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- PDB-8ohb: PanDDA analysis group deposition -- CdaA in complex with fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ohb
タイトルPanDDA analysis group deposition -- CdaA in complex with fragment F2X-Entry E08
要素Cyclic di-AMP synthase CdaA
キーワードTRANSFERASE / diadenylate cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclic di-AMP synthase CdaA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Garbers, T.B. / Neumann, P. / Wollenhaupt, J. / Weiss, M.S. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP1879 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024
タイトル: Crystallographic fragment screen of the c-di-AMP-synthesizing enzyme CdaA from Bacillus subtilis.
著者: Garbers, T. / Neumann, P. / Wollenhaupt, J. / Dickmanns, A. / Weiss, M.S. / Ficner, R.
履歴
登録2023年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic di-AMP synthase CdaA
B: Cyclic di-AMP synthase CdaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5294
ポリマ－33,3622
非ポリマー1672
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14480 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)118.880, 38.950, 68.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-454-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cyclic di-AMP synthase CdaA / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase / DAC


分子量: 16681.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: cdaA, ybbP, BSU01750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45589, diadenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-UHL / 5-(2-methoxyethyl)-1,3,4-oxadiazol-2-amine


分子量: 143.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 0.1 M Magnesium chloride 30 % (v/v) PEG 400 20 % (v/v) DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.11→50 Å / Num. obs: 202832 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 7.06
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.15-1.181.358106460.3161.7841
1.18-1.211.215126120.3591.5711
1.21-1.251.106142280.491.3881
1.25-1.290.894142200.5991.1131
1.29-1.330.712139370.6870.8881
1.33-1.370.593132400.7280.7451
1.37-1.430.485131220.8060.6041
1.43-1.480.375125330.8660.4671
1.48-1.550.272120460.9210.3391
1.55-1.630.192113740.9560.2421
1.63-1.710.149109450.9770.1851
1.71-1.820.11103870.9840.1371
1.82-1.940.07898330.9910.0971
1.94-2.10.05589070.9940.071
2.1-2.30.04884310.9950.0591
2.3-2.570.04275380.9950.0531
2.57-2.970.03865510.9950.0481
2.97-3.640.03555990.9960.0431
3.64-5.140.03443380.9960.0431

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.11→42.69 Å / SU ML: 0.1838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.2691
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 2098 1.88 %
Rwork0.1817 109307 -
obs0.1821 111405 90.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→42.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2258 0 11 174 2443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01622328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38273161
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1066388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0118408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1268326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.11-1.130.5544740.58293876X-RAY DIFFRACTION48.24
1.13-1.160.4976950.52584963X-RAY DIFFRACTION61.93
1.16-1.190.53321140.455910X-RAY DIFFRACTION73.45
1.19-1.230.39651370.35177140X-RAY DIFFRACTION88.87
1.23-1.270.28551480.27927697X-RAY DIFFRACTION96.02
1.27-1.310.24181510.23797822X-RAY DIFFRACTION97.33
1.31-1.370.25311510.22557867X-RAY DIFFRACTION97.54
1.37-1.430.26911510.21017871X-RAY DIFFRACTION97.81
1.43-1.50.2421510.18077940X-RAY DIFFRACTION98.45
1.5-1.60.16791530.14837948X-RAY DIFFRACTION98.46
1.6-1.720.18131510.14367908X-RAY DIFFRACTION98.18
1.72-1.90.16711550.14478046X-RAY DIFFRACTION98.96
1.9-2.170.15361530.1458002X-RAY DIFFRACTION98.84
2.17-2.730.1861560.16778124X-RAY DIFFRACTION99.34
2.73-42.690.19531580.17968193X-RAY DIFFRACTION98.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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