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万見
- PDB-9g97: Lipid III flippase WzxE with NB10 nanobody in outward-facing conf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g97
タイトルLipid III flippase WzxE with NB10 nanobody in outward-facing conformation at 0.9688 A
要素
  • Lipid III flippase
  • NB10 Nanobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / flippase / cell wall / enterobacterial common antigen / lipid III
機能・相同性
機能・相同性情報


intramembrane lipid transporter activity / enterobacterial common antigen biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Polysaccharide biosynthesis protein / Lipid III flippase WzxE, Proteobacteria / Lipid III flippase WzxE / : / Polysaccharide biosynthesis protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LOP / Chem-MPG / N-OCTANE / Lipid III flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Le Bas, A. / El Omari, K. / Lee, M. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2025
タイトル: Structure of WzxE the lipid III flippase for Enterobacterial Common Antigen polysaccharide.
著者: Le Bas, A. / Clarke, B.R. / Teelucksingh, T. / Lee, M. / El Omari, K. / Giltrap, A.M. / McMahon, S.A. / Liu, H. / Beale, J.H. / Mykhaylyk, V. / Duman, R. / Paterson, N.G. / Ward, P.N. / ...著者: Le Bas, A. / Clarke, B.R. / Teelucksingh, T. / Lee, M. / El Omari, K. / Giltrap, A.M. / McMahon, S.A. / Liu, H. / Beale, J.H. / Mykhaylyk, V. / Duman, R. / Paterson, N.G. / Ward, P.N. / Harrison, P.J. / Weckener, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Liu, H. / Quigley, A. / Davis, B.G. / Wagner, A. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2024年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid III flippase
B: NB10 Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,35621
ポリマ－61,2632
非ポリマー4,09319
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)270.550, 38.470, 56.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lipid III flippase


分子量: 46130.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: wzxE, wzx, yifJ, b3792, JW3766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AAA7
#2: 抗体 NB10 Nanobody


分子量: 15132.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Wk6 su-

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非ポリマー , 7種, 64分子

#3: 化合物
ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-LOP / (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / LAURYL OLEYL PHOSPHATIDYL ETHANOLAMINE


分子量: 661.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.43
詳細: sodium acetate, PEG400, lithium sulfate, zinc chloride, E. coli polar lipids, monoolein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9688 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→135.02 Å / Num. obs: 25893 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.31→2.35 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1276 / CC1/2: 0.4 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
xia2データスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→51.19 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 1311 5.07 %
Rwork0.2141 --
obs0.2165 25882 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→51.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4132 0 274 45 4451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.731787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.40.34621270.27592728X-RAY DIFFRACTION98
2.4-2.510.28951130.25952683X-RAY DIFFRACTION98
2.51-2.640.3131370.24782706X-RAY DIFFRACTION99
2.64-2.810.3081670.22932671X-RAY DIFFRACTION99
2.81-3.030.25231610.22812698X-RAY DIFFRACTION99
3.03-3.330.2741630.21832702X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.810.26991550.20592767X-RAY DIFFRACTION99
3.81-4.80.2661430.18872768X-RAY DIFFRACTION99
4.8-51.190.20161450.20772848X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5143-0.34270.13490.88280.02890.9357-0.0040.14930.0583-0.0541-0.0425-0.0288-0.08920.15490.03580.2402-0.0076-0.04740.26910.00940.306690.185510.6618-2.7416
21.70060.27850.12892.196-0.45041.5839-0.02790.03290.0520.1904-0.0644-0.2618-0.05060.14830.08110.33440.0094-0.04680.2673-0.01630.324492.631618.213320.2917
32.04911.162-1.17712.33860.73911.86110.0263-0.5592-0.3191-0.081-0.0998-0.41860.05420.37180.07270.30950.10840.05640.77650.10980.6941125.2023.3694-18.6788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 232 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 233 through 418 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 5 through 127 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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