PDB-9hmq: X-structure of the adduct formed upon reaction of the diiodido an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hmq

タイトル

X-structure of the adduct formed upon reaction of the diiodido analogue of picoplatin with lysozyme (structure C)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / picoplatin / metallodrug / diiodide analogue / lysozyme / interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: Cytotoxicity and Binding to DNA, Lysozyme, Ribonuclease A, and Human Serum Albumin of the Diiodido Analog of Picoplatin.
著者: Ferraro, G. / Pracharova, J. / Gotte, G. / Massai, L. / Berecka, M. / Starha, P. / Messori, L. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hmq.cif.gz	43.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hmq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hmq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/9hmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/9hmq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hlkC 9hmkC 9hn6C 9hnbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (4)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.010, 79.010, 35.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-322- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア分子量: 17.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₃
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M sodium formate and 0.1 Hepes buffer pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→39.51 Å / Num. obs: 5691 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 2.25→2.28 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. unique obs: 271 / CC_1/2: 0.939 / R_pim(I) all: 0.123 / R_rim(I) all: 0.516 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→39.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 9.869 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.478 / ESU R Free: 0.28 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2771	262	4.648 %
R_work	0.2242	5375	-
all	0.227	-	-
obs	-	5637	99.121 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.585 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.039 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.039 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.078 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	995	0	9	22	1026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	950
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.032	0.01	18
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.538	1.639	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.316	1.595	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.019	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.815	21.167	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.404	15	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.057	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.112	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.226	5.7	520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.207	5.691	519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.006	8.555	661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.977	8.559	654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.887	6.215	515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.877	6.216	515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.968	9.174	787
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.094	9.143	773
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.759	67.526	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.762	67.586	1227

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.308	0.621	20	0.471	343	X-RAY DIFFRACTION	90.5237
2.308-2.371	0.435	17	0.328	381	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.371-2.44	0.513	15	0.31	361	X-RAY DIFFRACTION	99.4709
2.44-2.515	0.299	13	0.268	368	X-RAY DIFFRACTION	99.7382
2.515-2.597	0.227	20	0.227	340	X-RAY DIFFRACTION	99.723
2.597-2.688	0.502	12	0.255	353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.688-2.79	0.416	19	0.249	324	X-RAY DIFFRACTION	99.7093
2.79-2.903	0.252	13	0.227	318	X-RAY DIFFRACTION	99.6988
2.903-3.032	0.271	17	0.232	298	X-RAY DIFFRACTION	100
3.032-3.179	0.229	12	0.21	295	X-RAY DIFFRACTION	99.6753
3.179-3.351	0.265	13	0.227	279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.351-3.553	0.248	10	0.207	268	X-RAY DIFFRACTION	99.6416
3.553-3.797	0.256	19	0.204	243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.797-4.1	0.312	14	0.185	231	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.489	0.128	13	0.128	220	X-RAY DIFFRACTION	100
4.489-5.015	0.18	7	0.176	209	X-RAY DIFFRACTION	100
5.015-5.783	0.46	6	0.186	182	X-RAY DIFFRACTION	100
5.783-7.064	0.294	9	0.21	157	X-RAY DIFFRACTION	100
7.064-9.911	0.266	9	0.186	122	X-RAY DIFFRACTION	99.2424

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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