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- PDB-9hl1: DtpB in complex with photocaged nitric oxide, 10 ms, 10 microjoul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hl1
タイトルDtpB in complex with photocaged nitric oxide, 10 ms, 10 microjoule, SFX
要素Dyp-type peroxidase family
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxidase / DyP / photocage
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / Dyp-type peroxidase family
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Smyth, P. / Williams, L.J. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R. / Owen, R.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other government 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Time-resolved serial synchrotron and serial femtosecond crystallography of heme proteins using photocaged nitric oxide.
著者: Smyth, P. / Jaho, S. / Williams, L.J. / Karras, G. / Fitzpatrick, A. / Thompson, A.J. / Battah, S. / Axford, D. / Horrell, S. / Lucic, M. / Ishihara, K. / Kataoka, M. / Matsuura, H. / Shimba, ...著者: Smyth, P. / Jaho, S. / Williams, L.J. / Karras, G. / Fitzpatrick, A. / Thompson, A.J. / Battah, S. / Axford, D. / Horrell, S. / Lucic, M. / Ishihara, K. / Kataoka, M. / Matsuura, H. / Shimba, K. / Tono, K. / Tosha, T. / Sugimoto, H. / Owada, S. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R. / Owen, R.L.
履歴
登録2024年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dyp-type peroxidase family
B: Dyp-type peroxidase family
C: Dyp-type peroxidase family
D: Dyp-type peroxidase family
E: Dyp-type peroxidase family
F: Dyp-type peroxidase family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,82218
ポリマ－198,9436
非ポリマー3,87912
水19,8531102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23510 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area66010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.073, 122.875, 194.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Dyp-type peroxidase family


分子量: 33157.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: SSPG_00656 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A7U8UU09
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide


分子量: 30.006 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode
詳細: 50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Magnesium chloride, 20% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2023年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→103.95 Å / Num. obs: 295889 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 168.6 % / CC1/2: 0.994 / R split: 0.096 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 14630 / CC1/2: 0.316 / R split: 1.256
Serial crystallography measurementPulse duration: 10 fsec. / Pulse energy: 432 µJ / Pulse photon energy: 10.993 keV / XFEL pulse repetition rate: 30000 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→44.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.767 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23363 2027 0.7 %RANDOM
Rwork0.20874 ---
obs0.20891 293539 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.355 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å2-0 Å2
2--0.14 Å2-0 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.56→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13944 0 270 1102 15316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01214748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01613549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.981.85420149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7031.75931130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43151875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.515140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.268102222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.22197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4182.0537445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4172.0537445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5453.6739337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5453.6749338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8482.4547303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8372.4547297
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9454.29910813
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.50919.9316208
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.46819.4716035
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 156 -
Rwork0.377 21493 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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