PDB-9gn7: Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Klebsiella pneumonia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gn7

タイトル

Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae in Complex with the inhibitor TSA

要素

Deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / TSA / Deacetylase with TSA

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Qin, C. / Graf, L.G. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Lammers, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria.
著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. ...

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gn7.cif.gz	158.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gn7.ent.gz	121.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gn7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gkuC 9gkvC 9gkwC 9gkxC 9gkyC 9gkzC 9gl0C 9gl1C 9glbC 9gn1C 9gn6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Deacetylase

ヘテロ分子

42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deacetylase

ヘテロ分子

A: Deacetylase

ヘテロ分子

A: Deacetylase

ヘテロ分子

A: Deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.57, 146.57, 146.57
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z,x #5: z,-x,-y #6: -y,z,-x #7: -z,-x,y #8: -z,x,-y #9: y,-z,-x #10: x,-y,-z #11: -x,y,-z #12: -x,-y,z #13: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #14: z+1/2,x+1/2,y+1/2 #15: y+1/2,z+1/2,x+1/2 #16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2 #17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2 #18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2 #19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2 #20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2 #21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2 #22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Deacetylase 分子量: 41617.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tgged fusion-protein 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌) 株: NCTC10313 / 遺伝子: hdaH, NCTC10313_02007, NCTC5050_05964 / プラスミド: pET45-b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A377Z5F6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

#1: タンパク質

Deacetylase

分子量: 41617.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tgged fusion-protein
由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌)
株: NCTC10313 / 遺伝子: hdaH, NCTC10313_02007, NCTC5050_05964 / プラスミド: pET45-b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A377Z5F6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 6種, 126分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-TSN / TRICHOSTATIN A / 7-[4-(DIMETHYLAMINO)PHENYL]-N-HYDROXY-4,6-DIMETHYL-7-OXO-2,4-HEPTADIENAMIDE / (R)-4,6-ジメチル-7-オキソ-7-[4-(ジメチルアミノ)フェニル]-2,4-ヘプタジエンヒドロキサム酸分子量: 302.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 12% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol and 0.5M KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月9日 / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→47 Å / Num. obs: 27454 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 39.05 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.18→2.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2367 / CC_1/2: 0.832 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データ削減
XDS	Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→46.393 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.195 / WR_factor R_work: 0.152 / SU B: 4.187 / SU ML: 0.103 / Average fsc free: 0.9728 / Average fsc work: 0.9835 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	1378	5.022 %
R_work	0.1478	26059	-
all	0.15	-	-
obs	-	27437	99.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.205 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→46.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2822	0	42	119	2983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.236	1.813	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.756	1.745	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.855	5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.793	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.005	10	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.486	10	135
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.039	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.21	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.056	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.944	4.003	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.943	4.003	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.392	7.149	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.392	7.154	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.262	4.601	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.262	4.603	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.272	8.127	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.27	8.128	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.172	37.407	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.202	37.263	3219

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.18-2.237	0.239	88	0.221	1919	0.222	2008	0.966	0.971	99.9502	0.209
2.237-2.298	0.257	104	0.222	1872	0.224	1976	0.957	0.97	100	0.206
2.298-2.364	0.225	107	0.209	1799	0.21	1906	0.968	0.974	100	0.194
2.364-2.437	0.233	89	0.195	1739	0.197	1828	0.964	0.979	100	0.178
2.437-2.516	0.232	103	0.182	1698	0.184	1801	0.967	0.983	100	0.165
2.516-2.604	0.223	73	0.183	1662	0.185	1735	0.975	0.985	100	0.167
2.604-2.702	0.236	88	0.158	1595	0.162	1683	0.966	0.986	100	0.144
2.702-2.812	0.203	79	0.151	1516	0.153	1595	0.974	0.986	100	0.139
2.812-2.937	0.2	63	0.15	1482	0.152	1545	0.972	0.986	100	0.142
2.937-3.08	0.215	78	0.158	1418	0.161	1497	0.976	0.985	99.9332	0.153
3.08-3.245	0.226	84	0.161	1340	0.165	1424	0.97	0.984	100	0.159
3.245-3.441	0.201	60	0.16	1260	0.162	1320	0.972	0.987	100	0.163
3.441-3.677	0.179	66	0.154	1211	0.155	1277	0.982	0.988	100	0.16
3.677-3.97	0.165	57	0.13	1128	0.131	1185	0.983	0.992	100	0.141
3.97-4.346	0.13	54	0.109	1029	0.11	1083	0.99	0.994	100	0.125
4.346-4.853	0.124	58	0.089	934	0.091	992	0.992	0.996	100	0.107
4.853-5.594	0.167	40	0.115	827	0.117	867	0.988	0.994	100	0.133
5.594-6.826	0.218	25	0.162	731	0.164	756	0.974	0.988	100	0.187
6.826-9.551	0.14	40	0.112	556	0.114	596	0.99	0.993	100	0.143
9.551-46.393	0.17	22	0.163	343	0.164	365	0.98	0.982	100	0.205

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関連情報:EMDBヘッダ

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