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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9g0k | ||||||
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タイトル | CysG(N-16) in complex with SAH (metal free, cocrystallization in presence of EDTA) from Kitasatospora cystarginea | ||||||
要素 | SAM-dependent methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Natural Product Biosynthesis / Enzyme Mechanism / Metal Ion interaction / Molecular Docking / Structure Function Relationships | ||||||
機能・相同性 | : / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / SAM-dependent methyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Kitasatospora cystarginea (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kuttenlochner, W. / Beller, P. / Kaysser, L. / Groll, M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Deciphering the SAM- and Metal-Dependent Mechanism of O-Methyltransferases in Cystargolide and Belactosin Biosynthesis: A Structure-Activity Relationship Study 著者: Kuttenlochner, W. / Beller, P. / Kaysser, L. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9g0k.cif.gz | 187.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9g0k.ent.gz | 146.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9g0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9g0k_validation.pdf.gz | 952.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9g0k_full_validation.pdf.gz | 955.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9g0k_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9g0k_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/9g0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/9g0k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9fcd |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23928.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Kitasatospora cystarginea (バクテリア) 遺伝子: cysG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W6R556 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M TRIS, 20% PEG 8000 / PH範囲: 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 34551 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4670 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 16.378 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.588 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.743 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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