PDB-9fz1: UMG-SP3 amidase from uncultured bacterium in complex with 4,4'-MDA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fz1

タイトル

UMG-SP3 amidase from uncultured bacterium in complex with 4,4'-MDA

要素

UMG-SP3

キーワード

HYDROLASE / amidase / urethane bond / 4 / 4'-MDA / plastic recycling

機能・相同性

: / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Rotilio, L. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Structural and Functional Characterization of an Amidase Targeting a Polyurethane for Sustainable Recycling.
著者: Rotilio, L. / Bayer, T. / Meinert, H. / Teixeira, L.M.C. / Johansen, M.B. / Sommerfeldt, A. / Petersen, A.R. / Sandahl, A. / Keller, M.B. / Holck, J. / Paiva, P. / Otzen, D.E. / Bornscheuer, ...

履歴

登録	2024年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fz1.cif.gz	474.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fz1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fz1_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fz1_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9fz1_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	9fz1_validation.cif.gz	54.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/9fz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/9fz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fvfC 9fw1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UMG-SP3

B: UMG-SP3

ヘテロ分子

92.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UMG-SP3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UMG-SP3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.642, 90.642, 277.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	UMG-SP3 / Amidase 分子量: 45629.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1IHK / 4-[(4-aminophenyl)methyl]aniline 分子量: 198.264 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₄N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5; 4 M Ammonium acetate; 5 mM sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→64.76 Å / Num. obs: 50608 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.03768 / R_pim(I) all: 0.03768 / R_rim(I) all: 0.05328 / Net I/σ(I): 21.26
反射シェル	解像度: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 1426 / CC_1/2: 0.851

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→64.76 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	2553	5.05 %
R_work	0.1761	-	-
obs	0.1787	50596	63.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→64.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6382	0	77	350	6809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6590
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.14	8980
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.415	939
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1035
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1188

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.04	0.2514	28	0.1847	741	X-RAY DIFFRACTION	18
2.04-2.08	0.3084	46	0.1972	780	X-RAY DIFFRACTION	19
2.08-2.13	0.3148	57	0.2045	868	X-RAY DIFFRACTION	21
2.13-2.17	0.2667	56	0.225	1050	X-RAY DIFFRACTION	26
2.17-2.23	0.3314	76	0.2168	1211	X-RAY DIFFRACTION	30
2.23-2.29	0.2779	77	0.2154	1370	X-RAY DIFFRACTION	33
2.29-2.36	0.2697	88	0.2168	1629	X-RAY DIFFRACTION	40
2.36-2.43	0.2899	91	0.2147	1834	X-RAY DIFFRACTION	44
2.43-2.52	0.2763	111	0.2151	2162	X-RAY DIFFRACTION	52
2.52-2.62	0.2864	135	0.2294	2758	X-RAY DIFFRACTION	67
2.62-2.74	0.2808	233	0.2323	3785	X-RAY DIFFRACTION	91
2.74-2.88	0.2936	227	0.2311	4141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.07	0.264	207	0.2166	4197	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.3	0.2672	224	0.1855	4187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.63	0.2322	214	0.1678	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.16	0.1973	203	0.1394	4265	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-5.24	0.1574	241	0.1235	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-64.76	0.1976	239	0.1706	4543	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0822	0.4911	-0.6443	0.9744	-0.3345	3.199	0.2815	0.0879	0.2304	0.0658	-0.0269	0.113	-0.5378	-0.0104	-0.0113	0.2227	0.094	0.0929	0.1434	0.0369	0.2214	10.2222	-24.9318	86.5601
2	2.4107	0.6677	-1.1498	3.9197	-0.8064	4.0326	0.21	0.0771	-0.5857	0.1862	-0.1381	0.2326	0.4807	0.0121	-0.1488	0.2745	0.0022	0.0101	0.1479	-0.05	0.2059	9.0965	-44.6645	104.4354
3	0.5625	0.1298	-0.6816	0.9853	-0.538	1.6733	0.0514	0.0775	-0.0938	0.0265	-0.0625	-0.0172	0.2186	0.4723	0.0096	0.1889	0.1091	0.0094	0.2686	0.0048	0.2056	18.001	-39.6269	84.7639
4	3.266	-0.4827	-2.3584	1.7418	0.2785	3.0264	0.1425	-0.293	0.2347	0.0057	-0.0474	-0.0748	-0.662	0.9239	-0.0774	0.2389	-0.0747	0.0045	0.3877	0.0199	0.2122	24.7598	-26.4069	88.449
5	1.2017	0.0713	0.1922	0.8511	0.1789	1.7781	-0.064	-0.2584	0.0611	0.0221	0.0261	0.0343	-0.1634	-0.2657	0.0411	0.1448	0.1152	0.0312	0.3989	0.0682	0.1696	-16.9196	-26.9856	59.9288
6	1.0644	0.0102	-0.0922	0.3297	0.1336	1.3052	-0.0736	-0.2166	-0.0755	0.1073	-0.0996	0.467	0.5941	-0.9326	0.154	0.4209	-0.3121	0.0628	0.8275	0.229	0.4644	-34.2149	-49.7748	56.4118
7	1.5377	0.8624	-1.8324	1.9471	-0.0352	3.0952	0.1651	0.1949	-0.3665	0.1324	0.0529	-0.1267	0.6826	-0.2311	-0.0691	0.3584	-0.0002	-0.0359	0.2561	0.1197	0.2683	-14.4745	-51.2728	43.9463
8	1.7139	0.5169	-0.9021	1.4882	0.6558	1.1211	0.0429	-0.4284	-0.4251	0.3109	0.1213	-0.0206	0.8466	-0.3351	-0.0516	0.468	-0.0603	0.0023	0.4651	0.1879	0.3944	-17.171	-51.0149	63.7201
9	1.7171	0.228	-0.8443	0.9625	0.0142	0.4431	0.0914	-0.191	-0.0449	0.038	0.0325	0.202	0.3874	-0.5023	0.06	0.224	-0.1048	0.0318	0.6366	0.1335	0.2617	-29.1712	-41.7392	55.5318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 308 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 309 through 343 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 344 through 405 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 406 through 439 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 240 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 241 through 279 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 280 through 345 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 346 through 388 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 389 through 439 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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