PDB-9ia9: DtpB in complex with photocaged nitric oxide, 1.24 s, 8.05 microj...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ia9

タイトル

DtpB in complex with photocaged nitric oxide, 1.24 s, 8.05 microjoule, SSX

要素

Dyp-type peroxidase family

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / DtpB / heme / gas binding / nitric oxide

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces lividans 1326 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Smyth, P. / Williams, L.J. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R. / Owen, R.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Time-resolved serial synchrotron and serial femtosecond crystallography of heme proteins using photocaged nitric oxide.
著者: Smyth, P. / Jaho, S. / Williams, L.J. / Karras, G. / Fitzpatrick, A. / Thompson, A.J. / Battah, S. / Axford, D. / Horrell, S. / Lucic, M. / Ishihara, K. / Kataoka, M. / Matsuura, H. / Shimba, ...

履歴

登録	2025年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ia9.cif.gz	385 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ia9.ent.gz	303.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ia9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ia9_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ia9_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	9ia9_validation.xml.gz	80.2 KB	表示
CIF形式データ	9ia9_validation.cif.gz	103 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/9ia9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/9ia9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hl1C 9ho7C 9hqtC 9hs8C 9htcC 9httC 9htvC 9hu1C 9hxxC 9hyvC 9hyzC 9i4qC 9i4sC 9i4uC 9i6gC 9iaaC 9q86C 9qmeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Dyp-type peroxidase family

A: Dyp-type peroxidase family

B: Dyp-type peroxidase family

C: Dyp-type peroxidase family

D: Dyp-type peroxidase family

E: Dyp-type peroxidase family

ヘテロ分子

218 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.101, 122.913, 195.038
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dyp-type peroxidase family 分子量: 35675.941 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lividans 1326 (バクテリア) 遺伝子: SSPG_00656 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U8UU09
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide 分子量: 30.006 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.56 % 解説: Crystals 10 x 8 um grew at room temperature within 24-48 h.
結晶化	温度: 291 K / 手法: batch mode 詳細: 6-10 mg/ml of protein in 50 mm sodium acetate, 150 mm NaCl pH 5 mixed with 150 mM MgCl2, 150 mm HEPES, 20 % PEG 4000, pH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→79.66 Å / Num. obs: 82535 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.6 % / CC_1/2: 0.958 / R split: 0.197 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4074 / CC_1/2: 0.379 / R split: 0.819
Serial crystallography measurement	Collimation: Kirkpatrick-Baez mirrors / Source size: 300 µm²
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	解説: Oxford silicon chip / Motion control: Geobrick and Smaract / Sample dehydration prevention: 12 um EVAL and 6 um Mylar
Serial crystallography data reduction	Frames total: 25600 / Lattices indexed: 3109

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot	0.9	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→79.657 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / WR_factor R_free: 0.173 / WR_factor R_work: 0.137 / SU B: 9.07 / SU ML: 0.195 / Average fsc free: 0.9569 / Average fsc work: 0.97 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.235 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	4175	5.06 %
R_work	0.1769	78329	-
all	0.179	-	-
obs	-	82504	99.885 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.474 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.069 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.451 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.382 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→79.657 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13978	0	270	457	14705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	15007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.038	1.857	20495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.958	5	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.377	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.868	10	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.985	10	692
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	11768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	6038
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	10131
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.07	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.346	3.693	7548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.429	6.635	9483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.599	3.779	7459
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.785	6.91	11012
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.651	35.982	21395

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.349	283	0.279	5747	0.282	6036	0.912	0.942	99.9006	0.254
2.462-2.53	0.296	295	0.264	5570	0.265	5873	0.94	0.95	99.8638	0.236
2.53-2.603	0.322	292	0.26	5419	0.263	5724	0.93	0.953	99.7729	0.229
2.603-2.683	0.279	278	0.257	5262	0.259	5545	0.945	0.954	99.9098	0.223
2.683-2.771	0.289	273	0.245	5107	0.247	5391	0.941	0.96	99.796	0.209
2.771-2.868	0.312	282	0.24	4928	0.244	5219	0.94	0.96	99.8276	0.205
2.868-2.976	0.268	228	0.216	4804	0.219	5038	0.951	0.968	99.8809	0.182
2.976-3.097	0.242	234	0.201	4639	0.203	4876	0.96	0.972	99.9385	0.166
3.097-3.235	0.26	246	0.199	4439	0.202	4691	0.957	0.973	99.8721	0.167
3.235-3.393	0.222	236	0.175	4225	0.177	4463	0.968	0.98	99.9552	0.145
3.393-3.576	0.227	221	0.164	4015	0.167	4242	0.969	0.982	99.8586	0.137
3.576-3.792	0.194	225	0.149	3831	0.152	4061	0.977	0.985	99.8769	0.125
3.792-4.053	0.168	199	0.133	3566	0.135	3772	0.982	0.989	99.8144	0.109
4.053-4.377	0.173	163	0.135	3405	0.137	3572	0.982	0.989	99.888	0.111
4.377-4.793	0.158	183	0.123	3096	0.125	3280	0.985	0.991	99.9695	0.103
4.793-5.357	0.163	153	0.13	2852	0.131	3005	0.985	0.99	100	0.107
5.357-6.181	0.177	126	0.143	2517	0.144	2643	0.982	0.987	100	0.117
6.181-7.559	0.173	110	0.133	2161	0.135	2272	0.982	0.988	99.956	0.109
7.559-10.642	0.155	102	0.123	1692	0.124	1794	0.989	0.991	100	0.105
10.642-79.657	0.221	45	0.213	1033	0.213	1078	0.977	0.974	100	0.186

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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