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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8ofh | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Streptococcus pneumoniae CdaA | ||||||
Components | Diadenylate cyclase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / diadenylate cyclase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationdiadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Streptococcus pneumoniae R6 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.64 Å | ||||||
Authors | Garbers, T.B. / Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
| Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2024Title: Crystallographic fragment screen of the c-di-AMP-synthesizing enzyme CdaA from Bacillus subtilis. Authors: Garbers, T. / Neumann, P. / Wollenhaupt, J. / Dickmanns, A. / Weiss, M.S. / Ficner, R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8ofh.cif.gz | 454.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8ofh.ent.gz | 310.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8ofh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8ofh_validation.pdf.gz | 463.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8ofh_full_validation.pdf.gz | 469.2 KB | Display | |
| Data in XML | 8ofh_validation.xml.gz | 38 KB | Display | |
| Data in CIF | 8ofh_validation.cif.gz | 54.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofh | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8ofoC ![]() 8ogmC ![]() 8ognC ![]() 8ogoC ![]() 8ogpC ![]() 8ogqC ![]() 8ogrC ![]() 8ogsC ![]() 8ogtC ![]() 8oguC ![]() 8ogvC ![]() 8ogwC ![]() 8ogyC ![]() 8ogzC ![]() 8oh0C ![]() 8oh1C ![]() 8ohbC ![]() 8ohcC ![]() 8oheC ![]() 8ohfC ![]() 8ohgC ![]() 8ohhC ![]() 8ohjC ![]() 8ohkC ![]() 8ohlC ![]() 8ohoC ![]() 9g0gC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 20121.164 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae R6 (bacteria) / Gene: dacA / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.67 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 15% (v/v) PEG3350 0.2 M KSCN, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5 PH range: 7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.97626 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 14, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97626 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.64→50 Å / Num. obs: 130851 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 28.72 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 15.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.64→48.28 Å / SU ML: 0.2424 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.4775 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 41.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.64→48.28 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Streptococcus pneumoniae R6 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Germany, 1items
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