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Yorodumi- PDB-8ogk: Crystal structure of CdaA from Bacillus subtilis co-crystallized ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ogk | ||||||
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Title | Crystal structure of CdaA from Bacillus subtilis co-crystallized with DMSO | ||||||
Components | Cyclic di-AMP synthase CdaA | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / octamer / unkown function | ||||||
Function / homology | Function and homology information diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.18 Å | ||||||
Authors | Garbers, T.B. / Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of CdaA from Bacillus subtilis co-crystallized with DMSO Authors: Garbers, T.B. / Neumann, P. / Wollenhaupt, J. / Weiss, M. / Ficner, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ogk.cif.gz | 223 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ogk.ent.gz | 150.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ogk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ogk_validation.pdf.gz | 447.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ogk_full_validation.pdf.gz | 448.4 KB | Display | |
Data in XML | 8ogk_validation.xml.gz | 14.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8ogk_validation.cif.gz | 20.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8ogk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8ogk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16681.018 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (bacteria) Gene: cdaA, ybbP, BSU01750 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q45589, diadenylate cyclase #2: Chemical | ChemComp-DMS / #3: Chemical | ChemComp-MG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Hepes pH 7.5 0.2 M Magnesium chloride 30 % (v/v) PEG 400 20 % (v/v) DMSO PH range: 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.68879 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 25, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.68879 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.18→50 Å / Num. obs: 101314 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 19.78 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rrim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 19.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.18→46.58 Å / SU ML: 0.1819 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.9956 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.18→46.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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