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- PDB-1ifq: Sec22b N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ifq
タイトルSec22b N-terminal domain
要素vesicle trafficking protein Sec22b
キーワードPROTEIN TRANSPORT / FIVE-STRANDED ANTI-PARALLEL BETA SHEET / ALPHA/BETA 3-LAYER SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPI-coated vesicle / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / negative regulation of autophagosome assembly / SNAP receptor activity / SNARE complex / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / ER-Phagosome pathway / syntaxin binding ...Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPI-coated vesicle / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / negative regulation of autophagosome assembly / SNAP receptor activity / SNARE complex / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / ER-Phagosome pathway / syntaxin binding / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / positive regulation of protein catabolic process / synaptic vesicle / melanosome / protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Vesicle-trafficking protein Sec22 / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. ...Vesicle-trafficking protein Sec22 / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Longin-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vesicle-trafficking protein SEC22b
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gonzalez Jr., L.C. / Weis, W.I. / Scheller, R.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: A novel snare N-terminal domain revealed by the crystal structure of Sec22b.
著者: Gonzalez Jr., L.C. / Weis, W.I. / Scheller, R.H.
履歴
登録2001年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vesicle trafficking protein Sec22b
B: vesicle trafficking protein Sec22b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2244
ポリマ－32,0402
非ポリマー1842
水1,15364
1
A: vesicle trafficking protein Sec22b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1122
ポリマ－16,0201
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: vesicle trafficking protein Sec22b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1122
ポリマ－16,0201
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.244, 57.056, 99.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 vesicle trafficking protein Sec22b


分子量: 16019.801 Da / 分子数: 2 / 断片: N-Terminal Domain (residues 2-127) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pQE-9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O08547
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25
詳細: PEG 1000, ammonium sulfate, sodium citrate, glycerol, beta-mercaptoethanol, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 1:1 ratio
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
227 %PEG10001reservoir
3100 mMammonium sulfate1reservoir
467 mMsodium citrate1reservoir
520 mMBME1reservoir
610 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.92537, 0.97929, 0.97945
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.925371
20.979291
30.979451
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 21501 / Num. obs: 21210 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Limit h max: 21 / Limit h min: 0 / Limit k max: 24 / Limit k min: 0 / Limit l max: 42 / Limit l min: -43 / Observed criterion F max: 2462169.67 / Observed criterion F min: 1.715 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 90.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1906 9.2 %random
Rwork0.231 ---
all-21501 --
obs-20615 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 57.9904 Å2 / ksol: 0.357432 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 112.13 Å2 / Biso mean: 57.1 Å2 / Biso min: 30.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.45 Å20 Å20 Å2
2--2.83 Å20 Å2
3----19.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.33 Å
Luzzati d res high-2.4
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1953 0 12 64 2029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.75
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.510.2992258.40.30522170.022686244290.9
2.51-2.640.3122248.20.32322840.0212716250892.3
2.64-2.810.2812278.50.2922790.0192664250694
2.81-3.020.2852479.20.28723560.0182683260397
3.02-3.330.2622278.40.25424180.0172693264598.2
3.33-3.810.26824590.25824180.0172708266398.3
3.81-4.80.2042338.70.19124220.0132677265599.2
4.8-500.18727810.40.19123150.0112683259396.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3sem_rep.paramgol.sol
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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