PDB-9gkv: Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Vibrio cholerae in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gkv

タイトル

Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Vibrio cholerae in complex with SAHA

要素

Histone deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Deacetylase / Deacylase / SAHA / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Graf, L.G. / Schulze, S. / Lammers, M. / Palm, G.J.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria.
著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. ...

履歴

登録	2024年8月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gkv.cif.gz	625.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gkv.ent.gz	390 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gkv_validation.pdf.gz	660.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gkv_full_validation.pdf.gz	666.7 KB	表示
XML形式データ	9gkv_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	9gkv_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/9gkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/9gkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gkuC 9gkwC 9gkxC 9gkyC 9gkzC 9gl0C 9gl1C 9glbC 9gn1C 9gn6C 9gn7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Histone deacetylase

A: Histone deacetylase

ヘテロ分子

71.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.920, 81.530, 133.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 11 - 317 / Label seq-ID: 11 - 317

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Histone deacetylase 分子量: 35291.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tagged fusion-protein / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: VN-2825 / 遺伝子: BC353_06500 / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A395TF31

-
非ポリマー , 5種, 376分子

#2: 化合物	ChemComp-SHH / OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE / SAHA / ボリノスタット分子量: 264.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.4 M sodium acetate 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月4日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Silicon111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.607 Å / Num. obs: 43149 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.756 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2264 / CC_1/2: 0.911 / R_pim(I) all: 0.318 / R_rim(I) all: 0.825 / % possible all: 81.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	30.06.2023	データ削減
XDS	30.06.2023	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→47.607 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 9.117 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2403	2162	5.022 %
R_work	0.175	40891	-
all	0.178	-	-
obs	-	43053	96.644 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.447 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.756 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.404 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4817	0	37	363	5217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.09	1.813	6931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.719	1.745	10922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.973	5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.605	5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.703	10	818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.092	10	237
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.265	0.2	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	4418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.221	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.28	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.264	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.213	2.681	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.173	2.681	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.415	4.792	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.42	4.796	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.385	3.082	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.384	3.083	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.278	5.497	3743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.277	5.497	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.693	31.224	6014
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.635	30.512	5928
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.071	0.05	10528

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07109	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07109	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.344	154	0.317	2473	0.318	3249	0.887	0.91	80.8557	0.287
1.949-2.003	0.359	142	0.279	2594	0.282	3153	0.886	0.938	86.7745	0.246
2.003-2.061	0.333	125	0.257	2668	0.26	3048	0.915	0.951	91.6339	0.221
2.061-2.124	0.26	154	0.223	2735	0.225	3000	0.954	0.962	96.3	0.186
2.124-2.193	0.27	139	0.196	2763	0.2	2918	0.957	0.974	99.4517	0.16
2.193-2.27	0.241	135	0.172	2648	0.176	2785	0.962	0.981	99.9282	0.138
2.27-2.356	0.236	146	0.165	2567	0.169	2715	0.965	0.983	99.9263	0.133
2.356-2.452	0.251	140	0.181	2487	0.185	2631	0.964	0.98	99.848	0.147
2.452-2.56	0.239	111	0.171	2406	0.174	2519	0.966	0.984	99.9206	0.139
2.56-2.685	0.24	129	0.166	2262	0.17	2397	0.966	0.985	99.7497	0.138
2.685-2.83	0.209	119	0.152	2199	0.155	2318	0.977	0.987	100	0.13
2.83-3.001	0.243	108	0.173	2066	0.176	2174	0.966	0.982	100	0.152
3.001-3.207	0.267	112	0.187	1938	0.192	2056	0.962	0.979	99.7082	0.169
3.207-3.462	0.261	79	0.166	1810	0.17	1893	0.963	0.985	99.7887	0.159
3.462-3.791	0.18	87	0.151	1684	0.152	1778	0.983	0.989	99.6063	0.15
3.791-4.235	0.193	84	0.137	1548	0.14	1637	0.981	0.99	99.6946	0.143
4.235-4.884	0.188	70	0.129	1356	0.132	1432	0.983	0.991	99.581	0.145
4.884-5.966	0.278	62	0.167	1167	0.172	1234	0.977	0.987	99.5948	0.185
5.966-8.371	0.194	43	0.168	938	0.17	992	0.983	0.985	98.8911	0.196
8.371-47.607	0.28	23	0.192	574	0.195	602	0.961	0.974	99.1694	0.261

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2081	0.0511	-0.0599	0.203	0.0292	0.3499	0.002	0.0082	0.0038	0.0176	0.018	-0.011	-0.0218	-0.0538	-0.0201	0.0108	0.0086	0.0063	0.0137	0.0037	0.0068	-6.6396	-0.0699	-29.1223
2	0.2037	-0.0205	0.2133	0.0987	0.0501	0.5889	-0.0302	0.0035	-0.0191	-0.0041	0.029	-0.0096	-0.0346	-0.017	0.0012	0.0152	-0.0079	0.0002	0.017	-0.0061	0.0073	18.7456	0.1638	0.0085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	11 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2		A	9 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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