PDB-9hn6: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hn6

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodido analogue of picoplatin with ribonuclease A

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / platin / interaction / metallodrug / picoplatin / diiodido analogue / ribonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: Cytotoxicity and Binding to DNA, Lysozyme, Ribonuclease A, and Human Serum Albumin of the Diiodido Analog of Picoplatin.
著者: Ferraro, G. / Pracharova, J. / Gotte, G. / Massai, L. / Berecka, M. / Starha, P. / Messori, L. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hn6.cif.gz	69.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hn6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hn6_validation.pdf.gz	7.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hn6_full_validation.pdf.gz	7.2 MB	表示
XML形式データ	9hn6_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	9hn6_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/9hn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/9hn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hlkC 9hmkC 9hmqC 9hnbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ribonuclease pancreatic

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.040, 32.640, 73.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.109, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease

-
非ポリマー , 5種, 167分子

#2: 化合物	ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア分子量: 17.031 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₃
#3: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 20% PEG4000, and 0.1 M sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→73.45 Å / Num. obs: 23489 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6936 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.393 / R_rim(I) all: 0.966 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→73.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 3.329 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2761	1094	4.674 %
R_work	0.208	22312	-
all	0.211	-	-
obs	-	23406	99.254 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.929 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.146 Å²	0 Å²	-0.075 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.057 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→73.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1852	0	30	137	2019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.109	0.01	39
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.658	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.42	1.58	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.047	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.065	23.878	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.381	15	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.891	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.234	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.317	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.041	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.234	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.78	3.573	980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.771	3.571	979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.275	5.319	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.268	5.32	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.524	3.905	944
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.52	3.904	944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.182	5.722	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.928	5.706	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.156	42.624	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.109	42.463	2106

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.816	0.306	83	0.264	1576	X-RAY DIFFRACTION	95.2901
1.816-1.866	0.285	70	0.25	1565	X-RAY DIFFRACTION	99.5131
1.866-1.92	0.29	88	0.233	1577	X-RAY DIFFRACTION	99.5218
1.92-1.979	0.238	98	0.234	1450	X-RAY DIFFRACTION	99.4859
1.979-2.044	0.298	58	0.219	1504	X-RAY DIFFRACTION	99.4904
2.044-2.115	0.277	67	0.212	1414	X-RAY DIFFRACTION	99.6635
2.115-2.195	0.282	71	0.204	1372	X-RAY DIFFRACTION	99.7236
2.195-2.285	0.274	53	0.212	1311	X-RAY DIFFRACTION	99.562
2.285-2.386	0.305	57	0.219	1272	X-RAY DIFFRACTION	99.3274
2.386-2.502	0.249	50	0.214	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.502-2.638	0.298	60	0.215	1125	X-RAY DIFFRACTION	99.5798
2.638-2.797	0.223	63	0.212	1084	X-RAY DIFFRACTION	99.7391
2.797-2.99	0.257	45	0.201	1039	X-RAY DIFFRACTION	99.6324
2.99-3.229	0.225	36	0.202	977	X-RAY DIFFRACTION	99.9014
3.229-3.537	0.266	51	0.189	877	X-RAY DIFFRACTION	99.5708
3.537-3.953	0.242	39	0.178	800	X-RAY DIFFRACTION	98.9387
3.953-4.563	0.228	28	0.163	730	X-RAY DIFFRACTION	99.7368
4.563-5.583	0.267	41	0.182	611	X-RAY DIFFRACTION	100
5.583-7.872	0.332	23	0.242	478	X-RAY DIFFRACTION	99.2079

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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