PDB-9hmk: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hmk

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodido analogue of picoplatin with lysozyme (structure B)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / metallodrug / picoplatin / diiodido analogue / lysozyme / protein-metal interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: Cytotoxicity and Binding to DNA, Lysozyme, Ribonuclease A, and Human Serum Albumin of the Diiodido Analog of Picoplatin.
著者: Ferraro, G. / Pracharova, J. / Gotte, G. / Massai, L. / Berecka, M. / Starha, P. / Messori, L. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hmk.cif.gz	46.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hmk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/9hmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/9hmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hlkC 9hmqC 9hn6C 9hnbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (4)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.150, 79.150, 36.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-402- HOH
2	1	AAA-416- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→39.606 Å / Num. obs: 19656 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 20.3 % / R_merge(I) obs: 1.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 975 / CC_1/2: 0.914 / R_rim(I) all: 1.658 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→39.606 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.5 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2588	896	4.867 %
R_work	0.2251	17513	-
all	0.227	-	-
obs	-	18409	93.608 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.239 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.236 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.236 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.472 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→39.606 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	6	122	1129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.013	0.01	6
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.657	1.637	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.461	1.599	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.272	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.075	19.853	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.616	15	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.155	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.141	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.269	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.219	2.483	544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.206	2.475	543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.014	3.718	687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.018	3.726	688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.884	2.838	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.881	2.837	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.818	4.2	809
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.663	4.165	803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.613	30.675	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.542	30.106	1307

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.518	0.313	45	0.3	913	X-RAY DIFFRACTION	67.5123
1.518-1.56	0.353	49	0.311	976	X-RAY DIFFRACTION	73.3715
1.56-1.605	0.31	49	0.3	1029	X-RAY DIFFRACTION	80.568
1.605-1.655	0.315	62	0.288	1113	X-RAY DIFFRACTION	88.8805
1.655-1.709	0.352	73	0.304	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.769	0.328	62	0.292	1167	X-RAY DIFFRACTION	99.9187
1.769-1.835	0.286	53	0.279	1136	X-RAY DIFFRACTION	99.916
1.835-1.91	0.301	48	0.286	1105	X-RAY DIFFRACTION	99.9133
1.91-1.995	0.313	60	0.261	1044	X-RAY DIFFRACTION	100
1.995-2.092	0.232	45	0.249	1018	X-RAY DIFFRACTION	99.906
2.092-2.205	0.281	44	0.231	962	X-RAY DIFFRACTION	99.8016
2.205-2.339	0.278	53	0.221	912	X-RAY DIFFRACTION	99.7932
2.339-2.5	0.297	45	0.227	865	X-RAY DIFFRACTION	99.8902
2.5-2.7	0.272	46	0.231	802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.957	0.329	37	0.219	754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.957-3.305	0.194	34	0.194	688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.305-3.814	0.258	30	0.195	608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.814-4.665	0.197	24	0.175	535	X-RAY DIFFRACTION	100
4.665-6.575	0.191	27	0.196	414	X-RAY DIFFRACTION	100
6.575-39.606	0.22	10	0.22	264	X-RAY DIFFRACTION	98.917

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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