.827→72.426 Å / Num. obs: 66594 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 1.827→1.858 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3321 / CC_1/2: 0.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC	1.1.7	データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.827→72.426 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.173 / SU B: 8.07 / SU ML: 0.111 / Average fsc free: 0.9581 / Average fsc work: 0.9693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	3267	4.934 %
R_work	0.1731	62949	-
all	0.175	-	-
obs	-	66216	99.394 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.701 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.666 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.327 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.339 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.827→72.426 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6043	0	117	221	6381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	6277
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	5910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.171	1.802	8485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.041	1.734	13522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.268	5	841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.041	5.968	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	9.805	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.853	10	954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.938	10	256
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7704
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.139	0.2	5361
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.093	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.088	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.089	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.025	1.737	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.025	1.737	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.751	3.121	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.751	3.122	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.023	2.325	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.022	2.325	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.969	4.034	4330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.969	4.034	4331
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.758	17.948	6673
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.758	17.936	6656
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.068	0.05	12892

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0678	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0678	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.827-1.874	0.309	223	0.322	4389	0.321	4864	0.915	0.909	94.8191	0.322
1.874-1.925	0.308	248	0.291	4425	0.292	4752	0.916	0.93	98.3375	0.29
1.925-1.981	0.292	228	0.266	4372	0.267	4624	0.932	0.944	99.481	0.263
1.981-2.042	0.284	220	0.241	4266	0.243	4493	0.942	0.954	99.8442	0.233
2.042-2.109	0.236	231	0.205	4131	0.206	4368	0.957	0.969	99.8626	0.195
2.109-2.183	0.239	231	0.191	3983	0.193	4219	0.963	0.975	99.8815	0.179
2.183-2.265	0.23	201	0.177	3893	0.179	4096	0.965	0.978	99.9512	0.164
2.265-2.358	0.248	161	0.163	3728	0.167	3893	0.959	0.982	99.8973	0.151
2.358-2.463	0.195	184	0.154	3600	0.156	3786	0.974	0.986	99.9472	0.141
2.463-2.583	0.218	193	0.148	3416	0.152	3609	0.97	0.986	100	0.137
2.583-2.722	0.196	168	0.146	3259	0.149	3429	0.974	0.987	99.9417	0.137
2.722-2.887	0.198	142	0.15	3122	0.152	3266	0.975	0.986	99.9388	0.144
2.887-3.086	0.207	166	0.15	2887	0.153	3053	0.973	0.985	100	0.146
3.086-3.333	0.177	138	0.143	2740	0.144	2878	0.981	0.987	100	0.145
3.333-3.65	0.203	131	0.151	2500	0.154	2632	0.976	0.986	99.962	0.161
3.65-4.08	0.184	127	0.145	2279	0.147	2407	0.98	0.989	99.9585	0.162
4.08-4.708	0.179	93	0.135	2047	0.137	2140	0.987	0.99	100	0.16
4.708-5.76	0.183	84	0.157	1726	0.159	1810	0.982	0.988	100	0.19
5.76-8.12	0.231	58	0.167	1385	0.17	1443	0.971	0.984	100	0.203
8.12-72.426	0.193	40	0.18	801	0.181	847	0.971	0.98	99.2916	0.238

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7851	-0.0999	0.3114	0.0618	0.0077	0.1692	-0.0148	-0.0382	-0.059	-0.023	0.0029	0.0406	-0.0317	-0.021	0.012	0.0139	0.0083	-0.0152	0.0595	0.0053	0.0275	35.8762	3.6527	-39.2033
2	0.2726	0.0676	0.0072	0.3108	-0.2585	0.2581	-0.0142	0.0148	0.0676	0.0207	0.0263	0.0342	-0.0091	0.014	-0.0121	0.0236	0.0028	0.0002	0.0504	-0.0017	0.0205	5.3556	14.3672	-3.482

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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