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- PDB-9hu1: SSX structure of cytochrome c prime beta from Methylococcus capsu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hu1
タイトルSSX structure of cytochrome c prime beta from Methylococcus capsulatus (Bath)
要素Cytochrome c
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / McCP / heme / gas binding
機能・相同性Cytochrome P460 / Cytochrome P460 superfamily / Cytochrome P460 / metal ion binding / HEME C / Cytochrome c
機能・相同性情報
生物種Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Smyth, P. / Williams, L.J. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R. / Owen, R.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2025
タイトル: Time-resolved serial synchrotron and serial femtosecond crystallography of heme proteins using photocaged nitric oxide.
著者: Smyth, P. / Jaho, S. / Williams, L.J. / Karras, G. / Fitzpatrick, A. / Thompson, A.J. / Battah, S. / Axford, D. / Horrell, S. / Lucic, M. / Ishihara, K. / Kataoka, M. / Matsuura, H. / Shimba, ...著者: Smyth, P. / Jaho, S. / Williams, L.J. / Karras, G. / Fitzpatrick, A. / Thompson, A.J. / Battah, S. / Axford, D. / Horrell, S. / Lucic, M. / Ishihara, K. / Kataoka, M. / Matsuura, H. / Shimba, K. / Tono, K. / Tosha, T. / Sugimoto, H. / Owada, S. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R. / Owen, R.L.
履歴
登録2024年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cytochrome c
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0448
ポリマ－30,4882
非ポリマー1,5566
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.227, 107.227, 107.227
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

ZN

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 15244.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)
遺伝子: ccp, MCA2394 / プラスミド: pBluescript SK(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pUC86 / 参照: UniProt: G1UBD5

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非ポリマー , 5種, 86分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 % / 解説: Cubes of approx 30 um grew within 24 h.
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode
詳細: Final concentrations: 20 mg/mL protein, 50 mM HEPES pH 7.5, 34 % (v/v) polyethylene glycol 550, 500 mM MES pH 6.5, 5 mM ZnSO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.62 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月17日
放射モノクロメーター: Cryocooled double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.62 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→75.82 Å / Num. obs: 22647 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 69.9 % / CC1/2: 0.984 / R split: 0.188 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 58.1 % / Num. unique obs: 1156 / CC1/2: 0.279 / R split: 1.017 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementCollimation: Kirkpatrick-Baez mirrors / Source size: 300 µm2
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: Oxford silicon chip / Motion control: Geobrick and Smaract / Sample dehydration prevention: 6 um Mylar
Serial crystallography data reductionFrames total: 25600 / Lattices indexed: 6692

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.100)精密化
DIALSデータ削減
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
Coot0.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.151→61.984 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.155 / Average fsc free: 0.9458 / Average fsc work: 0.9587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 1097 4.845 %
Rwork0.1962 21544 -
all0.198 --
obs-22641 99.996 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 39.596 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.151→61.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2133 0 99 80 2312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0122342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.8893198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6235279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.535532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48410334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.85610118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3030.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1050.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8673.6721110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1476.5871391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9054.0661232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1337.2751807
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.01440.3973378
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc workWRfactor Rwork
2.151-2.2060.34940.33515810.33616750.9140.9130.33
2.206-2.2670.326720.31715440.31716160.9170.9270.305
2.267-2.3320.366800.28914990.29215790.9070.9380.276
2.332-2.4040.266740.27914150.27914890.9490.9440.263
2.404-2.4830.293810.27113960.27214770.9350.9460.25
2.483-2.570.334590.25813810.26114400.9130.950.236
2.57-2.6670.25610.2413260.24113870.9580.960.214
2.667-2.7750.298500.21812740.22113240.9440.9660.189
2.775-2.8980.283620.22712250.2312870.9490.9650.196
2.898-3.040.265670.21611530.21912200.9520.9660.183
3.04-3.2040.273670.20111020.20511690.9450.9710.166
3.204-3.3970.2440.15610480.15810920.9740.9830.128
3.397-3.6310.16640.1619810.16110450.9830.9820.138
3.631-3.9210.206510.1559230.1579740.9760.9840.128
3.921-4.2930.208480.1378610.1419090.9760.9870.114
4.293-4.7970.192370.137760.1338130.9770.9890.111
4.797-5.5340.119280.1396950.1387230.9890.9870.116
5.534-6.7640.209260.175950.1716210.9690.980.14
6.764-9.5090.251180.1714820.1745000.9580.980.145
9.509-61.9840.273140.2392870.243010.9340.9620.201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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