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万見
- PDB-9h90: Cryo-EM structure of the Vibrio natrigens 30S ribosomal subunit i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h90
タイトルCryo-EM structure of the Vibrio natrigens 30S ribosomal subunit in complex with spectinomycin.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 16
  • 16S ribosomal RNA
  • Small ribosomal subunit protein uS7
キーワードRIBOSOME / Vibrio natriegens / Bac5 / Bactenecin 5 / 50S / V. natriegens
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex ...ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type ...Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / : / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9
類似検索 - ドメイン・相同性
SPECTINOMYCIN / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS10 ...SPECTINOMYCIN / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS5
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio natriegens (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Raulf, K.F. / Koller, T.O. / Beckert, B. / Morici, M. / Lepak, A. / Bange, G. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Other governmentDLR01Kl1820
German Research Foundation (DFG)SPP1879 (DFG WI3285/5-2) ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: The structure of the Vibrio natriegens 70S ribosome in complex with the proline-rich antimicrobial peptide Bac5(1-17).
著者: Karoline Raulf / Timm O Koller / Bertrand Beckert / Alexander Lepak / Martino Morici / Mario Mardirossian / Marco Scocchi / Gert Bange / Daniel N Wilson /
要旨: Proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) are produced as part of the innate immune response of animals, insects, and plants. The well-characterized mammalian PrAMP bactenecin-5 (Bac5) has been ...Proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) are produced as part of the innate immune response of animals, insects, and plants. The well-characterized mammalian PrAMP bactenecin-5 (Bac5) has been shown to help fight bacterial infection by binding to the bacterial ribosome and inhibiting protein synthesis. In the absence of Bac5-ribosome structures, the binding mode of Bac5 and exact mechanism of action has remained unclear. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of Bac5 in complex with the 70S ribosome from the Gram-negative marine bacterium Vibrio natriegens. The structure shows that, despite sequence similarity to Bac7 and other type I PrAMPs, Bac5 displays a completely distinct mode of interaction with the ribosomal exit tunnel. Bac5 overlaps with the binding site of both A- and P-site transfer RNAs bound at the peptidyltransferase center, suggesting that this type I PrAMP can interfere with late stages of translation initiation as well as early stages of elongation. Collectively, our study presents a ribosome structure from V. natriegens, a fast-growing bacterium that has interesting biotechnological and synthetic biology applications, as well as providing additional insights into the diverse binding modes that type I PrAMPs can utilize to inhibit protein synthesis.
履歴
登録2024年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
u: 30S ribosomal protein S21
C: 30S ribosomal protein S3
G: Small ribosomal subunit protein uS7
o: 30S ribosomal protein S15
h: 30S ribosomal protein S8
f: 30S ribosomal protein S6
e: 30S ribosomal protein S5
d: 30S ribosomal protein S4
I: 30S ribosomal protein S9
a: 16S ribosomal RNA
t: 30S ribosomal protein S20
r: 30S ribosomal protein S18
q: 30S ribosomal protein S17
p: 30S ribosomal protein S16
l: 30S ribosomal protein S12
k: 30S ribosomal protein S11
D: 30S ribosomal protein S14
J: 30S ribosomal protein S10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)735,53719
ポリマ－735,20418
非ポリマー3321
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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30S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 uCohfedItrqplkDJ

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8512.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUP2
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 25598.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y138
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10084.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y3D6
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14027.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y0S4
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 14994.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y4F0
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17609.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUS4
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23392.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0XZY8
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14638.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y103
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9590.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN1CUQ1
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8861.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y440
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9605.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0XZY2
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9080.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y460
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13738.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y4G9
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13916.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y004
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11481.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y0L1
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11741.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y0R4

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 Ga

#10: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 500566.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア)
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 17765.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: A0AAN0Y3T9

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非ポリマー , 2種, 5分子

#19: 化合物 ChemComp-SCM / SPECTINOMYCIN / ACTINOSPECTACIN / ESPECTINOMICINA / CHX-3101 / スペクチノマイシン


分子量: 332.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the Vibrio natriegens 30S ribosomal subunit in complex with spectinomycin
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
29 mMMagnesium acetate1
35 mMPotassium phosphate1
495 mMPotassium glutamate1
55 mMAmmonium chloride1
60.5 mMCalcium chloride1
71 mMSpermidine1
88 mMPutrescine1
91 mMDithiothreitol1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 8 OD/ml ribosome concentration
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0425 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 294068 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化解像度: 2.8→233.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.75 / SU B: 13.523 / SU ML: 0.238 / ESU R: 0.254
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.31811 --
obs0.31811 771735 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 64.992 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 47492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01151574
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01730272
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1091.84677103
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.4191.73271382
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.52151903
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg11.3785192
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.98102922
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0510.29837
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.010.0236449
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.029383
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it6.2446.2657684
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other6.246.2637683
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it10.45911.249563
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other10.4611.2429564
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it6.7946.46343890
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other6.7936.46243890
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other11.45511.63667541
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined16.68367.7667687
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other16.68467.7667688
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.756 57237 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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