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- PDB-9glb: Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Klebsiella pneumonia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9glb
タイトルCrystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae
要素Deacetylase
キーワードHYDROLASE / Deacetylase / Deacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Qin, C. / Graf, L.G. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Lammers, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)LA2984/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria.
著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. ...著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. / Albrecht, D. / Zuhlke, D. / Sievers, S. / Strugnell, R.A. / Olsen, C.A. / Hofmann, K. / Lammers, M.
履歴
登録2024年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9517
ポリマ－41,6171
非ポリマー3346
水4,306239
1
C: Deacetylase
ヘテロ分子

C: Deacetylase
ヘテロ分子

C: Deacetylase
ヘテロ分子

C: Deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,80428
ポリマ－166,4694
非ポリマー1,33524
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)147.163, 147.163, 147.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-647-

HOH

21C-814-

HOH

31C-839-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 Deacetylase


分子量: 41617.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tagged fusion protein
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌)
株: NCTC10313 / 遺伝子: hdaH, NCTC10313_02007, NCTC5050_05964 / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A377Z5F6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

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非ポリマー , 5種, 245分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 12% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol and 0.5M KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.54 Å / Num. obs: 31019 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 2.755 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2547 / CC1/2: 0.549 / Rpim(I) all: 0.622 / Rrim(I) all: 2.824 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSJan 26, 2018 BUILT=20180808データ削減
XDSJan 26, 2018 BUILT=20180808データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→26.01 Å / SU ML: 0.2057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.0604
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1806 1587 5.12 %
Rwork0.151 29387 -
obs0.1525 30974 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→26.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2818 0 14 239 3071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83213919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0468417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2668402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.170.26831650.25372646X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.250.27071440.22352632X-RAY DIFFRACTION99.96
2.25-2.340.21011250.20452679X-RAY DIFFRACTION99.96
2.34-2.440.24671460.18642640X-RAY DIFFRACTION99.93
2.44-2.570.21591430.18352655X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.730.21431400.17162665X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.940.19661370.1742675X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.240.20271260.16682672X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.70.17841520.14282676X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.660.14491530.12082694X-RAY DIFFRACTION100
4.66-26.010.1581560.12992753X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.7683637341 Å / Origin y: 8.61903929484 Å / Origin z: 57.9130814502 Å
111213212223313233
T0.367132730311 Å20.0461717092379 Å2-0.103053631413 Å2-0.414479395568 Å2-0.0528404759552 Å2--0.429923390295 Å2
L0.932840588346 °20.242009431572 °2-0.20903372692 °2-1.18530270182 °20.0172708795547 °2--1.15818969053 °2
S-0.0551693729191 Å °0.18146960947 Å °0.117528392481 Å °-0.217358674469 Å °-0.0582723529786 Å °0.279009609565 Å °-0.137221843058 Å °-0.245151794699 Å °0.111419350401 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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