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- PDB-9fia: SSU(body) structure derived from the SSU sample of the mitoriboso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fia
タイトルSSU(body) structure derived from the SSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 2
  • (Mitochondrial ribosomal protein, ...) x 11
  • (Putative 30S ribosomal protein ...) x 2
  • (Putative ribosomal protein ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • (Ribosomal protein, ...) x 3
  • (unidentified ...) x 12
  • Acylphosphatase-like domain-containing protein
  • CHCH domain-containing protein
  • DnaJ domain-containing protein
  • Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
  • Macro domain-containing protein
  • Pentatricopeptide repeat domain-containing protein
  • Putative homeodomain containing protein
  • Putative mitochondrial ribosomal protein s6-2
  • RAP domain-containing protein
  • RNA13
  • RNA15
  • RNA17
  • RNA19
  • RNA30
  • RNA33
  • RNA5
  • RNA8
  • SSUA
  • SSUB
  • SSUE
  • SSUF
  • ulr11
  • ulr12
  • ulr13
  • ulr14
  • ulr15
  • ulr16
  • ulr17
  • ulr19
  • ulr20
  • ulr21
  • url18
キーワードRIBOSOME / Complex / translation / rRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / fatty acid metabolic process / isomerase activity / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...hydro-lyase activity / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / fatty acid metabolic process / isomerase activity / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast ...: / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein S17 / Acylphosphatase-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein S17 / Acylphosphatase-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative homeodomain containing protein / Uncharacterized protein / CHCH domain-containing protein / Putative 30S ribosomal protein S15 / Putative ribosomal protein S8 / Uncharacterized protein / Putative mitochondrial ribosomal protein s6-2 / DnaJ domain-containing protein / Putative 30S ribosomal protein S16 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein / Ribosomal protein S12, mitochondrial / Uncharacterized protein / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein / 30S ribosomal protein S5, putative / Ribosomal protein S11, putative / Ribosomal protein S18, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Macro domain-containing protein / RAP domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Rocha, R.E.O. / Barua, S. / Boissier, F. / Nguyen, T.T. / Hashem, Y.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission101088541European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Apicomplexan mitoribosome from highly fragmented rRNAs to a functional machine.
著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny ...著者: Chaoyue Wang / Sari Kassem / Rafael Eduardo Oliveira Rocha / Pei Sun / Tan-Trung Nguyen / Joachim Kloehn / Xianyong Liu / Lorenzo Brusini / Alessandro Bonavoglia / Sramona Barua / Fanny Boissier / Mayara Lucia Del Cistia / Hongjuan Peng / Xinming Tang / Fujie Xie / Zixuan Wang / Oscar Vadas / Xun Suo / Yaser Hashem / Dominique Soldati-Favre / Yonggen Jia /
要旨: The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, ...The phylum Apicomplexa comprises eukaryotic parasites that cause fatal diseases affecting millions of people and animals worldwide. Their mitochondrial genomes have been significantly reduced, leaving only three protein-coding genes and highly fragmented mitoribosomal rRNAs, raising challenging questions about mitoribosome composition, assembly and structure. Our study reveals how Toxoplasma gondii assembles over 40 mt-rRNA fragments using exclusively nuclear-encoded mitoribosomal proteins and three lineage-specific families of RNA-binding proteins. Among these are four proteins from the Apetala2/Ethylene Response Factor (AP2/ERF) family, originally known as transcription factors in plants and Apicomplexa, now repurposed as essential mitoribosome components. Cryo-EM analysis of the mitoribosome structure demonstrates how these AP2 proteins function as RNA binders to maintain mitoribosome integrity. The mitoribosome is also decorated with members of lineage-specific RNA-binding proteins belonging to RAP (RNA-binding domain abundant in Apicomplexa) proteins and HPR (heptatricopeptide repeat) families, highlighting the unique adaptations of these parasites. Solving the molecular puzzle of apicomplexan mitoribosome could inform the development of therapeutic strategies targeting organellar translation.
履歴
登録2024年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B0: Mitochondrial ribosomal protein, mS145
B1: unidentified peptide
B2: Ribosomal protein S18, putative
B3: Mitochondrial ribosomal protein, mS23
B4: CHCH domain-containing protein
B5: Ribosomal protein S11, putative
B6: Putative mitochondrial ribosomal protein s6-2
B7: unidentified peptide
B8: unidentified peptide
B9: DnaJ domain-containing protein
BA: Mitochondrial ribosomal protein, mS137
BB: RAP domain-containing protein
BC: Mitochondrial ribosomal protein, mS47
BD: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein
BE: Mitochondrial ribosomal protein, mS140
BF: Mitochondrial ribosomal protein, mS147
BG: Ribosomal protein, uS2m
BH: Putative ribosomal protein S8
BI: unidentified peptide
BJ: unidentified peptide
BK: Mitochondrial ribosomal protein, mS26
BL: Putative ribosomal protein S17
BN: unidentified peptide
BO: Putative 30S ribosomal protein S15
BP: unidentified peptide
BQ: Macro domain-containing protein
BS: Ribosomal protein, bS21m
BT: Mitochondrial ribosomal protein, mS156
BU: unidentified peptide
BV: Putative homeodomain containing protein
BW: Mitochondrial ribosomal protein, mS144
BX: unidentified peptide
BY: unidentified peptide
Ba: unidentified peptide
Bb: unidentified peptide
Bc: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
Bd: unidentified peptide
Be: unidentified peptide
Bg: Ribosomal protein, uS2m
Bh: Putative 30S ribosomal protein S16
Bi: Mitochondrial ribosomal protein, mS153
Bj: unidentified peptide
Bk: Mitochondrial ribosomal protein, mS26
Bl: 30S ribosomal protein S12, putative
HJ: 30S ribosomal protein S5, putative
HS: Acylphosphatase-like domain-containing protein
b1: ulr11
b2: SSUE
b3: ulr12
b4: RNA13
bA: RNA19
bD: RNA15
bE: RNA8
bG: ulr13
bH: ulr14
bI: ulr15
bJ: RNA33
bK: RNA5
bL: RNA17
bN: SSUB
bO: SSUA
bP: ulr16
bQ: ulr17
bR: RNA30
bS: url18
bT: SSUF
bU: ulr19
bV: ulr20
bY: ulr21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,007,93969
ポリマ－2,007,93969
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Mitochondrial ribosomal protein, ... , 11種, 11分子 B0B3BABCBEBFBKBTBWBiBk

#1: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS145


分子量: 75001.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GGX8
#4: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS23


分子量: 41612.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A086M9R9
#11: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS137


分子量: 102582.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F8D3
#13: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS47


分子量: 44677.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GBT4
#15: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS140


分子量: 116977.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#16: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS147


分子量: 34463.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YYT2
#21: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS26


分子量: 59459.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A086JV31
#27: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS156


分子量: 30802.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#30: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS144


分子量: 59978.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F063
#39: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS153


分子量: 28704.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A2G8XVF2
#40: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS26


分子量: 51592.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A086KM95

-
Unidentified ... , 12種, 15分子 B1B7B8BjBIBNBXBJBPBUBYBaBbBdBe

#2: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: unidentified peptide / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#8: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Unidentified peptide 2 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#9: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#19: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#20: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#24: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#28: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#31: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#32: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#33: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#35: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 2826.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#36: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 B2B5

#3: タンパク質 Ribosomal protein S18, putative


分子量: 84465.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F879
#6: タンパク質 Ribosomal protein S11, putative


分子量: 43464.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F665

-
タンパク質 , 9種, 9分子 B4B6B9BBBDBQBVBcHS

#5: タンパク質 CHCH domain-containing protein


分子量: 16112.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JX47
#7: タンパク質 Putative mitochondrial ribosomal protein s6-2


分子量: 19272.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K9W0
#10: タンパク質 DnaJ domain-containing protein


分子量: 25359.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KC34
#12: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 168566.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GUD6
#14: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein


分子量: 74729.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F073
#25: タンパク質 Macro domain-containing protein


分子量: 75927.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GKJ3
#29: タンパク質 Putative homeodomain containing protein


分子量: 67147.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A151HJJ2
#34: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量: 80344.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KGS2
#43: タンパク質 Acylphosphatase-like domain-containing protein


分子量: 27403.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Correct sequence: ...詳細: Correct sequence: MAPFPRGIVKPRSAKVRAILNLSVEQRQPNPLRAPRKSLLDPPPCVAPLEKGNPKLDRQFDTLNRSITGFRKYKAPHTTAPRVVRDRDETNFHEMLGKFRFDLQGSFKENGDMLRDSLLQVGRDLFLVGWVKCRSRFATGHIQGDVHALSYMRRYLEKHVDESVSSVRFYEENFGMPLLEYERLSAVNDFRAPGKKQQHALRAAEKNKAKKLEQESLRHAQELERFYEENCIRNY
由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YXT0

-
Ribosomal protein, ... , 3種, 3分子 BGBSBg

#17: タンパク質 Ribosomal protein, uS2m


分子量: 18266.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K4L0
#26: タンパク質 Ribosomal protein, bS21m


分子量: 28104.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8G0I7
#37: タンパク質 Ribosomal protein, uS2m


分子量: 34172.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A151HEQ5

-
Putative ribosomal protein ... , 2種, 2分子 BHBL

#18: タンパク質 Putative ribosomal protein S8


分子量: 14858.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K132
#22: タンパク質 Putative ribosomal protein S17


分子量: 14084.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YU94

-
Putative 30S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 BOBh

#23: タンパク質 Putative 30S ribosomal protein S15


分子量: 44807.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZR0
#38: タンパク質 Putative 30S ribosomal protein S16


分子量: 19450.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KCY1

-
30S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 BlHJ

#41: タンパク質 30S ribosomal protein S12, putative


分子量: 66517.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8EUD1
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S5, putative


分子量: 127333.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Right sequence (uniprot ID = S8F5G8): ...詳細: Right sequence (uniprot ID = S8F5G8): MRCPLAPRRQRRLPRDSSSSVSLFLPHRGSLSLSSAFSPSFRRSPCPRSSPCLASSVPPSRLFSSASPNDSRLALKKPLSPSFSSPFAFSRYTRDPELRHLTSTSRVQAPLPLRRCAAPVASLASSPCLSSSRASSASLSPCSLASLGSRSSPFCGGSRRGGERPPCERRASAGCGAAANSFSSAPRPSRLSPSSPFFPSGLGCSSSPAHRARVAGPRLPLRSAFVALFPGQPTRTLCFPAASSALSFSAQPSPPTASASSFQSPRRLHNSHQARVLRRRHVYRDKHLDHVPTERARQLAEQRSAFELPRGTGEPLQGGSRFPGGVMAPHLRVKLEKEKFLRDCMREQENLAALFTETEKETLLGRRGDSRESHEEEPATREAEKQTSEGGKSDEAGKDGGKQEDKQGAAPFGRKLQELESFVGSALRTYRLLRPHALPFYKEDSLLSMQSKLNEATLKHSPLVHDLVELKKRNLSVPSDLLPPDFNALQFSLPVVSARGFLLALSAAANSVAEDLEFLCRRLSVPNLPHPTHPFRLKLLLDALFESFKLRKDPHYAHDWAQRNWPRLQAAMPEPLSELSADSVGLWLKAHLERVIENQRGRHADGRGRLLAQKFPLKSDEEDLYSLADDFIFDHEIVDEQFCDERLSQFPIDKAGELFRRVADFFGLTKGPQPAVNDAVVAQFQNLVYTLDEIGLSNWMKMDTREIEEFLPEGDPPSFAASQQDLDAARLLLKAAARGKANLLDFEALDPYKLLHGFDFKTVQEELATLPPNPFLTDADIDELFDITTAAVSMNQSEVAPSASLRNFKAKFGRTPLEALLDSEEKFLTSAGPVDWLKDEDENGEAFVSWRWKRPAQTVYDAEKGMFVREREGVDPLIKLHELRQTLLSVSRMMSMNKQGRVYYFRAIVAVGNGRGLFGIGIAFGPSPKEARSNAALAAIQNLDHIDFDVGRTLTTPVHGSEYSAHVKIVPRPLGKGLKSNLRYLPLLYLMGIDNCRVSFYGPSASARWFTRAKALKRALEQLQSRRTLANATGQKYDLLVAPGEHWMHWPDRWFRPISTEYARMLERIKKKRPPSYRRGFRAAIDEVIPEEIRPEFTPYTWKSPLQKWAEELKRKRLTSHNVYETEVFLHPPAQSSSPS
由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F5G8

+
RNA鎖 , 23種, 23分子 b1b2b3b4bAbDbEbGbHbIbJbKbLbNbObPbQbRbSbTbUbVbY

#44: RNA鎖 ulr11


分子量: 2404.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#45: RNA鎖 SSUE


分子量: 15342.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#46: RNA鎖 ulr12


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#47: RNA鎖 RNA13


分子量: 11019.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#48: RNA鎖 RNA19


分子量: 10856.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#49: RNA鎖 RNA15


分子量: 8832.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#50: RNA鎖 RNA8


分子量: 34453.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#51: RNA鎖 ulr13


分子量: 1179.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#52: RNA鎖 ulr14


分子量: 567.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#53: RNA鎖 ulr15


分子量: 873.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#54: RNA鎖 RNA33


分子量: 22623.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#55: RNA鎖 RNA5


分子量: 26454.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#56: RNA鎖 RNA17


分子量: 15372.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#57: RNA鎖 SSUB


分子量: 39029.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#58: RNA鎖 SSUA


分子量: 36984.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#59: RNA鎖 ulr16


分子量: 4547.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#60: RNA鎖 ulr17


分子量: 4241.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#61: RNA鎖 RNA30


分子量: 9904.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#62: RNA鎖 url18


分子量: 9446.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#63: RNA鎖 SSUF


分子量: 19508.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: polyA at the end / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#64: RNA鎖 ulr19


分子量: 7609.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#65: RNA鎖 ulr20


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#66: RNA鎖 ulr21


分子量: 3322.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LSU structure derived from the LSU sample of the mitoribosome from T. gondii.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 4 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 細胞内の位置: Cytoplasm / Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotting force 5, blotting time 2.5 seconds.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 95 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9524
画像スキャンサンプリングサイズ: 6.35 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.5.1粒子像選択
2SerialEM4.1画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7ISOLDE1.7モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
12cryoSPARC4.5.1分類Heterogeneous refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 280177
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22169 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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