PDB-9frm: The crystal structure of glycogen phosphorylase with an indole de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9frm

タイトル

The crystal structure of glycogen phosphorylase with an indole derivative

要素

Glycogen phosphorylase, muscle form

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

maltodextrin phosphorylase activity / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Koulas, S.M. / Leonidas, D.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Med.Chem.Res. / 年: 2025
タイトル: Synthesis and evaluation of tetrahydrobenzo[cd]indole derivatives as glycogen phosphorylase inhibitors
著者: Arunrattiyakorn, P. / Juiprasert, C. / Koulas, S.M. / Boonsri, P. / Aree, T. / Yagi-Utsumi, M. / Kato, K. / Leonidas, D.D.

履歴

登録	2024年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9frm.cif.gz	237 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9frm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9frm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9frm_validation.pdf.gz	844.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9frm_full_validation.pdf.gz	854.9 KB	表示
XML形式データ	9frm_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	9frm_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/9frm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/9frm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

99.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
199 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.962, 125.962, 114.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-901- A1IFQ
2	1	A-901- A1IFQ
3	1	A-1379- HOH
4	1	A-1509- HOH
5	1	A-1511- HOH

#1: タンパク質	Glycogen phosphorylase, muscle form / Myophosphorylase 分子量: 97682.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-A1IFQ / (7~{S})-1-(4-hydroxyphenyl)-2-[(4-hydroxyphenyl)amino]-6,6-dimethyl-7-oxidanyl-7,8-dihydrobenzo[cd]indole-3-carboxylic acid 分子量: 444.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₄N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: batch mode / pH: 6.7 / 詳細: 10 mM BES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.7293 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→44.53 Å / Num. obs: 62773 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.1 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2798 / CC_1/2: 0.885 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→44.53 Å / SU ML: 0.2083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9377
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2155	3138	5 %	RANDOM
R_work	0.1776	59635	-	-
obs	0.1795	62773	99.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6552	0	116	547	7215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4921	9241
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0519	986
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.2001	2539

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3125	139	0.2348	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.03-2.06	0.2569	135	0.2041	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2281	148	0.1987	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.27	138	0.1939	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.14-2.18	0.2183	144	0.1884	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2497	113	0.1841	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2725	132	0.1854	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.33	0.2558	145	0.1825	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.33-2.38	0.2106	133	0.1816	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.45	0.2364	139	0.1822	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.52	0.2097	159	0.1855	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6	0.247	127	0.1898	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2523	145	0.1944	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.69-2.8	0.1989	145	0.1994	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.8-2.93	0.248	145	0.1933	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.08	0.2305	148	0.1915	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.28	0.234	151	0.187	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.53	0.2061	143	0.174	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.88	0.2001	155	0.1627	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.45	0.1914	148	0.1472	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-5.6	0.177	167	0.1563	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-44.53	0.1987	139	0.1804	2934	X-RAY DIFFRACTION	98.87

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)