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- Basic information
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9h31 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | T2R-TTL-PROTAC4 complex | |||||||||
|  Components | 
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|  Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||
| Function / homology |  Function and homology information positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration ...positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species |   Rattus norvegicus (Norway rat)   Gallus gallus (chicken)   Bos taurus (domestic cattle) | |||||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
|  Authors | Maiocchi, A. / Abel, A.-C. / Steinmetz, M.O. / Passarella, D. / Prota, A.E. | |||||||||
| Funding support | European Union,  Switzerland, 2items 
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|  Citation |  Journal: To Be Published Title: Effective tubulin degradation by rationally designed Proteolysis Targeting Chimeras Authors: Maiocchi, A. / Abel, A.-C. / Basellini, M. / Perez Pena, H. / Boiarska, Z. / Ferrandi, E. / Kozicka, Z. / Fasano, V. / Pieraccini, S. / Cappelletti, G. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Passarella, D. | |||||||||
| History | 
 | 
- Structure visualization
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil  Jmol/JSmol | 
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- Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format |  9h31.cif.gz | 1 MB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb9h31.ent.gz | Display |  PDB format | |
| PDBx/mmJSON format |  9h31.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  9h31_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  9h31_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
| Data in XML |  9h31_validation.xml.gz | 96.8 KB | Display | |
| Data in CIF |  9h31_validation.cif.gz | 121.5 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/9h31  ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/9h31 | HTTPS FTP | 
-Related structure data
| Related structure data |  9h30C  9h32C  9h33C  9h34C C: citing same article ( | 
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology  F&H Search | 
- Links
Links
- Assembly
Assembly
| Deposited unit |  
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 
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| Unit cell | 
 | 
- Components
Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF     
| #1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)    Bos taurus (domestic cattle) / Organ: brain / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)    Bos taurus (domestic cattle) / Organ: brain / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein |  | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)   Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host:   Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein |  | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)   Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host:   Escherichia coli (E. coli) / References: tubulin-tyrosine ligase | 
|---|
-Non-polymers , 8 types, 404 molecules 












| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-MES / | #10: Chemical | ChemComp-A1ISE / | Mass: 1276.928 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Formula: C66H82ClN9O13S #11: Chemical | ChemComp-ACP / | #12: Water | ChemComp-HOH / |  | 
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y | 
|---|---|
| Has protein modification | N | 
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 | 
|---|
- Sample preparation
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.61 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 4% PEG 4K, 14% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  SLS  / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.00003 Å | 
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 21, 2023 | 
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection | Resolution: 2.2→49.62 Å / Num. obs: 150978 / % possible obs: 99.97 % / Redundancy: 122.6 % / Biso Wilson estimate: 65.78 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1105 / Rpim(I) all: 0.01004 / Rrim(I) all: 0.1109 / Net I/σ(I): 35.49 | 
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.22 Å / Rmerge(I) obs: 5.697 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4965 / CC1/2: 0.601 / Rpim(I) all: 0.5023 / Rrim(I) all: 5.719 | 
- Processing
Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.2→49.62 Å / SU ML: 0.2889  / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34  / Phase error: 25.5211 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 87.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→49.62 Å 
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| Refine LS restraints | 
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| LS refinement shell | 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
 | 
 Movie
Movie Controller
Controller



 PDBj
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