PDB-9fvf: UMG-SP3 amidase from uncultured bacterium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fvf

タイトル

UMG-SP3 amidase from uncultured bacterium

要素

Amidase UMG-SP3

キーワード

HYDROLASE / amidase / urethane degradation / plastic recycling

機能・相同性

Chem-PG6

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Rotilio, L. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Structural and Functional Characterization of an Amidase Targeting a Polyurethane for Sustainable Recycling.
著者: Rotilio, L. / Bayer, T. / Meinert, H. / Teixeira, L.M.C. / Johansen, M.B. / Sommerfeldt, A. / Petersen, A.R. / Sandahl, A. / Keller, M.B. / Holck, J. / Paiva, P. / Otzen, D.E. / Bornscheuer, ...

履歴

登録	2024年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fvf.cif.gz	465.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fvf.ent.gz	393.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/9fvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/9fvf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fw1C 9fz1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Amidase UMG-SP3

B: Amidase UMG-SP3

ヘテロ分子

91.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amidase UMG-SP3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Amidase UMG-SP3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.707, 90.707, 278.114
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Amidase UMG-SP3 分子量: 45629.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5 4 M Ammonium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→47.42 Å / Num. obs: 50769 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03706 / R_pim(I) all: 0.03706 / R_rim(I) all: 0.05242 / Net I/σ(I): 15.86
反射シェル	解像度: 2.32→2.408 Å / R_merge(I) obs: 0.6449 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 4908 / CC_1/2: 0.684 / R_pim(I) all: 0.6449 / R_sym value: 0.9121 / % possible all: 98.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
pointless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.32→47.42 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	2404	4.74 %
R_work	0.188	-	-
obs	0.1908	50769	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→47.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6393	0	33	56	6482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6554
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.141	8935
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.869	943
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1035
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.37	0.386	130	0.3241	2736	X-RAY DIFFRACTION	98
2.37-2.42	0.3576	160	0.3118	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
2.42-2.48	0.3137	136	0.2845	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.54	0.3197	139	0.2736	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.61	0.3636	130	0.2642	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.69	0.3568	141	0.2574	2802	X-RAY DIFFRACTION	99
2.69-2.77	0.3085	149	0.2591	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-2.87	0.3242	127	0.2433	2816	X-RAY DIFFRACTION	99
2.87-2.99	0.2778	140	0.2151	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.12	0.2684	152	0.2061	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.29	0.2474	142	0.2071	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.5	0.2949	146	0.2077	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.77	0.2477	136	0.1682	2849	X-RAY DIFFRACTION	99
3.77-4.14	0.2212	139	0.1532	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.74	0.2075	157	0.1329	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.97	0.1838	131	0.1559	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
5.97-47.42	0.2094	149	0.158	3136	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5236	-0.4192	-0.8318	1.0972	0.5174	1.096	-0.0937	0.3079	-0.2566	-0.0867	-0.0593	0.4936	0.1321	-1.0477	0.0746	0.4841	-0.0486	-0.0835	0.8575	-0.0111	0.6386	-33.6402	-38.1061	7.0296
2	1.2219	-0.2525	0.0858	1.2045	-0.308	2.3154	0.0414	-0.1762	-0.2378	-0.043	0.0247	0.3368	0.5467	-0.7045	-0.0494	0.3976	-0.1635	-0.0366	0.5906	0.0027	0.4925	-24.2739	-43.4045	14.0527
3	1.5797	1.038	-0.1644	1.195	0.6994	1.8349	-0.0169	-0.1734	-0.2455	0.2205	-0.0873	-0.0028	0.4836	-0.1052	0.1148	0.4818	-0.0466	0.0219	0.4449	0.0219	0.5479	-16.0653	-37.8709	22.5862
4	2.2278	-0.6262	-0.2663	1.0068	0.012	2.5111	-0.0379	0.0469	0.0791	-0.0166	0.0657	0.5275	-0.2735	-0.7801	0.0049	0.4732	0.0338	-0.0317	0.7455	0.0018	0.6345	-26.5056	-29.1095	25.0483
5	1.7739	0.0758	0.061	2.7528	0.7165	4.3115	-0.1227	0.0768	0.468	-0.1113	0.1096	-0.0988	-1.5246	-0.0635	0.0404	0.9136	-0.0548	-0.0681	0.4026	0.0087	0.5565	-11.163	-13.768	18.1747
6	1.8053	0.5541	0.1219	1.8117	-0.2752	2.6019	-0.2271	-0.0661	0.1336	0.4372	0.1795	-0.613	-0.5957	0.406	0.0276	0.6164	-0.1289	-0.0538	0.6196	-0.0089	0.5259	-2.7331	-25.0041	27.7655
7	3.5672	-0.0209	0.6603	3.4038	-1.9671	2.8286	-0.3457	-0.2896	-0.184	0.0959	0.3656	-0.5387	-0.1689	0.4259	-0.026	0.5402	-0.0434	-0.0024	0.6007	-0.0191	0.4475	-1.241	-35.5633	35.3202
8	1.1315	0.2525	0.3256	1.6916	0.3513	3.6443	-0.0409	0.0428	0.0991	-0.1104	-0.0288	-0.0747	-0.6444	0.052	0.0625	0.4614	-0.0567	-0.0468	0.4135	0.0214	0.4688	-10.4428	-25.1897	16.4397
9	1.1359	0.1958	0.2824	1.5796	0.2082	3.0047	-0.0967	-0.1713	-0.0168	0.0604	-0.0019	0.1404	0.0983	-0.5041	0.0946	0.3045	0.0512	0.0198	0.6011	0.0274	0.4199	-20.1708	-30.8387	59.3057
10	1.0187	-0.1261	-1.5749	3.1899	0.187	3.287	-0.1611	0.1111	-0.4003	0.2187	0.1107	-0.207	0.878	-0.0103	-0.0066	0.7527	0.0036	0.0058	0.5279	0.0555	0.5545	-10.4214	-50.2198	43.6074
11	1.288	0.6727	-0.4016	1.4013	0.8951	1.7846	-0.0099	-0.3772	-0.2125	0.2766	-0.0187	0.1807	0.6152	-0.6671	0.0247	0.6069	-0.1456	0.0427	0.7489	0.0724	0.5383	-23.8963	-45.7491	59.6156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 166 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 167 through 213 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 214 through 242 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 243 through 279 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 280 through 308 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 309 through 344 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 345 through 439 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 292 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 293 through 344 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 345 through 439 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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