PDB-9fcy: CysG(N-16)-R21K mutant in complex with SAH from Kitasatospora cys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fcy

タイトル

CysG(N-16)-R21K mutant in complex with SAH from Kitasatospora cystarginea

要素

SAM-dependent methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Natural Product Biosynthesis / Enzyme Mechanism / Metal Ion interaction / Molecular Docking / Structure Function Relationships

機能・相同性

Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / antibiotic biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / metal ion binding / ADENINE / SAM-dependent methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Kitasatospora cystarginea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kuttenlochner, W. / Beller, P. / Kaysser, L. / Groll, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Deciphering the SAM- and metal-dependent mechanism of O-methyltransferases in cystargolide and belactosin biosynthesis: A structure-activity relationship study.
著者: Kuttenlochner, W. / Beller, P. / Kaysser, L. / Groll, M.

履歴

登録	2024年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fcy.cif.gz	355.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fcy.ent.gz	289 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fcy_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fcy_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9fcy_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	9fcy_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/9fcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/9fcy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fcdC 9fceC 9fclC 9fcqC 9fcsC 9fcuC 9fcxC 9fd3C 9g0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: SAM-dependent methyltransferase

B: SAM-dependent methyltransferase

C: SAM-dependent methyltransferase

D: SAM-dependent methyltransferase

ヘテロ分子

96.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAM-dependent methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SAM-dependent methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SAM-dependent methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: SAM-dependent methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.970, 106.170, 99.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SAM-dependent methyltransferase 分子量: 23900.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kitasatospora cystarginea (バクテリア) 遺伝子: cysG / プラスミド: pETDUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W6R556
#2: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE 分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 0.1 M HEPES; 0.2 M NaCl; 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 87037 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / R_merge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 12753 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 6.072 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19613	4351	5 %	RANDOM
R_work	0.14868	-	-	-
obs	0.15105	82670	98.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.519 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	0.4 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.85→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6638	0	44	353	7035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	6427
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.634	9261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.251	1.583	14717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.38	5	842
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.968	21.421	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.664	15	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.679	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.132	3.051	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.131	3.05	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.814	4.579	4218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.814	4.579	4218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.437	3.575	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.435	3.574	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.151	5.201	5044
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.909	37.513	7542
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.841	37.34	7504
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.022	3	13245
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	321	-
R_work	0.237	6107	-
obs	-	-	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4967	-0.149	0.1766	0.1256	-0.2068	0.3655	0.001	0.084	0.0467	0.0032	-0.0252	-0.0194	-0.0064	0.013	0.0242	0.0019	0.0033	0.0027	0.0447	0.0176	0.013	17.5801	-28.2809	-16.8566
2	0.9475	0.0987	0.1841	0.2866	0.0662	0.1878	0.0613	0.0116	-0.1079	0.0114	-0.0134	-0.0144	0.0393	-0.002	-0.0479	0.012	0.0044	-0.0183	0.008	-0.0084	0.0327	16.165	4.6759	0.8934
3	0.9267	-0.0982	-0.1636	0.2938	0.0767	0.1806	0.0511	-0.0117	0.1129	-0.0044	-0.0079	-0.0144	-0.035	-0.0044	-0.0431	0.0134	-0.0037	0.0206	0.0083	-0.0078	0.0359	16.3639	-10.7872	-50.3756
4	0.5126	0.1574	-0.1665	0.1013	-0.1875	0.4097	0.0033	-0.0869	-0.0476	-0.001	-0.0248	-0.0195	0.0051	0.0104	0.0215	0.0012	-0.003	0.0016	0.0413	0.0191	0.0179	17.7439	22.2117	-32.6106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 902
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 902
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	18 - 902
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	17 - 902

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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