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- PDB-9gky: Crystal Structure of Histone deacetylase (HdaH) from Vibrio chole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gky
タイトルCrystal Structure of Histone deacetylase (HdaH) from Vibrio cholerae in complex with decanoic acid
要素Histone deacetylase
キーワードHYDROLASE / Deacetylase / Deacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase 11 / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANOIC ACID / IMIDAZOLE / : / Histone deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Graf, L.G. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Lammers, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)LA2984/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)LA2984/8-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Distribution and diversity of classical deacylases in bacteria.
著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. ...著者: Graf, L.G. / Moreno-Yruela, C. / Qin, C. / Schulze, S. / Palm, G.J. / Schmoker, O. / Wang, N. / Hocking, D.M. / Jebeli, L. / Girbardt, B. / Berndt, L. / Dorre, B. / Weis, D.M. / Janetzky, M. / Albrecht, D. / Zuhlke, D. / Sievers, S. / Strugnell, R.A. / Olsen, C.A. / Hofmann, K. / Lammers, M.
履歴
登録2024年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase
B: Histone deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,80122
ポリマ－70,5822
非ポリマー1,21920
水14,250791
1
A: Histone deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,88511
ポリマ－35,2911
非ポリマー59410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,91511
ポリマ－35,2911
非ポリマー62410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.11, 51.15, 108.82
Angle α, β, γ (deg.)90, 102.22, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone deacetylase


分子量: 35291.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tagged fusion protein / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: VN-2825 / 遺伝子: BC353_06500 / プラスミド: pET45-b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A395TF31

-
非ポリマー , 6種, 811分子

#2: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸


分子量: 172.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1 M Na/K tartrate, 0.1 M imidazole pH 8 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→50 Å / Num. obs: 194694 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.45 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 8.16
反射 シェル解像度: 1.13→1.2 Å / 冗長度: 3.25 % / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 29780 / CC1/2: 0.301 / Rrim(I) all: 1.997 / Rsym value: 1.672 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSFeb 5, 2021 BUILT=20210205データ削減
XDSFeb 5, 2021 BUILT=20210205データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.13→46.139 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.9 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1788 9727 4.996 %
Rwork0.1575 184963 -
all0.159 --
obs-194690 94.706 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 17.375 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.184 Å2-0 Å2-0.325 Å2
2--0.252 Å20 Å2
3---0.067 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→46.139 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4838 0 62 791 5691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0125362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9621.8187337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6891.74911650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0015704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.367539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.15310877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.29410258
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2770.21281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.24554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22594
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.22607
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2240.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0690.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2060.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.250.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1530.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.4660.267
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2190.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.190.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2761.012613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2661.0092613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9261.8133306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9271.8143307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2261.2572749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2261.2572750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3052.1984005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3052.1984006
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.97345.1076557
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.63125.1386271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.13-1.1580.3646650.35712736X-RAY DIFFRACTION88.5958
1.158-1.190.3196640.32912791X-RAY DIFFRACTION90.8385
1.19-1.2250.3256650.30612579X-RAY DIFFRACTION92.4473
1.225-1.2620.2916460.28712244X-RAY DIFFRACTION93.0283
1.262-1.3040.2936230.26712073X-RAY DIFFRACTION93.649
1.304-1.3490.2666260.24811672X-RAY DIFFRACTION94.1366
1.349-1.40.2346110.22811337X-RAY DIFFRACTION95.082
1.4-1.4570.2255690.20811086X-RAY DIFFRACTION95.3998
1.457-1.5220.2165670.18610600X-RAY DIFFRACTION95.8376
1.522-1.5960.1765180.14710229X-RAY DIFFRACTION96.0669
1.596-1.6830.1654710.1399759X-RAY DIFFRACTION96.473
1.683-1.7850.1625120.1299202X-RAY DIFFRACTION96.9461
1.785-1.9080.1474060.1258775X-RAY DIFFRACTION96.8562
1.908-2.060.154410.1278113X-RAY DIFFRACTION97.2377
2.06-2.2560.1484000.127546X-RAY DIFFRACTION97.7608
2.256-2.5220.1383490.1146816X-RAY DIFFRACTION97.6823
2.522-2.9110.1493600.1245996X-RAY DIFFRACTION97.5595
2.911-3.5610.1642860.1295091X-RAY DIFFRACTION96.8829
3.561-5.0210.152330.1184047X-RAY DIFFRACTION99.1429
5.021-46.1390.1491150.1732272X-RAY DIFFRACTION96.9143
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4529-0.03360.03550.5692-0.15540.5673-0.0103-0.0156-0.0288-0.010.0090.02130.0214-0.01160.00130.02310.0004-0.01750.0230.0020.01775.0652-14.542840.2683
20.4618-0.15490.10270.6275-0.27960.6013-0.0282-0.00730.03980.0522-0.0109-0.0987-0.05590.01520.03910.02090.0028-0.02690.03010.00160.0419-16.00953.614811.5914
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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