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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fjo | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the undecorated pointed end of F-actin | ||||||||||||
要素 | Actin, alpha skeletal muscle | ||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / actin / filament / pointed end | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Boiero Sanders, M. / Oosterheert, W. / Hofnagel, O. / Bieling, P. / Raunser, S. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Phalloidin and DNase I-bound F-actin pointed end structures reveal principles of filament stabilization and disassembly. 著者: Micaela Boiero Sanders / Wout Oosterheert / Oliver Hofnagel / Peter Bieling / Stefan Raunser / 要旨: Actin filament turnover involves subunits binding to and dissociating from the filament ends, with the pointed end being the primary site of filament disassembly. Several molecules modulate filament ...Actin filament turnover involves subunits binding to and dissociating from the filament ends, with the pointed end being the primary site of filament disassembly. Several molecules modulate filament turnover, but the underlying mechanisms remain incompletely understood. Here, we present three cryo-EM structures of the F-actin pointed end in the presence and absence of phalloidin or DNase I. The two terminal subunits at the undecorated pointed end adopt a twisted conformation. Phalloidin can still bind and bridge these subunits, inducing a conformational shift to a flattened, F-actin-like state. This explains how phalloidin prevents depolymerization at the pointed end. Interestingly, two DNase I molecules simultaneously bind to the phalloidin-stabilized pointed end. In the absence of phalloidin, DNase I binding would disrupt the terminal actin subunit packing, resulting in filament disassembly. Our findings uncover molecular principles of pointed end regulation and provide structural insights into the kinetic asymmetry between the actin filament ends. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fjo.cif.gz | 287.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9fjo.ent.gz | 232.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9fjo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fjo_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9fjo_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9fjo_validation.xml.gz | 57.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fjo_validation.cif.gz | 82.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/9fjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/9fjo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50507MC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41875.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: Rabbit skeletal alpha actin purified from frozen rabbit muscle acetone powder. 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Skeletal muscle / 参照: UniProt: P68135 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of actin subunits that form the pointed end of actin filaments. タイプ: COMPLEX 詳細: Alpha actin was purified from skeletal muscle. Actin filaments were polymerized in the presence of the formin INF2, which was purified separetely and added during polymerization prior to cryo-EM grid preparation. Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Skeletal muscle | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.1 詳細: 12 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2.1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM TCEP, 0.2 mM ATP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K / 詳細: 3 seconds, force 0. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: 300 kV Titan Krios G3 microscope (Thermo Fisher Scientific). |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20305 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / 詳細: Gatan energy filter / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV 球面収差補正装置: 300 kV Titan Krios G3 microscope (Thermo Fisher Scientific). |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1935707 / 詳細: Particles picked using SPHIRE-crYOLO. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 206373 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: Real Space Refinement in Phenix. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8A2T Accession code: 8A2T / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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