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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fii | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of oxidized NuoEF variant E222K(NuoF) from Aquifex aeolicus | ||||||
要素 | (NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Complex I / respiratory chain / NADH-ubiquinone oxidoreductase / bioenergetics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wohlwend, D. / Friedrich, T. / Goeppert-Asadollahpour, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2024 タイトル: Structural robustness of the NADH binding site in NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I). 著者: Goppert-Asadollahpour, S. / Wohlwend, D. / Friedrich, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fii.cif.gz | 613.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9fii.ent.gz | 386.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9fii.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fii_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9fii_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9fii_validation.xml.gz | 44.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fii_validation.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/9fii | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9fdjC 9fdkC 9fdvC 9fe0C 9fe5C 9fe7C 9fe8C 9feaC 9fifC 9fihC 9fijC 9filC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 18573.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoE, aq_574 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_E222K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: O66842, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う #2: タンパク質 | 分子量: 48523.367 Da / 分子数: 2 / Mutation: E222K / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The C-terminal sequence AGHHHHHH is an artificial affinity tag for the chromatographic purification of the NuoEF complex 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: nuoF, aq_573 / プラスミド: pET-28b(+)::nuoEFhis_E222K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) 参照: UniProt: O66841, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
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-非ポリマー , 7種, 375分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | ChemComp-CL / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.1, 0.85 M Na3-citrate, 0.1 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→48.1 Å / Num. obs: 47026 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 4624 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.467 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→47.434 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 23.583 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.65 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.479 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.434 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |