PDB-9hlk: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hlk

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodido analogue of picoplatin with lysozyme (structure A)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / metallodrug / picoplatin / analogue / diiodido / protein-metal interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: Cytotoxicity and Binding to DNA, Lysozyme, Ribonuclease A, and Human Serum Albumin of the Diiodido Analog of Picoplatin.
著者: Ferraro, G. / Pracharova, J. / Gotte, G. / Massai, L. / Berecka, M. / Starha, P. / Messori, L. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hlk.cif.gz	45.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hlk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hlk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hlk_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hlk_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9hlk_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	9hlk_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/9hlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/9hlk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hmkC 9hmqC 9hn6C 9hnbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (3)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.400, 78.400, 36.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-311- HOH
2	1	AAA-313- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 83分子

#2: 化合物	ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア分子量: 17.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.1 M sodium chloride 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→55.44 Å / Num. obs: 8548 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 20.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 29.9
反射シェル	解像度: 1.96→2 Å / 冗長度: 23.3 % / R_merge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 381 / CC_1/2: 0.969 / R_pim(I) all: 0.204 / R_rim(I) all: 0.987 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→55.437 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 6.276 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2691	412	4.827 %
R_work	0.2057	8124	-
all	0.209	-	-
obs	-	8536	98.205 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.371 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.197 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.197 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.394 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→55.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	14	72	1087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	950
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.011	0.01	8
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.76	1.639	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.412	1.588	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.381	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.289	20.441	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.908	15	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.942	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	967
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.28	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4	4.048	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.877	4.023	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.538	6.031	675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.597	6.05	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.545	4.527	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.543	4.527	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.561	6.698	811
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.448	6.677	808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.344	48.499	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.347	48.444	1327

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.96-2.011	0.385	33	0.211	541	0.222	624	0.874	0.938	91.9872	0.177
2.011-2.066	0.426	23	0.304	588	0.308	613	0.701	0.761	99.6737	0.257
2.066-2.126	0.387	32	0.3	547	0.305	583	0.705	0.715	99.3139	0.261
2.126-2.191	0.314	27	0.315	548	0.315	576	0.647	0.683	99.8264	0.271
2.191-2.263	0.566	25	0.461	495	0.467	562	0.74	0.77	92.5267	0.398
2.263-2.342	0.25	20	0.272	496	0.271	556	0.894	0.851	92.8058	0.238
2.342-2.43	0.293	27	0.235	488	0.239	515	0.88	0.898	100	0.213
2.43-2.529	0.277	24	0.216	488	0.219	513	0.86	0.899	99.8051	0.198
2.529-2.642	0.333	21	0.227	475	0.232	497	0.882	0.901	99.7988	0.214
2.642-2.77	0.302	25	0.236	429	0.24	455	0.843	0.892	99.7802	0.232
2.77-2.92	0.3	17	0.219	435	0.223	452	0.902	0.909	100	0.227
2.92-3.096	0.384	24	0.209	412	0.216	436	0.896	0.917	100	0.224
3.096-3.309	0.219	23	0.184	369	0.186	392	0.931	0.942	100	0.211
3.309-3.573	0.272	17	0.185	365	0.189	382	0.922	0.951	100	0.203
3.573-3.913	0.21	20	0.16	327	0.163	347	0.961	0.963	100	0.179
3.913-4.372	0.237	15	0.13	303	0.135	318	0.947	0.975	100	0.166
4.372-5.043	0.145	12	0.157	277	0.156	289	0.979	0.967	100	0.21
5.043-6.163	0.167	13	0.171	241	0.171	255	0.958	0.962	99.6078	0.207
6.163-8.663	0.169	8	0.175	189	0.175	197	0.962	0.967	100	0.214
8.663-55.437	0.415	6	0.196	111	0.202	130	0.934	0.967	90	0.248

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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