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Structure paper

タイトルNew rhinovirus uncoating intermediate reveals how sodium versus potassium ions influence RNA release.
ジャーナル・号・ページSci Rep, Vol. 15, Issue 1, Page 36768, Year 2025
掲載日2025年10月21日
著者Antonio Real-Hohn / Dieter Blaas /
PubMed 要旨Electron microscopy (EM) of rhinovirus A2 (RV-A2) incubated in Na phosphate buffer (pH 7.6) for 12 h at 25 °C revealed partial fragmentation, whereas upon incubation in K phosphate buffer, RV-A2 ...Electron microscopy (EM) of rhinovirus A2 (RV-A2) incubated in Na phosphate buffer (pH 7.6) for 12 h at 25 °C revealed partial fragmentation, whereas upon incubation in K phosphate buffer, RV-A2 appeared intact. In buffers adjusted to pH 5.8, these differences became more pronounced; acidic Na phosphate buffer promoted disintegration of the particles, whereas in acidic K phosphate buffer, the virus appeared like native. Incubation in the acidic buffers for one hour at 4 °C followed by neutralisation resulted in the respective formation of non-infectious A particles (in Na) and a non-infectious novel uncoating intermediate (in K), which we termed 'E0 particle'. Negative staining EM revealed phosphotungstate penetration into A particles, but not into E0 particles. Cryo-EM image reconstruction of the E0 particle showed clear differences between A and E0 particles; like native virus, E0 contained VP4 and a pocket factor. Native RV-A2 RNA cores, obtained by gentle proteinase-K digestion in K and Na phosphate buffer, respectively, differed in accessibility of dsRNA regions, detected by PaSTRy. Variance in RNA compactness observed in K versus Na phosphate buffer was confirmed by rotary shadowing EM; in K phosphate buffer, the RNA remained condensed while, in Na phosphate buffer, distinct unfolding stages were apparent.
リンクSci Rep / PubMed:41120457 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 Å
構造データ

50930

9g0b

EMDB-50930, PDB-9g0b:
Rhinovirus A2 uncoating intermediate revealing the natural pocket factor (pH 5.8 and 4 degrees Celsius)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-DAO:
LAURIC ACID / ラウリン酸

由来
  • rhinovirus a2 (ライノウイルス)
キーワードVIRUS / Uncoating Intermediate / Pocket Factor / Lauric Acid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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