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- PDB-9hnb: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hnb
タイトルX-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodido analogue of picoplatin with human serum albumin
要素Serum albumin
キーワードHYDROLASE / platin / interaction / metallodrug / picoplatin / diiodido analogue / albumin
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Ferraro, G. / Merlino, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
NextGenerationEU-MUR PNRR Extended Partnership initiative on Emerging Infectious Diseases (INF-ACT)2022JMFC3X イタリア
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: Cytotoxicity and Binding to DNA, Lysozyme, Ribonuclease A, and Human Serum Albumin of the Diiodido Analog of Picoplatin.
著者: Ferraro, G. / Pracharova, J. / Gotte, G. / Massai, L. / Berecka, M. / Starha, P. / Messori, L. / Merlino, A.
履歴
登録2024年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1564
ポリマ－66,5711
非ポリマー5853
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.070, 86.550, 59.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.548, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25-30% PEG3350 -50 mM potassium phosphate buffer pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→47.42 Å / Num. obs: 5252 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.9→3.97 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.929 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 260 / CC1/2: 0.568 / Rpim(I) all: 0.573 / Rrim(I) all: 1.097 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→47.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.845 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 89.719 / SU ML: 1.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.257 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3275 263 5.296 %
Rwork0.2917 4703 -
all0.293 --
obs-4966 93.363 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 112.871 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.282 Å2-0 Å21.783 Å2
2---0.81 Å2-0 Å2
3---1.181 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4195 0 3 0 4198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173906
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.0040.018189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.6485827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5971.5769074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0095540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92323.333210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.18915727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7431520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2750.21209
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.23718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.22085
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1740.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.4450.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.75712.2792169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.73312.2742168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.83918.412706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.84218.4152707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.21812.6612125
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.21812.6552123
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.17518.8243121
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.17418.8243121
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it17.921254.1210469
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other17.918254.10610469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-4.0010.396220.317274X-RAY DIFFRACTION77.6903
4.001-4.110.418130.301280X-RAY DIFFRACTION80.274
4.11-4.2280.422130.287305X-RAY DIFFRACTION84.5745
4.228-4.3580.272190.281308X-RAY DIFFRACTION87.4332
4.358-4.50.406150.246294X-RAY DIFFRACTION91.9643
4.5-4.6570.399150.258298X-RAY DIFFRACTION93.7126
4.657-4.8310.31220.232314X-RAY DIFFRACTION99.7033
4.831-5.0270.268250.264279X-RAY DIFFRACTION99.0228
5.027-5.2490.249170.23288X-RAY DIFFRACTION100
5.249-5.5030.41460.278279X-RAY DIFFRACTION100
5.503-5.7980.325150.314261X-RAY DIFFRACTION98.9247
5.798-6.1460.447190.32230X-RAY DIFFRACTION97.6471
6.146-6.5650.348100.315240X-RAY DIFFRACTION99.2063
6.565-7.0830.336120.301208X-RAY DIFFRACTION99.0991
7.083-7.7480.376100.271194X-RAY DIFFRACTION99.0291
7.748-8.6430.284110.265187X-RAY DIFFRACTION99
8.643-9.9430.28680.268152X-RAY DIFFRACTION95.8084
9.943-12.090.06740.3142X-RAY DIFFRACTION97.9866
12.09-16.7390.39950.379105X-RAY DIFFRACTION97.3451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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