PDB-9fw1: UMG-SP3 amidase from uncultured bacterium in complex with PMSF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fw1

タイトル

UMG-SP3 amidase from uncultured bacterium in complex with PMSF

要素

UMG-SP3 amidase

キーワード

HYDROLASE / Amidase / PMSF / urethane degrading / plastic recycling

機能・相同性

phenylmethanesulfonic acid

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Rotilio, L. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Structural and Functional Characterization of an Amidase Targeting a Polyurethane for Sustainable Recycling.
著者: Rotilio, L. / Bayer, T. / Meinert, H. / Teixeira, L.M.C. / Johansen, M.B. / Sommerfeldt, A. / Petersen, A.R. / Sandahl, A. / Keller, M.B. / Holck, J. / Paiva, P. / Otzen, D.E. / Bornscheuer, ...

履歴

登録	2024年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fw1.cif.gz	459.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fw1.ent.gz	388 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/9fw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/9fw1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fvfC 9fz1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UMG-SP3 amidase

B: UMG-SP3 amidase

ヘテロ分子

92 kDa, 2 ポリマー
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1

A: UMG-SP3 amidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
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2

B: UMG-SP3 amidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.863, 90.863, 278.919
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	UMG-SP3 amidase 分子量: 45629.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid 分子量: 172.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₈O₃S / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7, 3.8 M Ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→47.54 Å / Num. obs: 40047 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.04759 / R_pim(I) all: 0.04759 / R_rim(I) all: 0.0673 / Net I/σ(I): 18.69
反射シェル	解像度: 2.18→2.259 Å / R_merge(I) obs: 0.4475 / Num. unique obs: 168 / CC_1/2: 0.632 / R_pim(I) all: 0.4475 / R_rim(I) all: 0.6328

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→47.54 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2376	1990	4.97 %
R_work	0.1836	-	-
obs	0.1863	40038	64.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→47.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6408	0	20	77	6505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6550
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.242	8938
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.664	938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.018	1174

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.24	0.401	5	0.3063	108	X-RAY DIFFRACTION	3
2.24-2.3	0.4158	12	0.2798	350	X-RAY DIFFRACTION	8
2.3-2.36	0.3082	45	0.2533	885	X-RAY DIFFRACTION	21
2.36-2.44	0.3139	80	0.261	1204	X-RAY DIFFRACTION	30
2.44-2.53	0.2936	93	0.2513	1562	X-RAY DIFFRACTION	38
2.53-2.63	0.2967	93	0.2653	2008	X-RAY DIFFRACTION	48
2.63-2.75	0.3135	133	0.2609	2739	X-RAY DIFFRACTION	65
2.75-2.89	0.3394	202	0.2422	3860	X-RAY DIFFRACTION	93
2.89-3.07	0.309	206	0.2318	4213	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.31	0.2481	229	0.2125	4190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.64	0.2435	210	0.1849	4240	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.17	0.21	203	0.144	3848	X-RAY DIFFRACTION	90
4.17-5.25	0.1751	258	0.1263	4269	X-RAY DIFFRACTION	100
5.25-47.54	0.1949	221	0.1557	4572	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2501	-0.1449	-0.4668	0.8955	0.222	0.877	0.0349	-0.0323	-0.2411	-0.0797	0.0351	0.4501	0.166	-0.6852	-0.0025	0.2431	-0.1505	-0.0645	0.4668	0.0849	0.3958	-34.2949	-41.3272	10.9233
2	0.6921	-0.334	0.0113	0.6254	-0.2224	1.9663	-0.0736	-0.0668	0.0558	0.0139	0.1448	0.0688	-0.1295	-0.1685	-0.0242	0.1949	-0.1231	-0.0193	0.079	0.0276	0.1692	-17.0266	-33.2801	18.5773
3	2.3825	0.2672	0.1399	1.9432	-1.0151	2.7647	-0.1975	-0.0266	-0.1065	-0.0037	0.207	-0.363	-0.0125	0.4855	-0.0617	0.0917	-0.0173	-0.0052	0.224	-0.0586	0.1133	-0.6154	-35.1084	32.7632
4	1.2624	0.2508	-0.069	0.4298	-0.2191	1.5988	-0.0546	0.02	0.093	-0.0667	0.0453	-0.0685	-0.4598	0.0489	-0.0639	0.2507	-0.104	-0.0052	0.1247	0.0014	0.1802	-10.2738	-25.1894	16.4177
5	1.0538	-0.7049	0.2672	0.8383	-0.2619	0.0865	-0.1164	-0.2364	0.1868	0.0967	0.058	0.0178	-0.1435	-0.1498	-0.1171	0.1937	0.1931	-0.0325	0.4128	-0.0548	0.2421	-22.6645	-19.6268	68.5506
6	0.7644	0.1771	0.232	0.9902	-0.012	1.8044	-0.0841	-0.2407	0.0814	0.0543	0.0232	-0.0609	-0.0709	-0.0498	0.0307	0.0716	0.0803	0.0123	0.2605	0.0218	0.144	-14.9055	-28.4228	60.3245
7	0.8135	-0.1254	-0.1591	1.16	-0.1736	1.8164	-0.064	-0.1367	-0.0349	-0.0932	0.0698	0.1599	0.071	-0.3161	0.0474	0.1223	0.0234	-0.0111	0.2571	0.0312	0.1755	-23.6088	-33.9216	49.59
8	1.0223	0.1671	-0.4639	0.5114	-0.2856	1.6917	0.0554	-0.1111	-0.2046	0.0287	0.0126	0.2852	0.6433	-0.5811	0.2046	0.5476	-0.2427	0.0982	0.4084	0.0615	0.4332	-32.3133	-53.9168	56.2207
9	1.9367	0.8297	-0.8608	2.9783	-0.5886	2.3515	0.0109	-0.0144	-0.5179	0.1854	0.0845	-0.4798	0.6525	0.4466	0.0342	0.4156	0.1783	-0.0375	0.2717	0.0189	0.2753	-4.5193	-51.0825	47.6306
10	6.4897	0.4158	-2.3253	2.9635	-0.2018	2.9567	-0.0892	0.216	-0.3159	-0.0279	0.1192	0.0192	0.6326	-0.2433	-0.075	0.2973	0.0163	-0.037	0.1813	0.0394	0.1537	-16.5771	-50.2987	38.2675
11	1.8357	0.424	-0.9066	1.2454	0.3669	1.1129	-0.0471	-0.4088	-0.3919	0.2177	0.0395	0.0189	0.7308	-0.2179	-0.0431	0.3607	-0.0047	0.0283	0.2846	0.1138	0.246	-19.4491	-49.5263	60.8577
12	1.8082	0.3121	-1.4093	1.3256	-0.1123	1.1118	0.0217	-0.0425	0.0343	0.1075	0.0358	0.2269	0.1894	-0.6568	0.0729	0.2417	-0.1194	0.0218	0.5245	0.0923	0.2507	-31.7497	-40.9125	56.4023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 293 through 344 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 345 through 439 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 45 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 46 through 199 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 200 through 251 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 252 through 292 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 293 through 321 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 322 through 344 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 345 through 405 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 406 through 439 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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