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- PDB-9gn6: Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Klebsiella pneumonia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gn6
タイトルCrystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae in complex with the inhibitor SAHA
要素Deacetylase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / SAHA / Deacetylase in Complex with SAHA
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE / Deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Qin, C. / Graf, L.G. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Lammers, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research Foundation (DFG)LA2984/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nature Communications / : 2024
タイトル: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria
著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoeker, O. / Wang, N. / Hocking, D. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Weis, D.M. / Janetzky, M. / Zuehlke, D. ...著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoeker, O. / Wang, N. / Hocking, D. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Weis, D.M. / Janetzky, M. / Zuehlke, D. / Sievers, S. / Strugnell, R.A. / Olsen, C.A. / Hofmann, K. / Lammers, M.
履歴
登録2024年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0255
ポリマ-41,6171
非ポリマー4084
4,179232
1
A: Deacetylase
ヘテロ分子

A: Deacetylase
ヘテロ分子

A: Deacetylase
ヘテロ分子

A: Deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,10020
ポリマ-166,4694
非ポリマー1,63216
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area17640 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area42690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)146.206, 146.206, 146.206
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Deacetylase


分子量: 41617.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tagged fusion-protein
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌)
: NCTC10313 / 遺伝子: hdaH, NCTC10313_02007, NCTC5050_05964 / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A377Z5F6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : K
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SHH / OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE / SAHA / ボリノスタット


分子量: 264.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C14H20N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol and 0.5M KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.3 Å / Num. obs: 37885 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 41.09 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2642 / CC1/2: 0.532 / Rpim(I) all: 0.597 / Rrim(I) all: 0.844 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSMar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
XDSMar 15, 2019 BUILT=20190315データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→46.277 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 5.718 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1756 1859 4.909 %
Rwork0.1373 36012 -
all0.139 --
obs-37871 99.989 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 48.525 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2822 0 22 232 3076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0122914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9621.8143949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6471.7466256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4555371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.305524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01710458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.89110136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2639
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1880.22552
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21454
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.21596
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2390.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0360.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2540.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.120.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1450.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1070.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3923.6081481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.393.6081481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4576.4541850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4566.4561851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5984.0291433
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5964.0311434
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3837.1662098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3827.1672099
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.75336.0453364
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.63935.1273292
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc workWRfactor Rwork
1.95-2.0010.3161260.29526290.29627550.9370.9380.296
2.001-2.0560.281430.25125730.25227160.9480.9590.248
2.056-2.1150.261120.22324840.22525960.9590.9690.215
2.115-2.180.2361040.224900.20125940.9640.9750.187
2.18-2.2510.211240.17223380.17424620.9720.9820.156
2.251-2.330.1791220.15722910.15824130.980.9850.139
2.33-2.4180.2041240.15221610.15522850.9760.9870.132
2.418-2.5160.1741250.14621220.14822470.9830.9890.126
2.516-2.6280.205910.14320580.14521490.9760.990.124
2.628-2.7560.1911050.13519580.13820630.9770.990.119
2.756-2.9040.188860.12918420.13219280.9820.990.117
2.904-3.080.184950.14417750.14618700.9770.9870.135
3.08-3.2910.1971030.14616350.14917380.9740.9870.143
3.291-3.5530.159800.12715640.12816440.9860.990.129
3.553-3.890.181650.12914260.13114910.9790.9910.137
3.89-4.3460.152690.1112960.11213650.9870.9930.124
4.346-5.010.126640.09511490.09612130.9930.9950.111
5.01-6.1190.139450.1149890.11510340.9910.9930.133
6.119-8.5780.194440.1267720.138160.9760.9910.147
8.578-46.2770.13320.1354600.1354920.9890.9870.165
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.0063 Å / Origin y: 8.5714 Å / Origin z: 56.8887 Å
111213212223313233
T0.046 Å20.0285 Å2-0.0376 Å2-0.0527 Å2-0.0052 Å2--0.0413 Å2
L1.1252 °20.1495 °2-0.3322 °2-1.0597 °2-0.2741 °2--0.9705 °2
S-0.0257 Å °0.1494 Å °0.1258 Å °-0.148 Å °-0.0039 Å °0.1458 Å °-0.1049 Å °-0.202 Å °0.0296 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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