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万見
- PDB-9g0b: Rhinovirus A2 uncoating intermediate revealing the natural pocket... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g0b
タイトルRhinovirus A2 uncoating intermediate revealing the natural pocket factor (pH 5.8 and 4 degrees Celsius)
要素
  • Capsid protein VP1
  • Capsid protein VP2
  • Capsid protein VP3
  • Capsid protein VP4
キーワードVIRUS / Uncoating Intermediate / Pocket Factor / Lauric Acid
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種rhinovirus A2 (ライノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Real-Hohn, A. / Blaas, D.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP31392 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: New rhinovirus uncoating intermediate reveals how sodium versus potassium ions influence RNA release.
著者: Antonio Real-Hohn / Dieter Blaas /
要旨: Electron microscopy (EM) of rhinovirus A2 (RV-A2) incubated in Na phosphate buffer (pH 7.6) for 12 h at 25 °C revealed partial fragmentation, whereas upon incubation in K phosphate buffer, RV-A2 ...Electron microscopy (EM) of rhinovirus A2 (RV-A2) incubated in Na phosphate buffer (pH 7.6) for 12 h at 25 °C revealed partial fragmentation, whereas upon incubation in K phosphate buffer, RV-A2 appeared intact. In buffers adjusted to pH 5.8, these differences became more pronounced; acidic Na phosphate buffer promoted disintegration of the particles, whereas in acidic K phosphate buffer, the virus appeared like native. Incubation in the acidic buffers for one hour at 4 °C followed by neutralisation resulted in the respective formation of non-infectious A particles (in Na) and a non-infectious novel uncoating intermediate (in K), which we termed 'E0 particle'. Negative staining EM revealed phosphotungstate penetration into A particles, but not into E0 particles. Cryo-EM image reconstruction of the E0 particle showed clear differences between A and E0 particles; like native virus, E0 contained VP4 and a pocket factor. Native RV-A2 RNA cores, obtained by gentle proteinase-K digestion in K and Na phosphate buffer, respectively, differed in accessibility of dsRNA regions, detected by PaSTRy. Variance in RNA compactness observed in K versus Na phosphate buffer was confirmed by rotary shadowing EM; in K phosphate buffer, the RNA remained condensed while, in Na phosphate buffer, distinct unfolding stages were apparent.
履歴
登録2024年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月29日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9495
ポリマ－94,7484
非ポリマー2001
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,696,926300
ポリマ－5,684,907240
非ポリマー12,01960
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
手法UCSF CHIMERA

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1 / P1D / Virion protein 1


分子量: 32274.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rhinovirus A2 (ライノウイルス) / 参照: UniProt: P04936
#2: タンパク質 Capsid protein VP2 / P1B / Virion protein 2


分子量: 29009.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rhinovirus A2 (ライノウイルス) / 参照: UniProt: P04936
#3: タンパク質 Capsid protein VP3 / P1C / Virion protein 3


分子量: 26107.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rhinovirus A2 (ライノウイルス) / 参照: UniProt: P04936
#4: タンパク質 Capsid protein VP4 / P1A / Virion protein 4


分子量: 7356.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rhinovirus A2 (ライノウイルス) / 参照: UniProt: P04936
#5: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: rhinovirus A2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: rhinovirus A2 (ライノウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻直径: 310 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 5.8 / 詳細: 0.1 M phosphate buffer, pH 5.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.005841 MPotassium phosphate dibasicK2HPO41
20.09416 MPotassium phosphate monobasicKH2PO41
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The virus sample was purified from HeLa cells, diluted to a final concentration of 1 mg/mL in 100 mM potassium phosphate buffer, pH 5.8, and incubated at four degrees for one hour before the vitrification.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 100000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 246

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2EPU3画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.17.2モデルフィッティング
8Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.21モデルフィッティング
11RELION4初期オイラー角割当
12RELION4最終オイラー角割当
13RELION4分類
14RELION4３次元再構成
15Coot0.9モデル精密化
16PHENIX1.21モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 16372
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9825 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3VDD

3vdd


Accession code: 3VDD / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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