PDB-9gn6: Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Klebsiella pneumonia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gn6

タイトル

Crystal Structure of Deacetylase (HdaH) from Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae in complex with the inhibitor SAHA

要素

Deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / SAHA / Deacetylase in Complex with SAHA

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Qin, C. / Graf, L.G. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Lammers, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria.
著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. ...

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9gn6.ent.gz	234.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9gn6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gn6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9gn6_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	9gn6_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gkuC 9gkvC 9gkwC 9gkxC 9gkyC 9gkzC 9gl0C 9gl1C 9glbC 9gn1C 9gn7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Deacetylase

ヘテロ分子

42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deacetylase

ヘテロ分子

A: Deacetylase

ヘテロ分子

A: Deacetylase

ヘテロ分子

A: Deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.206, 146.206, 146.206
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z,x #5: z,-x,-y #6: -y,z,-x #7: -z,-x,y #8: -z,x,-y #9: y,-z,-x #10: x,-y,-z #11: -x,y,-z #12: -x,-y,z #13: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #14: z+1/2,x+1/2,y+1/2 #15: y+1/2,z+1/2,x+1/2 #16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2 #17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2 #18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2 #19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2 #20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2 #21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2 #22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Deacetylase 分子量: 41617.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tagged fusion-protein 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌) 株: NCTC10313 / 遺伝子: hdaH, NCTC10313_02007, NCTC5050_05964 / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A377Z5F6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SHH / OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE / SAHA / ボリノスタット分子量: 264.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol and 0.5M KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日 / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→46.3 Å / Num. obs: 37885 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.09 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.02 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2642 / CC_1/2: 0.532 / R_pim(I) all: 0.597 / R_rim(I) all: 0.844 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データ削減
XDS	Mar 15, 2019 BUILT=20190315	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→46.277 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 5.718 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1756	1859	4.909 %
R_work	0.1373	36012	-
all	0.139	-	-
obs	-	37871	99.989 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.525 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2822	0	22	232	3076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.962	1.814	3949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.647	1.746	6256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.455	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.305	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.017	10	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.891	10	136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.254	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.145	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.392	3.608	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.39	3.608	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.457	6.454	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.456	6.456	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.598	4.029	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.596	4.031	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.383	7.166	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.382	7.167	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.753	36.045	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.639	35.127	3292

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.316	126	0.295	2629	0.296	2755	0.937	0.938	0.296
2.001-2.056	0.28	143	0.251	2573	0.252	2716	0.948	0.959	0.248
2.056-2.115	0.26	112	0.223	2484	0.225	2596	0.959	0.969	0.215
2.115-2.18	0.236	104	0.2	2490	0.201	2594	0.964	0.975	0.187
2.18-2.251	0.21	124	0.172	2338	0.174	2462	0.972	0.982	0.156
2.251-2.33	0.179	122	0.157	2291	0.158	2413	0.98	0.985	0.139
2.33-2.418	0.204	124	0.152	2161	0.155	2285	0.976	0.987	0.132
2.418-2.516	0.174	125	0.146	2122	0.148	2247	0.983	0.989	0.126
2.516-2.628	0.205	91	0.143	2058	0.145	2149	0.976	0.99	0.124
2.628-2.756	0.191	105	0.135	1958	0.138	2063	0.977	0.99	0.119
2.756-2.904	0.188	86	0.129	1842	0.132	1928	0.982	0.99	0.117
2.904-3.08	0.184	95	0.144	1775	0.146	1870	0.977	0.987	0.135
3.08-3.291	0.197	103	0.146	1635	0.149	1738	0.974	0.987	0.143
3.291-3.553	0.159	80	0.127	1564	0.128	1644	0.986	0.99	0.129
3.553-3.89	0.181	65	0.129	1426	0.131	1491	0.979	0.991	0.137
3.89-4.346	0.152	69	0.11	1296	0.112	1365	0.987	0.993	0.124
4.346-5.01	0.126	64	0.095	1149	0.096	1213	0.993	0.995	0.111
5.01-6.119	0.139	45	0.114	989	0.115	1034	0.991	0.993	0.133
6.119-8.578	0.194	44	0.126	772	0.13	816	0.976	0.991	0.147
8.578-46.277	0.13	32	0.135	460	0.135	492	0.989	0.987	0.165

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -20.0063 Å / Origin y: 8.5714 Å / Origin z: 56.8887 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.046 Å²	0.0285 Å²	-0.0376 Å²	-	0.0527 Å²	-0.0052 Å²	-	-	0.0413 Å²
L	1.1252 °²	0.1495 °²	-0.3322 °²	-	1.0597 °²	-0.2741 °²	-	-	0.9705 °²
S	-0.0257 Å °	0.1494 Å °	0.1258 Å °	-0.148 Å °	-0.0039 Å °	0.1458 Å °	-0.1049 Å °	-0.202 Å °	0.0296 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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