PDB-9h31: T2R-TTL-PROTAC4 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h31

タイトル

T2R-TTL-PROTAC4 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin--tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Maiocchi, A. / Abel, A.-C. / Steinmetz, M.O. / Passarella, D. / Prota, A.E.

資金援助

European Union,

スイス, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Effective tubulin degradation by rationally designed Proteolysis Targeting Chimeras
著者: Maiocchi, A. / Abel, A.-C. / Basellini, M. / Perez Pena, H. / Boiarska, Z. / Ferrandi, E. / Kozicka, Z. / Fasano, V. / Pieraccini, S. / Cappelletti, G. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Passarella, D.

履歴

登録	2024年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h31.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h31.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9h31_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h31_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9h31_validation.xml.gz	96.8 KB	表示
CIF形式データ	9h31_validation.cif.gz	121.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/9h31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/9h31	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9h30C 9h32C 9h33C 9h34C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin--tyrosine ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.500, 156.570, 181.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin--tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: tubulin-tyrosine ligase

-
非ポリマー , 8種, 404分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-A1ISE / N-[5-(1-{2-[4-({[(1S,2R,3S,5S,6S,16E,18E,20R,21S)-11-chloro-21-hydroxy-12,20-dimethoxy-2,5,9,16-tetramethyl-8,23-dioxo-4,24-dioxa-9,22-diazatetracyclo[19.3.1.1~10,14~.0~3,5~]hexacosa-10(26),11,13,16,18-pentaen-6-yl]oxy}carbonyl)phenyl]ethyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)pentanoyl]-3-methyl-D-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}-L-prolinamide 分子量: 1276.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₆H₈₂ClN₉O₁₃S
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 4% PEG 4K, 14% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.62 Å / Num. obs: 150978 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 122.6 % / B_iso Wilson estimate: 65.78 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.1105 / R_pim(I) all: 0.01004 / R_rim(I) all: 0.1109 / Net I/σ(I): 35.49
反射シェル	解像度: 2.2→2.22 Å / R_merge(I) obs: 5.697 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4965 / CC_1/2: 0.601 / R_pim(I) all: 0.5023 / R_rim(I) all: 5.719

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.2→49.62 Å / SU ML: 0.2889 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5211
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2272	7549	5 %
R_work	0.2035	143418	-
obs	0.2047	150967	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17373	0	262	388	18023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	18037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4409	24459
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0418	2660
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0025	3163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1991	6686

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.22	0.3168	248	0.3147	4714	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.22-2.25	0.3472	248	0.3193	4712	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.25-2.28	0.3186	250	0.3132	4744	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.28-2.31	0.2917	249	0.3023	4730	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.31-2.34	0.3044	250	0.2898	4751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.295	250	0.2856	4734	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.37-2.4	0.3315	248	0.3075	4727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.3179	249	0.3137	4731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.3094	251	0.2846	4756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.52	0.319	249	0.2786	4730	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.52-2.56	0.2937	250	0.2628	4764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.61	0.2671	250	0.2468	4748	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.61-2.66	0.2554	250	0.2476	4736	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.66-2.71	0.2735	249	0.245	4729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2812	250	0.2514	4762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.84	0.2687	252	0.251	4790	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.84-2.91	0.2814	251	0.2607	4754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.99	0.2898	250	0.2694	4750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.07	0.2951	253	0.2549	4806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.17	0.2799	249	0.238	4738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.29	0.2626	251	0.233	4764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.42	0.2369	252	0.2256	4789	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.42-3.57	0.2491	253	0.2103	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.76	0.2095	253	0.2043	4809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4	0.2032	252	0.1848	4796	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.31	0.2088	254	0.1745	4826	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.74	0.1847	255	0.1582	4840	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.42	0.1922	256	0.173	4871	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.83	0.2285	259	0.199	4907	X-RAY DIFFRACTION	100
6.83-49.62	0.1898	268	0.1672	5105	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.08943463198	-0.807642798894	-0.699062173682	5.62747547849	-0.124751847548	1.88431999183	0.00193114229211	-0.0525424126149	0.48038016295	-0.523695354709	0.270152999853	-0.433284397403	-1.17279747865	0.476083007108	-0.25329898789	1.0262232631	-0.163633252896	0.134657973795	0.712431099437	-0.13987127948	0.598989304238	28.8867438794	96.8959874291	54.2016871971
2	1.89682188193	0.67677102397	0.984076894558	6.82658808538	1.47089319537	4.48502028987	-0.116233685276	0.386345587577	0.257048559362	-1.66318572888	0.159633731553	-0.137206257206	-1.23729390727	0.33117334744	-0.0684794729015	0.997977295083	-0.147202014851	0.0992210206834	0.813995267943	-0.171874961558	0.735741474989	28.1362118551	86.6734831242	42.6957292494
3	3.41410448573	1.17929008572	0.728393146322	5.76561965738	2.05169274716	3.55884037029	-0.00584551548409	0.439626608848	0.0505470015799	-0.459522122645	0.483807723908	-1.08868129353	-0.627301948939	0.946656427861	-0.583010303115	0.597578687852	-0.139581154486	0.1279222987	0.853625465474	-0.311966193794	0.760998790284	38.4543113641	80.5498835385	52.4448345289
4	2.0986212702	0.314016178246	-0.80138868086	6.34762093001	1.21128194994	3.30444434861	0.174686592753	-0.00969162253897	0.0355835599163	0.584011042611	0.184981085067	-0.300608795088	0.203960549554	0.728654319523	-0.292803181452	0.616516955559	0.0438226292401	0.000921620202445	0.646614543069	-0.19077492767	0.539587359156	29.7123553048	73.1638165523	58.9072369777
5	3.41090148611	-0.316805967767	0.911260954496	4.38963912737	1.11048123669	5.58783427343	0.184310375913	-0.0228534852103	0.0940731550592	0.27100698099	-0.0202876686505	0.0247308075879	-0.394713526911	0.0789664043322	-0.101545934045	0.534246232494	0.0298162418851	0.099575746297	0.450877627348	-0.104564380848	0.470371755715	19.8788472866	84.9245901766	63.3516577222
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28	3.43225128511	0.0214821520252	-3.22593139867	0.892006839808	-0.448565441811	8.52890256379	-0.287046653425	-0.183848339268	-0.66374489066	0.152514295747	0.37628949748	0.0197676606494	0.929355512783	-0.0680209895273	-0.0126470747175	0.95660983845	0.0395911372021	0.0823416444742	0.543852833191	0.03598105189	0.741130550725	0.544754055207	58.8576429132	89.7154332505
29	4.92517251288	-0.523847509474	-4.44654028486	0.85476213486	-1.54249413904	2.01319713898	0.00846848747225	0.284365129449	0.0915689531966	0.122969304546	0.286468925705	0.171246614692	0.118585498452	-0.948450981242	-0.269032149099	0.976380488012	-0.109270099274	0.112945727958	0.936765392065	0.00350112388454	0.929680974149	-7.18711853363	62.9393308644	79.7314610514

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 71 )	A	A	1 - 71	1 - 71
2	2	chain 'A' and (resid 72 through 102 )	A	A	72 - 102	72 - 102
3	3	chain 'A' and (resid 103 through 160 )	A	A	103 - 160	103 - 160
4	4	chain 'A' and (resid 161 through 197 )	A	A	161 - 197	161 - 197
5	5	chain 'A' and (resid 198 through 259 )	A	A	198 - 259	198 - 259
6	6	chain 'A' and (resid 260 through 306 )	A	A	260 - 306	260 - 306
7	7	chain 'A' and (resid 307 through 381 )	A	A	307 - 381	307 - 381
8	8	chain 'A' and (resid 382 through 414 )	A	A	382 - 414	382 - 414
9	9	chain 'A' and (resid 415 through 438 )	A	A	415 - 438	415 - 438
10	10	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	F	1 - 88	1 - 86
11	11	chain 'B' and (resid 89 through 238 )	B	F	89 - 238	87 - 236
12	12	chain 'B' and (resid 239 through 372 )	B	F	239 - 372	237 - 358
13	13	chain 'B' and (resid 373 through 437 )	B	F	373 - 437	359 - 423
14	14	chain 'C' and (resid 1 through 199 )	C	K	1 - 199	1 - 199
15	15	chain 'C' and (resid 200 through 338 )	C	K	200 - 338	200 - 338
16	16	chain 'C' and (resid 339 through 372 )	C	K	339 - 372	339 - 372
17	17	chain 'C' and (resid 373 through 440 )	C	K	373 - 440	373 - 440
18	18	chain 'D' and (resid 1 through 59 )	D	O	1 - 59	1 - 57
19	19	chain 'D' and (resid 60 through 160 )	D	O	60 - 160	58 - 158
20	20	chain 'D' and (resid 161 through 214 )	D	O	161 - 214	159 - 212
21	21	chain 'D' and (resid 215 through 401 )	D	O	215 - 401	213 - 386
22	22	chain 'D' and (resid 402 through 441 )	D	O	402 - 441	387 - 426
23	23	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	S	6 - 46	1 - 26
24	24	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	S	47 - 143	27 - 123
25	25	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	T	1 - 66	1 - 66
26	26	chain 'F' and (resid 67 through 198 )	F	T	67 - 198	67 - 174
27	27	chain 'F' and (resid 199 through 283 )	F	T	199 - 283	175 - 256
28	28	chain 'F' and (resid 284 through 353 )	F	T	284 - 353	257 - 326
29	29	chain 'F' and (resid 354 through 382 )	F	T	354 - 382	327 - 345

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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