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- PDB-9h30: VHL:ElonginC:ElonginB-PROTAC4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h30
タイトルVHL:ElonginC:ElonginB-PROTAC4 complex
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / PROTEIN COMPLEX / UBIQUITIN LIGASE / PROTAC / TUBULIN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Maiocchi, A. / Abel, A.-C. / Steinmetz, M.O. / Passarella, D. / Prota, A.E.
資金援助European Union, スイス, 2件
組織認可番号国
European Union (EU)860070 TubInTrainEuropean Union
Swiss National Science Foundation31003A_166608 スイス
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Effective tubulin degradation by rationally designed Proteolysis Targeting Chimeras
著者: Maiocchi, A. / Abel, A.-C. / Basellini, M. / Perez Pena, H. / Boiarska, Z. / Ferrandi, E. / Kozicka, Z. / Fasano, V. / Pieraccini, S. / Cappelletti, G. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Passarella, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5034
ポリマ－45,2263
非ポリマー1,2771
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.461, 67.043, 101.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.058, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 22503.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#4: 化合物 ChemComp-A1ISE / N-[5-(1-{2-[4-({[(1S,2R,3S,5S,6S,16E,18E,20R,21S)-11-chloro-21-hydroxy-12,20-dimethoxy-2,5,9,16-tetramethyl-8,23-dioxo-4,24-dioxa-9,22-diazatetracyclo[19.3.1.1~10,14~.0~3,5~]hexacosa-10(26),11,13,16,18-pentaen-6-yl]oxy}carbonyl)phenyl]ethyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)pentanoyl]-3-methyl-D-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}-L-prolinamide


分子量: 1276.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C66H82ClN9O13S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.7
詳細: 9-11% PEG 8000, 0.2 M magnesium acetate and 0.1 M sodium cacodylate, pH 5.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.78 Å / Num. obs: 15196 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 61.99 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08041 / Rpim(I) all: 0.03358 / Rrim(I) all: 0.0873 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 1.147 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 2987 / CC1/2: 0.771 / Rpim(I) all: 0.4627 / Rrim(I) all: 1.238

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.78 Å / SU ML: 0.4172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.1287
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 713 4.95 %
Rwork0.2017 13696 -
obs0.2041 14409 93.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 90.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2686 0 90 25 2801
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60083923
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0574439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.48351078
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.690.41691010.35872075X-RAY DIFFRACTION71.79
2.69-2.960.30991520.26152892X-RAY DIFFRACTION99.09
2.96-3.390.33711520.26652880X-RAY DIFFRACTION99.28
3.39-4.270.2241530.19462906X-RAY DIFFRACTION99.35
4.28-46.780.21121550.15892943X-RAY DIFFRACTION99.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.99496813445-0.440561813441-0.6307538733343.814757219890.2385586731983.51072643056-0.4209783975370.298451192104-0.709262247701-0.192613769551-0.02402322809760.7325497361110.120699218104-1.179643834320.3011069138850.2944412443170.09281093506520.08665976018560.427171502316-0.1303358620460.571331969323-24.223769396432.172341227810.7191880406
20.5720623077960.407468012104-0.5240025703922.000980165640.7460983633461.217692112640.0495351485532-0.01409253271830.506433165710.2878451263640.04876604653350.240307302997-0.232097384339-0.2904652198210.08647048378650.4116443763450.4038081791030.008966493037220.450792514462-0.1324263012250.703392828583-22.182901629441.490146771814.6280395471
31.46548047429-0.8723403587312.574588524454.67037164750.8592560199635.90517106616-0.325366116588-0.185410429879-0.612289964410.2188840114780.04492942728570.358038414020.712750661948-0.549016084110.262979189780.3828031551140.02967457384070.1271909046560.411288363468-0.1491865147780.696286035003-22.523053835630.457782846112.7596220858
45.02949023923-2.54825382493-0.366757056024.922810353061.380373898816.36047110918-0.21635769021-0.781724114198-0.05753123573180.1580182202970.2758030534350.4975639043790.34990331343-0.1806714114930.2486252892390.5062875601080.2242361434780.2647260295260.2667191182240.02583353714880.642965003115-20.989915119429.998481055217.4463830002
53.396317464960.183987851388-1.876498130382.02480536747-0.0004192540535682.73927949259-0.355568098958-0.9345587704120.3601781612150.3786673784890.7557945829780.44826846794-0.346293138003-0.605844426946-0.2091104177780.6331884948810.2826568070180.3223989884460.6444282941680.02517959389640.570165965648-21.065010442433.734469148323.4969651701
68.11330306545-1.79890961104-2.362878059134.960472121111.176180552511.708128913390.2245316818390.627772687901-0.00443189708706-0.921617517518-0.343647424639-0.7145491899780.3259481526320.850122273843-0.3593057356860.7068659227580.3022103064380.2223877094420.670417949969-0.002196656723050.6172983541285.369445060324.42112990718.70806505984
72.126798162983.107793559130.07580699999034.77565735509-0.7020923158132.74708782911-0.2733439781470.432656538361-2.391561404840.495514187256-0.1586700777980.02986426247651.166871389340.2328256928240.2817932449981.166653940250.434183823378-0.009094567328160.487872689255-0.1886743184951.02574275422-13.600092818520.27012920969.00305171636
87.494848627021.45512014431.699459614577.14703291842-0.2465462413562.67008540209-0.409166125228-0.922800534342-0.6445440505731.204785737860.327963952154-1.09232648786-0.264043618101-0.2335683663170.04138289984530.7625665071380.385327541702-0.116820723940.7695304653580.01558915186840.6786556048168.6554678780415.804146877834.6101205495
93.89812672786-2.29670431062.665758314477.52006401667-1.130198959532.3865743164-0.364441506731-0.605159118613-0.09339754112080.7311658345550.420778573934-0.226230571082-0.1128838958670.2314349874230.08800827739220.4046166153220.236524507587-0.0136551158860.486315809157-0.1040160519690.4329042504854.1282223246325.170745100525.2148825832
105.225345378121.42707101665-0.8472068872142.89428911386-2.732061381536.83051600166-0.156645686704-0.343763960017-0.1362245541231.19849357879-0.257713067265-0.784594848581-0.666800561568-0.8653087974770.3696572631771.270159667290.420222832897-0.4620933583231.11516786628-0.1540018922810.7825181261858.2574769406631.528199220339.6377398329
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 61 through 98 )BA61 - 981 - 38
22chain 'B' and (resid 99 through 112 )BA99 - 11239 - 52
33chain 'B' and (resid 113 through 121 )BA113 - 12153 - 61
44chain 'B' and (resid 122 through 141 )BA122 - 14162 - 81
55chain 'B' and (resid 142 through 157 )BA142 - 15782 - 97
66chain 'B' and (resid 158 through 189 )BA158 - 18998 - 129
77chain 'B' and (resid 190 through 204 )BA190 - 204130 - 144
88chain 'C' and (resid 17 through 61 )CC17 - 611 - 37
99chain 'C' and (resid 62 through 112 )CC62 - 11238 - 88
1010chain 'D' and (resid 2 through 9 )DD2 - 91 - 8
1111chain 'D' and (resid 10 through 23 )DD10 - 239 - 22
1212chain 'D' and (resid 24 through 35 )DD24 - 3523 - 34
1313chain 'D' and (resid 36 through 45 )DD36 - 4535 - 44
1414chain 'D' and (resid 46 through 55 )DD46 - 5545 - 54
1515chain 'D' and (resid 56 through 103 )DD56 - 10355 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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