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Yorodumi- PDB-9gkv: Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Vibrio cholerae in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9gkv | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Vibrio cholerae in complex with SAHA | |||||||||
Components | Histone deacetylase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Deacetylase / Deacylase / SAHA / Inhibitor | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Vibrio cholerae (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Graf, L.G. / Schulze, S. / Lammers, M. / Palm, G.J. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria. Authors: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. ...Authors: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. / Albrecht, D. / Zuhlke, D. / Sievers, S. / Strugnell, R.A. / Olsen, C.A. / Hofmann, K. / Lammers, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9gkv.cif.gz | 625.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9gkv.ent.gz | 390 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 9gkv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 9gkv_validation.pdf.gz | 660.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 9gkv_full_validation.pdf.gz | 666.7 KB | Display | |
Data in XML | 9gkv_validation.xml.gz | 32.6 KB | Display | |
Data in CIF | 9gkv_validation.cif.gz | 44.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/9gkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/9gkv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 9gkuC 9gkwC 9gkxC 9gkyC 9gkzC 9gl0C 9gl1C 9glbC 9gn1C 9gn6C 9gn7C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 11 - 317 / Label seq-ID: 11 - 317
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 35291.102 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: His6-tagged fusion-protein / Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae (bacteria) / Strain: VN-2825 / Gene: BC353_06500 / Plasmid: pET-45b(+) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A395TF31 |
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-Non-polymers , 5 types, 376 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SHH / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 1.4 M sodium acetate 0.1 M MES pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 4, 2024 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Silicon111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→47.607 Å / Num. obs: 43149 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 11.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 12.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.94 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.756 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2264 / CC1/2: 0.911 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.825 / % possible all: 81.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→47.607 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 9.117 / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.17 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.447 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→47.607 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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