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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9gn6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae in complex with the inhibitor SAHA | ||||||
要素 | Deacetylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Inhibitor / SAHA / Deacetylase in Complex with SAHA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Qin, C. / Graf, L.G. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Lammers, M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature Communications / 年: 2024 タイトル: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria 著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoeker, O. / Wang, N. / Hocking, D. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Weis, D.M. / Janetzky, M. / Zuehlke, D. ...著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoeker, O. / Wang, N. / Hocking, D. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Weis, D.M. / Janetzky, M. / Zuehlke, D. / Sievers, S. / Strugnell, R.A. / Olsen, C.A. / Hofmann, K. / Lammers, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9gn6.cif.gz | 347.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9gn6.ent.gz | 234.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9gn6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9gn6_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9gn6_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9gn6_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9gn6_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9gkuC 9gkvC 9gkwC 9gkxC 9gkyC 9gkzC 9gl0C 9gl1C 9glbC 9gn1C 9gn7C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41617.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tagged fusion-protein 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌) 株: NCTC10313 / 遺伝子: hdaH, NCTC10313_02007, NCTC5050_05964 / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A377Z5F6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 | ||||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-SHH / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol and 0.5M KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日 / 詳細: mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→46.3 Å / Num. obs: 37885 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 41.09 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2642 / CC1/2: 0.532 / Rpim(I) all: 0.597 / Rrim(I) all: 0.844 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→46.277 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 5.718 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.525 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.277 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -20.0063 Å / Origin y: 8.5714 Å / Origin z: 56.8887 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |