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- PDB-9g0g: BsCdaA in complex with Compound 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g0g
タイトルBsCdaA in complex with Compound 7
要素Cyclic di-AMP synthase CdaA
キーワードTRANSFERASE / CdaA / Cyclic-di-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-TJ9 / Cyclic di-AMP synthase CdaA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024
タイトル: Crystallographic fragment screen of the c-di-AMP-synthesizing enzyme CdaA from Bacillus subtilis.
著者: Garbers, T. / Neumann, P. / Wollenhaupt, J. / Dickmanns, A. / Weiss, M.S. / Ficner, R.
履歴
登録2024年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic di-AMP synthase CdaA
B: Cyclic di-AMP synthase CdaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,72627
ポリマ－33,6202
非ポリマー2,10625
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.500, 39.230, 67.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-309-

CL

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclic di-AMP synthase CdaA / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase / DAC


分子量: 16810.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GP are part of the precission protease site / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: cdaA, ybbP, BSU01750 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45589, diadenylate cyclase

-
非ポリマー , 5種, 191分子

#2: 化合物 ChemComp-TJ9 / ~{N}-[5-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl]ethanamide


分子量: 254.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N4OS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH 8.0, 200 mM MgCl2 30% (v/v) PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年7月8日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→23.74 Å / Num. obs: 32367 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 23.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 18.36
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.7-1.80.61448000.8810.6791
1.8-1.90.30539550.9680.3351
1.9-2.10.14358930.9920.1571
2.1-80.044173660.9990.0481
8-140.0352850.9990.0391
14-170.043280.9990.0561
17-502.386400.732.8531

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→21.54 Å / SU ML: 0.2237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.4688
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 1619 5.01 %
Rwork0.1736 30694 -
obs0.1751 32313 93.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→21.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 112 166 2606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00652469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77813322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0555388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5622918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.45221270.39442357X-RAY DIFFRACTION89.26
1.75-1.810.28931300.21862479X-RAY DIFFRACTION90.65
1.81-1.870.2371310.20172478X-RAY DIFFRACTION91.61
1.87-1.950.20621300.19442494X-RAY DIFFRACTION91.91
1.95-2.030.22431310.17162495X-RAY DIFFRACTION92.76
2.03-2.140.21261340.16442531X-RAY DIFFRACTION93.48
2.14-2.280.21331340.16582557X-RAY DIFFRACTION93.93
2.28-2.450.23471370.16972601X-RAY DIFFRACTION94.9
2.45-2.70.22591370.17412611X-RAY DIFFRACTION95.68
2.7-3.090.20261390.16762630X-RAY DIFFRACTION96.55
3.09-3.880.17231420.15672697X-RAY DIFFRACTION97.66
3.89-21.540.17741470.172764X-RAY DIFFRACTION97.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05872128075-0.0663334073674-0.6906206190620.7912449920310.1868508146370.444908180220.2447700965830.0499606338321-0.546592511618-0.134438879659-0.031590973928-0.06584342274870.760868850350.09812861649950.008436226040240.288671161661-0.0102485006472-0.0358283531930.1924755412940.01437861037030.30480859879819.842635659-20.745798967816.3608593052
22.732320569930.614632431329-1.082894501831.68498453492-0.02604517311180.3479652047010.116394069136-0.14175223550.1453867508620.116405019736-0.01836482239570.0142574578175-0.08705166976730.06353845280690.001618426433210.219023922864-0.03414883747080.005598005990630.180185072859-0.02351698409490.18658941441514.0038909075-8.6123033987117.7703877735
32.122677955621.55159031221-1.057788712761.09916901622-0.867059592091.213783600380.1483483745650.7656359324381.1804803764-0.09794860145610.2300754037960.527260670307-0.129563798521-0.1967113085560.1595431678310.258080793605-0.02939398715480.007371688205490.3470280179950.1178186800190.28456172975523.38814000772.326242060968.08241296387
40.43506565115-0.413783049398-0.05125083588410.4222502308950.06457373990540.2191331372270.09002314943970.2141754739940.173325947695-0.07504670018080.0206751002001-0.105770448954-0.1965341022660.1742056733710.007631430045330.222327116022-0.04797869605930.01405721088850.1861787279670.0033624408760.23049398796324.2459537488-2.5509131711113.2034111241
50.25380403596-0.159635901563-0.0003028006412180.4833651473160.254106283490.2120254616950.0371799605280.4102512955960.152178272775-0.229211168324-0.0331884271683-0.143102976972-0.1560769152370.2004508517562.09871489752E-70.258062518155-0.02759738626610.0106507454440.2953710284190.009692066600160.22283394476727.7087597398-8.439396283217.23436387964
60.180398158456-0.0854572555378-0.004984316102220.140762740015-0.1731359291530.205023500559-0.17931604799-0.550294646581-0.2111876965120.503700988384-0.0816837911112-0.4311996370160.3536875945490.2922534352287.51648979462E-70.3168736738590.0157300246129-0.03030314468580.4068424535470.0738607438060.34270210971729.7642763159-17.621319063817.4350651078
70.630003832113-0.3597336017120.240896029540.485423415385-0.04990431476860.451726519502-0.1271504336170.1144689112980.439525274866-0.0475762870147-0.0130024935435-0.0236829192433-0.798694185919-0.258955487006-0.0258974956760.3265695902330.0142833970753-0.006600173162110.1897301293530.01359039177570.332538657129-7.50346076135-5.4540469960321.3437247049
81.570985167370.2428021124740.1719072274150.537994509852-0.0703954614430.3135201104480.0715785500312-0.200368985831-0.0001550155311670.04325749772220.0551219776430.04560777597-0.074058157648-0.169584039608-2.93075997214E-70.221119969662-0.0264416132956-0.01702096780770.2524942732730.01757521532750.200398867536-5.79472255369-21.810472805223.4621543529
91.79995179781-0.100120220045-0.3814803988351.73131424887-0.996120928320.5331119802890.02622274431090.130203868760.0195564510050.1136319812680.0546657810151-0.01271228920740.0627527858584-0.09444447286714.02145670333E-70.202694394684-0.0254525528171-0.001994646687710.204371132690.005166713078190.1931149867191.08154494445-15.970338250118.7120637101
100.162866406365-0.137687777439-0.2386198551030.3607608139760.2446691467230.142924786685-0.1468546624851.41474100002-0.514768416314-0.1651575201330.294726414056-0.0116261838492-0.0648191964980.1031494962890.003183531321280.227160363998-0.0514494600389-0.05251220671960.406454404737-0.03080145268290.286183729531-13.4392207697-29.36533466814.9019485073
111.574344770130.1826491615570.7711544744471.02905829443-0.5098061760510.5058292299540.09774934521690.0186499360428-0.08331092220920.01265166147850.002396349122920.0948142351593-0.0517917485476-0.2557781171276.40029481534E-80.230094785125-0.0171103629613-0.006200408635490.2261561956530.02575454761120.214654952206-14.9512073635-21.413082967416.9294006229
120.2902994521720.1809682436740.06013639742470.4273922889370.3700543032440.297759510476-0.0586852902577-0.6538800165970.4106413922450.585436186026-0.07379120879730.472850097074-0.546491957528-0.27681342269-0.04046635298950.400513631876-0.01697339583440.1164971772360.411997402534-0.07418747933020.423596538392-16.5096843974-9.0194295634924.3898966938
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 103 through 126 )AA103 - 1261 - 24
22chain 'A' and (resid 127 through 183 )AA127 - 18325 - 81
33chain 'A' and (resid 184 through 201 )AA184 - 20182 - 99
44chain 'A' and (resid 202 through 221 )AA202 - 221100 - 119
55chain 'A' and (resid 222 through 241 )AA222 - 241120 - 139
66chain 'A' and (resid 242 through 254 )AA242 - 254140 - 152
77chain 'B' and (resid 102 through 126 )BM102 - 1261 - 25
88chain 'B' and (resid 127 through 146 )BM127 - 14626 - 45
99chain 'B' and (resid 147 through 183 )BM147 - 18346 - 82
1010chain 'B' and (resid 184 through 201 )BM184 - 20183 - 100
1111chain 'B' and (resid 202 through 241 )BM202 - 241101 - 140
1212chain 'B' and (resid 242 through 255 )BM242 - 255141 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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