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万見
- PDB-9g9p: Lipid III flippase WzxE with NB10 and NB7 nanobodies in inward-fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g9p
タイトルLipid III flippase WzxE with NB10 and NB7 nanobodies in inward-facing conformation - crystal 2
要素
  • Lipid III flippase
  • NB10 Nanobody
  • NB7 Nanobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / flippase / cell wall / enterobacterial common antigen
機能・相同性intramembrane lipid transporter activity / Polysaccharide biosynthesis protein / Lipid III flippase WzxE, Proteobacteria / Lipid III flippase WzxE / : / Polysaccharide biosynthesis protein / enterobacterial common antigen biosynthetic process / plasma membrane / Lipid III flippase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Le Bas, A. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2025
タイトル: Structure of WzxE the lipid III flippase for Enterobacterial Common Antigen polysaccharide.
著者: Le Bas, A. / Clarke, B.R. / Teelucksingh, T. / Lee, M. / El Omari, K. / Giltrap, A.M. / McMahon, S.A. / Liu, H. / Beale, J.H. / Mykhaylyk, V. / Duman, R. / Paterson, N.G. / Ward, P.N. / ...著者: Le Bas, A. / Clarke, B.R. / Teelucksingh, T. / Lee, M. / El Omari, K. / Giltrap, A.M. / McMahon, S.A. / Liu, H. / Beale, J.H. / Mykhaylyk, V. / Duman, R. / Paterson, N.G. / Ward, P.N. / Harrison, P.J. / Weckener, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Liu, H. / Quigley, A. / Davis, B.G. / Wagner, A. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid III flippase
B: NB10 Nanobody
C: NB7 Nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4873
ポリマ－76,4873
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.884, 191.681, 102.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Lipid III flippase


分子量: 46130.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: wzxE, wzx, yifJ, b3792, JW3766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AAA7
#2: 抗体 NB10 Nanobody


分子量: 15132.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): wk6 su-
#3: 抗体 NB7 Nanobody


分子量: 15223.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): wk6 su-
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 3.8
詳細: ammonium sulfate, glycine, triethylene glycol, E. coli polar lipids, monoolein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6702 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→36.02 Å / Num. obs: 20557 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 980 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→34.94 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 1008 4.92 %
Rwork0.22 --
obs0.2226 20501 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5045 0 0 0 5045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4477017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.672723
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003869
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.950.33551490.27332690X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.140.33011460.25272743X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.380.34121350.23612775X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.720.29391540.22372741X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.260.25911270.19622818X-RAY DIFFRACTION100
4.26-5.360.23811410.2112803X-RAY DIFFRACTION100
5.36-34.940.24321560.21182923X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34552.25481.04244.339-0.5222.89640.0074-0.0183-0.33130.4383-0.0752-0.24860.29190.07230.08420.75580.1274-0.00390.32770.02990.340324.4488-39.432839.4692
20.53030.1322-0.10010.2587-0.23011.09130.0097-0.04690.12270.1197-0.0039-0.0444-0.11050.0961-0.00780.562-0.00860.02720.2012-0.00790.41220.15941.951725.0286
31.6433-1.3723-0.61231.67190.89752.0403-0.0930.0535-0.0110.12130.159-0.21460.4583-0.0697-0.05510.75770.0218-0.0040.2416-0.01980.434518.1543-34.442310.6718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 4 through 124)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 7 through 414)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 3 through 128)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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