PDB-9gn1: Crystal structure of inactive Deacetylase (HdaH) H144A from Klebs...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gn1

タイトル

Crystal structure of inactive Deacetylase (HdaH) H144A from Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae

要素

Deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Deacetylase / Deacylase / inactive mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Qin, Q. / Graf, L.G. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Lammers, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria.
著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. ...

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	9gn1_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/9gn1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gkuC 9gkvC 9gkwC 9gkxC 9gkyC 9gkzC 9gl0C 9gl1C 9glbC 9gn6C 9gn7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Deacetylase

ヘテロ分子

41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deacetylase

ヘテロ分子

A: Deacetylase

ヘテロ分子

A: Deacetylase

ヘテロ分子

A: Deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.117, 146.117, 146.117
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z,x #5: z,-x,-y #6: -y,z,-x #7: -z,-x,y #8: -z,x,-y #9: y,-z,-x #10: x,-y,-z #11: -x,y,-z #12: -x,-y,z #13: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #14: z+1/2,x+1/2,y+1/2 #15: y+1/2,z+1/2,x+1/2 #16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2 #17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2 #18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2 #19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2 #20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2 #21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2 #22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Deacetylase 分子量: 41550.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tagged fusion protein, inactive mutant (H144A) 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌) 株: NCTC10313 / 遺伝子: hdaH, NCTC10313_02007, NCTC5050_05964 / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A377Z5F6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

#1: タンパク質

Deacetylase

分子量: 41550.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tagged fusion protein, inactive mutant (H144A)
由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae (肺炎桿菌)
株: NCTC10313 / 遺伝子: hdaH, NCTC10313_02007, NCTC5050_05964 / プラスミド: pET-45b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A377Z5F6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 5種, 143分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 12% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) glycerol and 0.5M KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→46.54 Å / Num. obs: 22209 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 43.14 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 1.1 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 16.05 % / R_merge(I) obs: 0.955 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2147 / CC_1/2: 0.913 / R_pim(I) all: 0.21 / R_rim(I) all: 0.978 / Χ²: 0.66 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	Jan 26, 2018	データ削減
XDS	Jan 26, 2018	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→46.249 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.187 / WR_factor R_work: 0.139 / SU B: 12.721 / SU ML: 0.151 / Average fsc free: 0.966 / Average fsc work: 0.9791 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	1152	5.296 %
R_work	0.1533	20602	-
all	0.156	-	-
obs	-	21754	99.972 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.322 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.249 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2817	0	13	137	2967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.304	1.814	3917
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.729	1.746	6209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.7	5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.165	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.893	10	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.552	10	134
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.26	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.235	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.094	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.046	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.591	3.72	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.567	3.72	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.994	6.671	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.993	6.673	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.59	3.934	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.505	3.932	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.392	7.051	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.302	7.049	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.91	34.701	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.914	34.707	3253

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.35-2.411	0.317	100	0.263	1494	0.267	1594	0.935	0.954	100	0.254
2.411-2.477	0.302	72	0.254	1473	0.256	1545	0.943	0.961	100	0.242
2.477-2.548	0.301	80	0.244	1429	0.247	1509	0.945	0.963	100	0.229
2.548-2.627	0.31	65	0.229	1389	0.233	1454	0.953	0.968	100	0.209
2.627-2.712	0.254	56	0.206	1372	0.208	1428	0.96	0.976	100	0.181
2.712-2.807	0.239	49	0.193	1332	0.195	1381	0.968	0.977	100	0.166
2.807-2.913	0.218	82	0.166	1230	0.169	1313	0.967	0.983	99.9238	0.139
2.913-3.031	0.233	60	0.154	1239	0.157	1299	0.964	0.985	100	0.131
3.031-3.165	0.245	85	0.149	1134	0.156	1219	0.966	0.985	100	0.128
3.165-3.319	0.189	61	0.139	1134	0.142	1195	0.978	0.988	100	0.121
3.319-3.498	0.192	49	0.131	1067	0.134	1116	0.978	0.99	100	0.119
3.498-3.709	0.163	75	0.135	971	0.137	1046	0.985	0.991	100	0.126
3.709-3.963	0.19	66	0.126	948	0.13	1014	0.978	0.992	100	0.118
3.963-4.278	0.178	37	0.112	885	0.114	922	0.984	0.993	100	0.108
4.278-4.682	0.174	43	0.101	841	0.104	884	0.986	0.994	100	0.1
4.682-5.228	0.158	40	0.121	735	0.123	775	0.983	0.992	100	0.12
5.228-6.024	0.254	45	0.148	653	0.155	698	0.973	0.988	100	0.146
6.024-7.347	0.233	31	0.151	570	0.155	601	0.97	0.988	100	0.148
7.347-10.261	0.141	42	0.112	428	0.115	470	0.986	0.991	100	0.123
10.261-46.249	0.146	14	0.288	278	0.279	293	0.989	0.949	99.6587	0.336

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -19.9918 Å / Origin y: 8.6121 Å / Origin z: 56.9326 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0355 Å²	0.0143 Å²	-0.0289 Å²	-	0.0339 Å²	0.0012 Å²	-	-	0.0413 Å²
L	1.0424 °²	-0.0382 °²	-0.464 °²	-	1.2339 °²	-0.3532 °²	-	-	0.9208 °²
S	-0.0121 Å °	0.1047 Å °	0.1447 Å °	-0.115 Å °	-0.0015 Å °	0.0687 Å °	-0.0816 Å °	-0.1241 Å °	0.0136 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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