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万見
- PDB-9g9m: Lipid III flippase WzxE with NB10 and NB7 nanobodies in outward-f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g9m
タイトルLipid III flippase WzxE with NB10 and NB7 nanobodies in outward-facing conformation - crystal 1
要素
  • Lipid III flippase
  • NB10 Nanobody
  • NB7 Nanobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / flippase / cell wall / enterobacterial common antigen / lipid III
機能・相同性
機能・相同性情報


intramembrane lipid transporter activity / enterobacterial common antigen biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Polysaccharide biosynthesis protein / Lipid III flippase WzxE, Proteobacteria / Lipid III flippase WzxE / : / Polysaccharide biosynthesis protein
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Lipid III flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Le Bas, A. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2025
タイトル: Structure of WzxE the lipid III flippase for Enterobacterial Common Antigen polysaccharide.
著者: Le Bas, A. / Clarke, B.R. / Teelucksingh, T. / Lee, M. / El Omari, K. / Giltrap, A.M. / McMahon, S.A. / Liu, H. / Beale, J.H. / Mykhaylyk, V. / Duman, R. / Paterson, N.G. / Ward, P.N. / ...著者: Le Bas, A. / Clarke, B.R. / Teelucksingh, T. / Lee, M. / El Omari, K. / Giltrap, A.M. / McMahon, S.A. / Liu, H. / Beale, J.H. / Mykhaylyk, V. / Duman, R. / Paterson, N.G. / Ward, P.N. / Harrison, P.J. / Weckener, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Liu, H. / Quigley, A. / Davis, B.G. / Wagner, A. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid III flippase
B: NB10 Nanobody
C: NB7 Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5824
ポリマ－76,4873
非ポリマー951
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.855, 152.687, 287.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Lipid III flippase


分子量: 46130.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: wzxE, wzx, yifJ, b3792, JW3766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AAA7
#2: 抗体 NB10 Nanobody


分子量: 15132.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): wk6 su-
#3: 抗体 NB7 Nanobody


分子量: 15223.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): wk6 su-
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: tri-sodium citrate, ammonium acetate, 1-propanol, PEG400, E. coli polar lipids, monoolein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→32.52 Å / Num. obs: 28454 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.6 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1280 / CC1/2: 0.3 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→32.52 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 1430 5.05 %
Rwork0.2346 --
obs0.2373 28333 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→32.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5096 0 5 38 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4037092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.788732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004879
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.640.39411440.33882403X-RAY DIFFRACTION91
2.64-2.750.29971380.28522622X-RAY DIFFRACTION97
2.75-2.870.30281240.26892671X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.020.3211510.26692699X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.210.31981530.24272675X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.460.29311360.24292706X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.810.29231540.22382704X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.360.2611450.21072757X-RAY DIFFRACTION100
4.36-5.490.26071400.22662754X-RAY DIFFRACTION100
5.49-32.520.27341450.21192912X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.95350.12360.9950.83420.55582.4104-0.03120.05480.09880.0284-0.03370.01070.0023-0.08160.04180.31320.01440.00450.2557-0.00340.2421-4.3142-23.3168-48.78
22.713-1.06940.31451.428-0.9172.0543-0.2412-0.3937-0.32690.35270.18390.09260.114-0.01990.05360.54980.10820.0930.30660.0570.3728-1.9887-46.8499-43.8915
33.0086-1.471-1.99095.72592.90837.07640.24230.220.06560.013-0.0175-0.1231-0.1338-0.0738-0.21330.3381-0.0234-0.0380.3564-0.00650.2607-3.4974-5.5762-13.1409
44.7075-0.53331.08034.1350.07366.25860.2051-0.08510.2156-0.1959-0.05690.0494-0.8862-0.2715-0.10150.70040.19860.04460.44880.02350.3726.8046-52.708-5.7168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 228 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 229 through 415 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 127 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 3 through 124 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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